一、生物傳感器技術
生物傳感器選用選擇性良好的生物材料（例如酶、DNA和抗原等）作為分子識別元件，當待測物與分子識別元件特異性結合後，所產生的複合物（或光、熱等）通過信號轉換器變為可以輸出的電信號、光信號等並予以放大輸出，從而得到相應的檢測結果。其具有較好的敏感性和特異性，操作簡便、反應速度快。如對沙門菌的檢測時間可縮短到24h以內。已有試驗成功表明，采用酶免疫電流型生物傳感器可實現對存在於食品中少量的沙門菌、大腸杆菌和金黃色葡萄球菌等的檢測。Tahir等人采用電化學免疫傳感器技術檢測E.coli O157：H7，可以在10min內完成分析，檢測精度可達10CFU/mL。
二、自動化儀器分析技術
計算機技術的應用極大地促進了微生物檢測技術的發展，自動微生物鑒定係統就是這兩者結合的產物。其原理是將微生物數碼鑒定的方法與計算機技術結合起來，通過係統對生化反應自動判定，組成數碼並與數據庫中的已知分類單位相比較，獲得相似係統鑒定值而獲得結果。國內外已有很多全自動微生物分析係統問世，如Vitek係統、Biolog係統、Midd係統、Sensitire係統、Autosceptor係統、Bax係統等。其中由法國生物梅裏埃集團生產的Vitek全自動細菌鑒定及藥敏分析係統和Vidas全自動快速致病菌篩選儀，已得到美國分析化學家協會（AOAC）認可，Vitek-AMS可以鑒定革蘭陽性菌、革蘭陰性菌、厭氧菌等約300餘種（屬）的微生物，Vidas分析儀隻需1～2.5h就能報告檢測結果，可同時分析30個標本，所有操作均為全自動，能檢測沙門菌、大腸杆菌等6種常見的致病菌。
三、“幹片”法
“幹片”法是利用無毒的高分子材料做培養基載體，快速、定性和定量檢測試紙和膠片的食品微生物檢測方法，集現代化學、高分子科學、微生物學於一體，已經達到作為定量常規法的水平。對有些項目的測定，幾乎可與標準方法相媲美。如3M公司的Perrifilm Plate係列微生物測試片，可分別檢測菌落總數、大腸菌群、黴菌和酵母菌計數。由RCP Scientific Inc公司開發上市的Regdigel係列，還有檢測乳杆菌、沙門菌、葡萄球菌的產品，並且與傳統檢測方法之間的相關性非常好。由於其準確度和精確度高，可測定少量檢品，不需要配製試劑，操作簡便快速，易於消毒保存，便於運輸，攜帶方便，價格低廉，可隨時進行。加之無其他任何廢液廢物，大大減少或消除對環境的汙染，故適用於實驗室、生產現場和野外環境工作，可以使防疫工作人員隨時取樣檢查，減輕勞動強度，提高檢驗質量。
四、綜合法
（1）ATP生物發光法近年來發展較快，在活細胞中ATP含量近乎是恒定的，利用特殊的酶試劑水解細菌的細胞膜，使ATP釋放，ATP與熒光素-熒光素酶製劑反應變成AMP和光，產生的光的強度與ATP成正比。細菌ATP的量與細菌數成正比，通過測定光的強度可以確定細菌濃度。這種方法可以用於鮮肉、鮮魚、牛乳、啤酒、礦泉水等多個領域的檢測。
（2）阻抗法微生物在生長繁殖的過程中，其代謝產物的增加會導致液體培養基中電阻的變化，使介質的導電性增強，即電阻減小。阻抗法就是依據該原理，通過檢測微弱的電位變化，培養過程中，在出現菌落之前就能檢測到微生物的存在。如法國生物梅裏埃公司生產的Bactormer細菌分析儀就是依此原理製成的。它能在6～12h測定各種食品的總菌數，以及選擇性檢測各種致病和非致病菌。目前市售商品有英國MalthuS Micro Biol Analyser係統，它測定電導率的變化。另一種是美國Bactometer微生物監控係統，它測定阻抗變化。