一九五九年，三位美國學者在台灣實地調查教育文化狀況，寫了一篇報告，直指台灣是“文化沙漠”（ｃｕｌｔｕｒａｌｄｅｓｅｒｔ）。台北的“學術權威”李濟認為“旁觀者清”，心有戚戚焉。他把這三位學者分析“文化沙漠”的成因，歸納為五條：
一、最初接收時，有些訓練不夠的人做了教授；二、大陸來的學人，精神頹唐不自振作；並且不少失去了讀書興趣的人以教書為臨時職業；三、教育界五日京兆的心理，沒有做任何長期打算；四、社會裏、政治裏流行的各種禁忌，因之思想的範圍大大地受了限製；五、青年的學者不肯到大學來。（“文化沙漠”，《自由中國》第二十一卷第十期（一九五九），頁三Ｏ二）
其實，這五條之中，第四條是“綱”，其他都是“目”。“各種禁忌”，乃是政治高壓的產物；在政治高壓下，思想不僅受到限製，根本受到禁錮，以至於形成冰河狀態。思想應該愈活潑、愈有問題愈好，因為活潑的思想才能產生創造文化的智慧，有問題的思想才能使文化進步與繁榮。然而在蔣氏父子的高壓下，思想有問題是可以被槍斃的，有幾個人敢惹“思想”，當然導致思想的冰河，而文化沙漠正是思想冰河之果。
蔣介石搬運了許多寶貝到台灣，除了國庫黃金、故宮國寶等等之外，還有完整的國民黨特務。軍統、中統之名雖已消失，但其實體更為集中，由蔣經國一手掌管黨政特務機構，所統率的特務人員一開始就有五萬餘名。蔣家的特務到了台灣之後，地小權大，更由於“戒嚴令”的配合，布下天羅地網，其得心應手為大陸時代所未有。何況作為特務頭子的蔣經國，更遠非大陸時代的戴笠可比。蔣介石與戴笠隻不過是主仆關係，而與經國有父子關係，豈可同日而語？於是特務勢力在太子的管轄與指揮下，籠罩全島。至於一九五Ｏ年七月公布的《中國國民黨改造方案》，名為“改造”，實係“集權”，把權力更加集中到蔣氏父子手中。至國民黨第七次全國代表大會於一九五二年十月召開時，“改造”完成，除蔣介石當然連任總裁外，蔣經國已躋身中央委員，名次僅在陳誠之下。
蔣氏父子初到台灣時，驚魂未定，草木皆兵，為了他們的“安定”，殺戮尤慘。政工幹部學校出身的江南（劉宜良）在所著《蔣經國傳》中，有頗為具體的透露，如謂：
位於台北植物園附近的馬場町，取代過去南京雨花台的地位。據執教東京立教大學的戴國輝說：“我當時在南海路的建國中學念書，有天我看到一輛卡車，載著七八位犯人，雙手背綁，口用白布紮著，大概怕他們聲張，一忽兒，傳來槍聲。我心裏想，他們做了革命的烈士了。”翻開五十年前半年的《中央日報》，“匪諜××等數犯，昨日槍決伏法”的標題，一周出現好幾次。以“匪嫌”名義，送往青島東路軍人監獄、台東綠島，或用麻袋捆紮，未經司法程序，丟到海裏喂魚的，不計其數。台北的一位化學工程師陳天民，江蘇靖江人，因為出言不慎，告訴投奔他的鄉親們說：“台灣都快解放了，你們還來這裏幹什麼？”經人檢舉，判刑十五年。陳當然不是“匪諜”，沒有任何證據支持保安司令部軍法處的指控，充其量，不過是對國民黨的統治前途失去信心而已。諾貝爾獎金得主李政道的母親張明璋女士，和兒子李崇道（後來曾擔任中興大學校長）因在淡水家中，留宿一位廣西大學時候的同窗，卒以“掩護匪諜”，鋃鐺入獄。（頁一八三）
此一“恐怖世界”即為蔣經國指揮下特務們的“傑作”。在“恐怖世界”裏，朝野誠惶誠恐，以蔣氏父子的馬首是瞻。特務勢力是蔣介石在台灣的權力基礎，是蔣經國繼承權力的階梯。
在此一背景下，任何“左”傾思想固然十惡不赦，格殺勿論，連溫和的自由主義與民主思想，在蔣氏父子控製下的台灣也絕無容身的空間，其犖犖之大者，就是發生於一九六Ｏ年的雷案。雷案的主角雷震字儆寰，原是老國民黨員，大陸撤退來台後，與一些擁蔣的自由派分子如胡適、毛子水等辦了一份以《自由中國》為名的半月刊。胡適在赴美的船上還替這份雜誌寫了發刊詞，並由胡適擔任發行人，後由雷震繼任。《自由中國》這一名稱是很好的宣傳，以別於大陸上的共產中國，許多人便把台灣稱作“自由中國”，其實蔣介石的台灣既不“自由”亦不“中國”?選更具諷刺性的是，蔣介石終於把《自由中國》扼殺了，判了雷震十年徒刑。
《自由中國》的宗旨，原是要“支持並督促政府走向進步，逐步改革，建立自由民主的社會”。蔣介石在嘴巴上絕對不會反對“自由民主”，但骨子裏關切的是鞏固權力以及替兒子接班鋪路，而這種“關切”往往與自由民主不搭調。《自由中國》的一個主要筆杆子殷海光（原名殷福生），原來也是國民黨員，後來成為羅素的信徒，大唱英美自由主義思想，自然與封建獨裁的現實相扌幹格，逐步增強對現實的批評，涉及政治、經濟、教育各個層麵。一九五四年，《自由中國》批評到蔣經國的“青年救國團”控製青年學生，蔣介石“勃然大怒”之下，於是同年十二月二十八日，親自開除了雷震的黨籍（見《雷震回憶錄》，頁三六〇），雷震被迫成為黨外人士。
《自由中國》在蔣氏父子特務勢力的陰影下，生存多年，主要利用了蔣介石為了討好美國而打出的“民主”招牌，所謂以子之矛攻子之盾，即以“言論自由”之矛攻“黨化教育”之盾、以“自由經濟”之矛攻“金融管製”之盾、以“多黨民主”之矛攻“一黨專政”之盾。一九五六年十月是蔣介石的七十大壽，《自由中國》又利用了蔣氏“婉謝祝壽”、“均盼海內外同胞直率抒陳所見”的聲明，出刊了《祝壽專號》，對蔣介石個人提出直率而又剴切的建議和批評。專號的社論更明確地勸蔣不要違憲連任總統，並要求黨部退出軍隊，使軍隊國家化。（見第十五卷第九期）
麵對這些挑戰，蔣經國直接控製的國防部總政治部發動了“向毒素思想總攻擊”的運作，《自由中國》的台柱胡適尤成為“攻擊”的大目標。……（略——編者）胡適在圍剿聲中，感到回台灣比留在外國更重要，遂於一九五七年年底答應就任中央研究院院長。（參閱《胡適致趙元任函》，一九五七年七月二十八日）院長一職是由蔣介石圈選的，蔣任命胡為台灣最高學術機關的首長，未嚐沒有以“高官厚爵”籠絡之意，使胡多少有所顧忌，最後胡適果然未能以“去就”爭“自由”。
《自由中國》的命運也未因胡適於一九五八年四月回台長住後得到改善。特務們反而由“圍剿”進而迫害，而胡適竟要《自由中國》的執筆者多“容忍”，引起殷海光的不滿。雷震則在胡適回台以及美國輿論的鼓勵下，更向民主的方向邁進，進而要想組織反對黨了。至此，蔣介石不再顧民主的招牌，撕破臉皮，命特務製造匪諜案把雷震抓了起來。雷被捕後，胡適不肯主持組黨，其他的人在齊世英的影響下主張“穩健”，新黨遂胎死腹中。蔣介石達到“殺雞警猴”的目的。
雷案發生的時候，胡適正在美國，曾公開支持雷震。他回台灣後，蔣介石故意冷落他，農複會主任委員蔣夢麟比他晚回來，卻先見到蔣，而胡適卻得在“不談雷案”的約定下，才見到蔣。蔣平常與胡適見麵，通常是兩人密談式的，這次卻是秘書長、秘書、副官全在的官式談法，顯然是有象征意味、表示有距離了。但是見了麵，胡適仍然忍不住要談雷案，很誠懇地想說明雷案如何在外國產生“很不好的反響”，胡適在一九六Ｏ年十一月十八日的日記中說：