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1938年6月3日，未取得中共同意，國民黨中央監察委員會就作出決議並公開宣布，恢複周恩來、林祖涵、吳玉章、毛澤東、董用威（必武）、鄧穎超、葉劍英的國民黨黨籍。在“溶共”的同時，國民黨還采取秘密的和公開的壓製各民主黨派、人民團體的抗日活動。如1938年2月，國民黨陝西省黨部接連解散西安文化界協會、西安民族解放先鋒隊分隊、西北青年救國聯合會、西北作家抗敵協會等13個救亡團體。4月，國民黨政府軍委會迫使中國工人抗敵總會解散。5月，湖北省教育廳以“行動越軌”的罪名，把在該省鄉村巡回宣傳隊50多個青年加以驅逐。蔣介石並親自下令所有各部隊各軍事機關及各軍事學校之主管長官，徹底查明所屬人員、學生之黨派關係，凡係其他黨派分子，應即負責檢舉，並停止其職務與學籍。7月，國民黨行政院指令：宣傳共產主義仍按《危害民國緊急治罪法》嚴加取締。8月，國民黨特務在西安殺害了第十八集團軍高級參議宣俠父。
正由於蔣介石國民黨繼續采取限製、打擊各黨派各人民團體，反對發動群眾的片麵抗戰路線，致使抗日的正麵戰場節節敗退，從七七事變到1938年10月廣州（10月22日）、武漢（10月25日）相繼失守的15個月裏，日本侵略軍在華北侵占了河北、山西、察哈爾、綏遠、山東、河南等省的廣大地區；在華中侵占了京滬杭和武漢地區；在華南侵占了廣州地區。在日本侵略者誘降下，國民黨政府中的汪精衛集團，於1938年底公開投敵；汪是國民黨中央的副總裁、中央政治委員會主席、國防最高會議副主席和國民參政會議長。這個漢奸賣國集團的主要成員還有：國民黨中委、宣傳部長周佛海，國民黨中委、政府實業部長陳公博等。隨後，這個漢奸賣國集團，在淪陷區成立傀儡政權，組織偽軍，協同日本侵略軍進攻抗日根據地。針對國民黨的反共投降活動，中共中央於1939年6月7日，向黨內發出關於投降危險的指示，指出：“目前最大的危險就是國民黨投降的可能，新的慕尼黑的可能。國民黨的反共運動就是準備投降的一個組成部分。”黨要用全力來進行反對投降分子、反共分子的鬥爭，從思想上、組織上做好準備，“給一切投降陰謀和叛變行為以適時的、堅決的反抗。”6月10日，毛澤東在延安高級幹部會上作了反對投降的報告，指出國民黨投降的可能已經成為最大的危險，而其反共活動則是準備投降的步驟，這是目前形勢的特點。6月30日，毛澤東發表《反對投降活動》文章，揭露了國民黨蔣介石集團投降活動的觀點、做法、陰謀；揭穿了英美等國策劃“遠東慕尼黑”的陰謀政策；嚴正表明中共鞏固團結、鞏固抗日民族統一戰線、鞏固國共合作，反對投降，抗戰到底的堅定立場和決心。7月7日，中共中央在為抗戰兩周年紀念對時局的宣言中，提出了“堅持抗戰到底——反對中途妥協”“鞏固國內團結——反對內部分裂”“力求全國進步——反對向後倒退”三大口號。
而以蔣介石為首的國民黨，則采取了“消極抗日，積極反共”的方針。1939年1月，也就是在汪精衛集團公開投降日本後，國民黨召開了五屆五中全會，主要議題是“整頓黨務，研究如何與共產黨作積極之鬥爭”。全會雖聲言“堅持抗戰到底”，但是按照蔣介石的解釋，所謂抗戰到底，就是恢複盧溝橋事變以前的狀態。東北不要了，華北可維持形式上的統治，隻要能保存華中、華南就可以罷戰言和。蔣介石在會上作了《喚醒黨魂發揚黨德與鞏固黨基》和《整頓黨務之要點》的演講；所謂“黨德”，就是“忠孝仁愛信義和平的八德”和“智仁勇三達德”。蔣介石企圖以此來鞏固國民黨的基礎。“整頓黨務”的目的，是為了強化國民黨。國民黨為什麼需要強化？蔣介石說：是因為黨內有“許多重大的缺陷”，外有“華北各地共產黨的競起”，國民黨處於“艱險”的環境中，有“趨於消滅”的危險，這是他“夙夜不能忘懷的衷心憂慮”。這樣做的目的是為了加強國民黨的一黨專政。會議確定了“防共、限共、溶共”的方針，設立了“防共委員會”，決定設置國防最高委員會，統一黨政軍的指揮，由蔣介石任委員長。會後，國民黨陸續製定了《限製異黨活動辦法》、《異黨問題處理辦法》、《處理異黨實施方案》、《淪陷區防範共產黨活動辦法草案》、《陝甘兩省防止異黨活動聯絡辦法》等一係列反共反人民的文件，從軍事、黨政和行政各方麵采取措施，取締中共領導的抗日民眾運動和各人民團體的抗日活動。從這時開始到1940年春，國民黨掀起了抗日時期的第一次反共高潮。1939年5月，國民黨在陝甘寧邊區周圍修築了五道封鎖線，西起寧夏，南沿涇水，東至黃河，綿延千裏。12月，胡宗南部襲占了淳化、甸邑、正寧、寧縣、鎮原5座縣城。在山西，閻錫山發動了“十二月事變”，進攻決死第二隊和晉西獨立支隊，並以一部兵力配合蔣軍嫡係，向晉東南的決死第一、三縱隊進攻，摧毀了沁水等7個縣的抗日政權。1940年1月下旬，蔣閻軍進攻太行區和太嶽區，閻軍2個師進犯晉察冀邊區的雁北地區。1939年4月，國民黨山東省主席沈鴻烈指使秦啟榮部在博山等地襲擊八路軍山東縱隊第三支隊，慘殺指戰員400餘人。6月，國民黨河北省保安司令張蔭梧部襲擊冀中深縣八路軍後方機關，慘殺指戰員400餘人。同月，湖南國民黨部隊根據蔣介石的密令，殺害了新四軍平江通訊處的幹部羅梓銘、塗正坤等6人。9月，國民黨軍隊在湖北東部圍攻新四軍後方機關，慘殺五六百人。11月，國民黨軍隊和特務，圍攻河南確山縣竹溝鎮新四軍留守處，殺害傷病員及家屬200餘人。1940年春，國民黨第十軍團總司令石友三部向冀南區進攻。同時，蔣介石調遣九十七軍朱懷冰部進攻八路軍總部所在地太行區。