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軍隊問題是雙方爭執最激烈的焦點。中共認為：在8年抗戰中作出了重大貢獻的解放區軍隊應該得到合理的編製。解放區現有120萬軍隊，在大量裁減後至少也應整編為16個軍48個師。蔣介石卻力圖縮小並編散它，堅持不能超過12個師。雙方意見懸殊，談判相持兩周，仍無進展。為了打破僵局，周恩來同毛澤東商議後作了讓步。19日會議中，周恩來對張群、邵力子、張治中說：昨晚和今日上午同毛澤東討論的結果，“關於軍隊數目，赫爾利大使擬議中央與中共軍隊之比數為五分之一”，我方以此比例考慮，要讓至七分之一，即中央現有263個師，我方應編有43個師；“如中央軍隊縮編為60個師，中共應為10（個）師；中央軍隊如縮編120個師，中共應有20個師”。關於軍隊駐地，周恩來說：“我方擬將海南島、廣東、浙江、蘇南、皖南、湖北、湖南、河南境內，黃河以南等8個地區之軍隊撤退，集中於蘇北、皖北及隴海路以北地區，此為第一步。”“第二步再將蘇北、皖北、豫北三地區之軍隊撤退，而將中共所有之43個師集中駐防於山東、河北、察哈爾、熱河與山西之大部，綏遠之小部，與陝甘寧邊區等7個地區。至於解放區亦隨軍隊駐地之規定而合一。”但國民黨方麵連這樣的要求仍不肯接受，並在21日會談中表示：中共軍隊編製，至多亦不能超過5個軍16個師；即令要設置行營一類的機關，也隻由中央按照軍事指揮係統，予以適當之名義，以便統帥指揮。
解放區問題，雙方也相持不下。周恩來同毛澤東商議後也作了讓步。19日會談時，中共方麵提出：山東、河北、察哈爾、熱河四省與陝甘寧邊區之主席，由中共推薦；山西、綏遠兩省之副主席，天津、北平、青島之副市長，也由中共推薦人士充任；蘇北、皖北、豫北之地區，中共軍隊撤退前，其專員、縣長由中共委任；北平行營主任由中共主持，並仿東北行營例設政治委員會，由中共負責。國民黨方麵仍不肯接受，竟說：中共軍隊悉數撤至黃河以北，而據有黃河以北之地區，豈非分疆而治，欲三分天下有其一？中共方麵如有何人堪任省主席，何人堪任廳長、委員，盡量開列名單，請中央量才任用，切不可指定何省應劃歸中共推薦何人主席、廳長、委員。兄等所提華北四省主席應由中共推薦，省政由中共主持，此何異乎割椐地盤。此外，在國民大會和政治會議問題上，也都發生了爭議。
對於這種曠日持久僵持不下的談判，周恩來在21日的會上憤怒地指出：“今日我等之商談，係出於平等之態度，然而國民黨之觀念是自大的，是不以平等待中共的。故國民黨及其政府皆視我黨為被統治者，自西安事變以來即一貫如此。”周恩來坦率地說明客觀存在的事實：“現在政府尚在國民黨黨治時期，我們何能將軍隊、政府交與一黨政府。因此，政府今日欲求達到統一全國軍政之理想，必須采取民主之方式，循一定之步驟，而非可一步登天，一蹴即就。”他並正告國民黨代表：“過去抗戰期間，兩方商談可以拖延，問題可以僵持，現在和平建國時期，問題之解決，必須從速，雙方商談不能拖延，亦不容僵持。”也就在9月21日這天，赫爾利來找毛澤東替蔣介石遊說，要求中共交出解放區，並帶威脅的口吻說：要麼承認，要麼破裂。毛澤東沉著地回答赫爾利：不承認，也不破裂，問題複雜，還要討論。
20多天的談判，由於中共方麵表現出通過談判謀求和平的真誠願望和耐心，並一再作出巨大讓步；而國民黨方麵卻不顧客觀現狀，一再采取高壓中共的手段，使中共贏得了國統區廣大群眾的同情，中間力量也普遍認為中共方麵已做到仁至義盡，對國民黨的態度深感不平。鑒於這樣曠日持久沒有成效的談判，所以在21日會後，周恩來、王若飛不得不中斷同國民黨方麵的談判，並即時向各黨派、國民黨的民主派和在重慶的文化界、新聞界、產業界、婦女界等各方麵人士，廣泛解釋中共立場、主張，說明導致談判陷入僵局的真相。在中共方麵采取有理有利有節的鬥爭之下，國民黨當局看到，一味施加高壓是無法使中共屈服，而且重慶談判舉世矚目，如果談判破裂或無結果而散，也難以向國內外做出交代。所以蔣介石也非常為難，在這進退維穀之際，美國大使赫爾利前來進言：“委員長不必著急，拖延對我們有好處。”蔣急不可耐地問道：“我想了解，我們的部隊和你們的海軍陸戰隊，是不是運得差不多了？如果前方已經接火，那幹脆再拖幾天。”赫爾利回答：“不，不，最好還是按計劃進行，談判是要談的，運兵是要運的，這才顯出我們手法高明。如果談判由我們去破裂，甚至把毛澤東在重慶解決，那都是下策！為逞快一時，會打亂整個戰略部署。”但是，蔣介石還是有些擔心。赫爾利算了算賬胸有成竹地對蔣說：“你可以放心，用不到今年年底，你的精銳部隊可以動員到100萬人進攻中共；而我們的海軍陸戰隊呢，魏德邁將軍早已向你保證，至少有11萬人參加作戰。”赫爾利的一番話，說得蔣介石心花怒放，樂哈哈地表示：“好，好！我再答複中共，繼續談判，決不在此時此地破裂，請你們放心好了。”於是9月25日由張群出麵，在國民參政會舉行宴會，邀請周恩來、王若飛並各黨派人士張瀾、沈鈞儒、黃炎培、左舜生、章伯鈞、羅隆基、張申府等，國民黨方麵表示軍隊問題基本上已有結論，現在商量政治問題和解放區問題；並宣布從27日開始，雙方進行第四次會談。