中華民族是從無數次血與火的磨難中走過來的民族，是一個酷愛和平、反對戰爭，從不屈服於任何敵人的民族。在霸權主義肆無忌憚的侵略麵前，中國人民義正詞嚴的聲討、同仇敵愾的抗議以及采取的合情合理的行動，贏得了世界人民的同情和支持。麵對難以抵賴的事實，自覺理虧的美國政府盡管一方麵仍然不斷進行無理的狡辯，但另一方麵卻不得不在多種場合向中國政府、人民和受害者家屬作出公開道歉。
5月14日晚，在應美國方麵多次請求後，江澤民主席與克林頓總統通電話。克林頓說：“我願對發生在貝爾格萊德的悲劇表示由衷的道歉，尤其是向受傷人員和遇難者的家屬表示我個人的歉意。”他保證查清事件發生的原因，並盡快讓中國人民了解事實真相。江澤民在通話時強調，以美國為首的北約對中國駐南斯拉夫聯盟共和國大使館進行導彈襲擊，是一起震驚世界的嚴重事件，造成了我人員重大傷亡和館舍毀壞，嚴重侵犯了中國主權，也是對《聯合國憲章》和國際關係基本準則的粗暴踐踏。江澤民說，中國政府十分關心本國公民的生命安全。我們是一個有12億人民的國家，每個中國人的生命都是極其寶貴的。這是中國政府必須維護的最根本的人權。江澤民指出，襲擊中國使館的嚴重事件極大地傷害了中國人民的民族感情。事件發生後，中國人民自發地用各種形式表達自己的義憤，舉國上下形成了聲勢浩大的抗議浪潮，這是理所當然的。中國政府和中國人民的這一正義鬥爭，得到了國際社會和世界人民的廣泛同情、理解和支持。江澤民強調，以美國為首的北約必須對這一事件承擔全部責任，美國政府要充分看到這個事件的嚴重性，它已經損害了中美關係。江澤民指出，當務之急，美國政府應該對這一事件進行全麵、徹底、公正的調查，並迅速公布調查結果，滿足中國政府和中國人民提出的全部要求。
6月16日，美國副國務卿皮克林奉克林頓總統之命，作為總統特使前來北京，向中國政府報告了美國政府對北約襲擊中國駐南聯盟大使館事件的調查結果。美方的調查結果稱，中國駐南聯盟大使館被炸是一起由美政府一些部門的一係列失誤所導致的“悲劇性誤炸”事件。皮克林稱，美有關部門主要有三個重大失誤：第一，目標定位方麵的失誤，誤把中國駐南使館當做南聯盟軍需供應采購局。第二，美數據庫存在缺陷，中國駐南使館新地址未被輸入美情報和軍事部門的目標數據庫。第三，審查程序未能糾正上述兩項失誤。
對於美方通報的所謂“調查結果”，中方指出，美方對此事件發生原因作出的解釋是難以令人信服的，由此得出的“誤炸”結論是中國政府和人民不能接受的。中方指出：首先，美方不可能不知道中國駐南聯盟使館的確切位置。中國駐南使館具有獨特的中國傳統建築風格，樓體正麵掛有國徽，大門處掛有標牌，標誌明顯。南聯盟軍需供應采購局是一個公開機構，很多國家的外交官都去過，它與中國駐南使館相距甚遠，而且兩者的建築外觀大相徑庭。美國擁有各種最先進的偵察手段，不可能將中國使館大樓同南軍需供應采購局混為一談。第二，種種情況表明，美方完全掌握駐貝爾格萊德外國機構的總體分布情況。眾所周知，美要對南聯盟動武醞釀已久，早在對南聯盟采取軍事行動前，美方就已使用高科技手段對南全境，特別是對貝爾格萊德市進行過詳細的偵照測繪。美方對位於貝爾格萊德市中心的南聯盟許多目標進行過多次轟炸，但都避免擊中距轟炸地點隻有數十、數百米的外國駐南使館。這說明美國對打擊目標、非打擊目標的情況是心中有數的。第三，美方關於用陸軍野戰定位方法來確定擬進行空中打擊的南聯盟軍需供應采購局的位置，這種說法不合乎邏輯。美方稱所有其他目標都用其他更為準確的方法定位，為什麼對這一美方認為的重要攻擊目標卻使用陸軍野戰定位方法定位？根據中方在轟炸現場勘察，導彈分別擊中中國駐南使館建築的不同部位，且發發命中。這證明美方對使館的建築結構了如指掌，事先是對使館作過細致、準確偵察的。第四，美方有關目標的數據庫是經常更新的，對打擊目標和非打擊目標也有嚴格的區分。美方關於把中國駐南使館誤作為南聯盟軍需供應采購局而輸入數據庫的說法站不住腳。第五，美方所謂審查程序未能糾正“情報錯誤”的解釋令人難以置信。美方有這麼多知悉中國駐南使館和南聯盟軍需供應采購局位置的人員，美軍事情報當局居然一個也沒去了解，這是違反軍事作戰規律和常識的。美方曆來宣稱，對打擊目標從偵察、判定直到最後選定，都有一套嚴格的審查程序。既然有如此嚴格的審查程序，那麼為什麼在每個環節都出現失誤而得不到糾正？
中方強調，美國襲擊中國駐南使館，不僅是對中國人民最為珍視的國家主權和尊嚴的侵犯，也是對生存權這一基本人權的嚴重侵犯，極大地傷害了中國人民的民族感情。美國政府必須充分認識到美國襲擊中國駐南聯盟使館事件的嚴重性，高度重視中國政府的嚴正立場和要求，切實進行全麵、徹底的調查，嚴懲肇事者，以實際行動向中國政府和人民作出滿意的交代。中方指出，美國襲擊中國駐南聯盟使館構成美國的國際不法行為。中方要求美國政府承擔全部賠償責任。對中國的人員傷亡和財產損失作出迅速、充分和有效的賠償。
7月15日至16日，中國代表團和美國代表團就美國轟炸中國駐南斯拉夫聯盟共和國大使館所造成的中方人員傷亡和財產損失的賠償問題在北京舉行了第一輪談判。7月28日至30日，又舉行了第二輪談判。經過談判，雙方就中方傷亡人員的賠償問題達成共識。美方將盡快向中國政府支付450萬美元的賠償金。中國政府將把這一款項分付給三位烈士的家屬及受傷人員。中美雙方還將繼續就解決中方財產損失的賠償問題進行談判。
1999年12月16日，中美兩國政府就美國轟炸中國駐南斯拉夫大使館的賠償問題達成協議。根據協議，美國政府將向中國政府支付2800萬美元，作為對當年5月美國轟炸中國駐南聯盟大使館所造成的中方財產損失的賠償。
聲勢浩大的抗議以美國為首的北約轟炸我駐南聯盟大使館的鬥爭，使全世界人民看到：在事關國家主權和民族榮辱的問題上，已經挺起脊梁站立起來的中國人民能夠說“不”，敢於說“不”！現在的中國已不是一百年前任人宰割的中國！今天的中華民族再也不是一盤散沙，而是鑄造出來的銅牆鐵壁，是凝聚起來的新的長城！中國的領土主權和民族尊嚴絕不允許任何人肆意踐踏！