近年來，黨中央、國務院高度重視“三農”工作，圍繞農民的減負增收問題，采取“多予、少取、放活”的方針，出台了一係列惠農政策，不僅從2006年1月1日起取消了千百年來被視為“天經地義”的農業稅賦，還相繼出台了農資綜合直補、增加良種補貼、農機作業環節補貼、提高糧食最低收購價格等政策。
這些惠農政策在很大程度上保護了農民的利益，減輕了農民的負擔，增加了農民的收入，提高了農民種糧的積極性。但與此同時，農業生產經營成本也迅速上升，嚴重地侵蝕著農業的收益，農民的收入，影響著農業可持續發展的能力。
農業生產經營成本增加主要反映在兩個方麵：一是農業生產資料價格上漲，包括油、電、煤、水等基礎產品，以及化肥、飼料、農藥、種子等支出；二是生產管理和經營成本費用的增加，包括生產管理費用、人工費用以及農產品的流通費用等。
據農業部的監測數據，2008年初，各種農業生產資料的價格與2007年同期相比都有很大程度的上漲。其中像國產複合肥、國產氯化鉀、國產磷酸二銨等化肥品種價格的漲幅超過40%；鈣鎂磷肥、普通過磷酸鈣、進口磷酸二銨等化肥的漲幅也超過了30%；進口尿素和國產尿素漲幅略低於20%。農用柴油（0號）、飼料、地膜、棚膜的價格漲幅也超過了10%。
再有，我國目前農業生產經營主體小而多、散而弱，農業基礎設施不完善，農民整體素質較低，農產品流通環節多，流通效率低，信息不暢等因素也在很大程度上加大了農業生產經營的成本。
由於農業生產經營成本不斷攀升，盡管糧食的單產和價格也在增長，但整體生產效益卻呈明顯下降趨勢。2008年與2004年比較，糧食每畝淨利潤由179元下降到122元，淨利潤率由33%下降到19%；大豆由127元下降到33元，淨利潤率由33%下降到8%。2004年以來，棉花生產收益雖有增長，但2008年轉為每畝虧損17元。
還有，由於工業化、城市化的加快推進，非農產業收入上漲的壓力迅速釋放，導致農產品生產的機會成本迅速提高，農業盈利能力和比較利益水平低的問題也因此迅速凸顯。
這些因素，不僅嚴重侵蝕著惠農政策帶給農民的好處，也在嚴重動搖著農業可持續發展的根基。一是挫傷農民增加農產品供給的積極性，導致農業經營粗放化。許多地方種植業複種指數下降、精耕細作程度不夠、“冬閑田”、“拋荒田”增加，甚至再度出現“毀田養魚”等問題。不少農戶削減農資、人工和農業技術投入，使農業進一步走向“靠天收”。二是農業勞動力老弱化和農村青壯年勞動力外流的問題嚴重化。三是導致局部地區農業商品化和現代化的退化。越來越多的農戶把種糧目標轉向實現口糧自給，壓縮商品糧的種植和銷售。由於農機作業成本迅速增加，許多農戶被迫縮減農機作業量，有些地方甚至由機械作業回歸手工作業，影響農產品品質的提高。
因此，有效降低農業生產經營成本已經成為實現農業發展方式轉變中的一項重要而緊迫的任務。要降低農業生產經營成本應著重從以下幾個方麵抓起：
一、調整完善補貼政策，建立與農資價格上漲掛鉤的農資綜合補貼動態調整機製
農資綜合補貼自2006年實施以來，深受廣大農民擁護，已成為我國重要的支農惠農政策。完善農資綜合補貼動態調整機製的主要內容是：根據化肥、柴油等主要農資價格的上漲情況，在綜合考慮當年糧價變動、促進農民增收情況的基礎上，中央財政合理安排農資綜合補貼資金，實行動態調整，補貼規模隻增不減。2008年農資綜合補貼總額達716億元，較2006年增長了5倍。這項政策使農民得到了很大實惠，農民滿意，社會反映良好，對調動農民種糧積極性、穩定糧食生產發展、確保國家糧食安全起到了重要作用。近年來一些農資價格上漲較快，種糧成本有所上升，迫切需要建立健全一套規範、穩定、科學的補貼長效機製，以確保農民種糧收益不因農資價格上漲而下降，保護農民種糧積極性。
實施農資綜合補貼動態調整機製遵循了“價補統籌、動態調整、隻增不減”的基本原則。價補統籌，即統籌運用國家財政補貼與調控糧價兩方麵措施彌補因農資漲價而引起的農民種糧增支。當農資價格上漲時，如果糧價漲幅不大，彌補農資增支則以財政增加補貼為主，適當考慮糧價增收因素；如果糧價漲幅較大，農資增支原則上主要靠糧價增收消化，適當增加財政補貼。動態調整，即中央財政安排補貼增量資金與農資漲價引起的種糧增支聯動，補貼額度動態調整。如果當年農資價格水平較基期上漲較大，導致農民種糧增支較多，中央財政相應多安排增量補貼資金；當年農資價格水平較基期沒有上漲或略漲，農民種糧不增支或少量增支，中央財政不安排或少安排增量補貼資金。隻增不減，即中央財政上年已安排的補貼規模在當年不減少。上年補貼規模自動作為次年的存量補貼，由中央財政繼續安排。