當時，南陽太守蕭穎基、始興內史蕭季敞都被調任朝廷，蕭諶想借他們二人的力量一起發動。蕭鸞擔心情況有變，告訴了蕭坦之。
蕭坦之告訴蕭諶說：“廢黜天子，在曆史上這是天大的事情。最近聽說曹道剛、朱隆之等人已經對我們有所懷疑，你如果明天還不行動，恐怕以後都沒有機會了。我上有百歲老母，不能坐等災禍降臨。應該考慮長遠。”蕭諶很是惶恐，趕緊匆匆答應了。
七月二十日，蕭鸞派蕭諶先入宮，遇到曹道剛與中書舍人朱隆之，殺掉了他們。蕭昭業的車後侍衛徐僧亮震怒，對眾人大喊，說：“我們蒙受皇恩，今天應該以死相報！”也被蕭諶殺掉。
蕭鸞帶兵從尚書府進入雲龍門，在鎧甲外麵穿上朝服，由於緊張，剛進宮門，鞋子就掉了三次。徐孝嗣、王晏、陳顯達、蕭坦之、沈文季、王廣之等人緊隨其後。
蕭昭業正在壽昌殿，聽說有人叛亂，還暗中寫信叫蕭諶來，又派人把內殿的門窗全部關閉。稍後，蕭諶率領士兵進入壽昌殿，蕭昭業匆忙跑到徐姬屋裏，用劍自殺，但沒有成功。蕭諶用布帛裹好他的脖子，用轎子把他抬出延德殿。
蕭諶剛進殿時，侍衛均拿起弓箭盾牌準備抵抗，蕭諶對他們說：“要殺的另有其人，不是皇上，你們不要亂動！”這些侍衛平時都歸蕭諶管理，對他的話都很相信。等到看見蕭昭業出來，又準備反抗，蕭昭業竟然沒有出聲。
蕭諶走到延德殿西邊的小道，殺掉了蕭昭業，用轎子把屍體抬出宮，在徐龍駒的府第出殯，安葬規格一如帝王。徐姬和其他被蕭昭業寵幸的殯妃全部被殺。
蕭鸞想假傳太後懿旨，徐孝嗣從袖子裏拿出提前準備好的遞給他，蕭鸞非常高興。二十一日，蕭鸞傳後懿旨追贈蕭昭業為鬱林王，貶何皇後為王妃，迎立新安王蕭昭文為帝。
王晏居功被殺
南齊尚書令王晏在武帝時很得寵，明帝蕭鸞謀劃廢黜蕭昭業，王晏馬上欣然讚同。蕭昭業被廢以後，蕭鸞與王晏在東府宴飲，提及此事，王晏拍著手說：“您常說我膽怯，現在不這樣認為了吧？”
蕭鸞即位，王晏認為自己輔佐新朝有功，妄自菲薄武帝做過的事情。在朝臣裏他的地位最高，做事獨斷專行，把自己的親信安插在朝中重要職位上，經常與蕭鸞在用人方麵爭執。蕭鸞因為正值用人之際，必須依賴王晏，但內心十分不喜歡他。
蕭鸞曾經整理武帝的詔令文書，找到蕭賾寫給王晏的300多張談論國家政事的敕書，又找到王晏勸諫蕭賾不要讓自己負責銓選的奏章，對王晏的討厭猜忌更逾從前。
始安王蕭遙光曾勸蕭鸞殺了王晏，蕭鸞說：“王晏有功於我，而且並無過錯。”
蕭遙光說：“王晏對武帝都不忠心，更不會忠心於陛下了。”蕭鸞沒有說話。
蕭鸞派遣心腹陳世範等人到大街小巷去收集關於王晏的傳言。王晏為人輕率淺薄，毫無防備，想修建住宅，風水先生說會富貴臨門。王晏與賓客說話的時候，喜歡屏退侍從。蕭鸞得知後，懷疑王晏要謀反，就想殺掉他。
奉朝請鮮於文粲秘密上奏，說王晏要謀反。陳世範又上奏蕭鸞，說：“王晏密謀趁南郊祭天之時，與武帝的主帥在道中起事。”正好有老虎闖進南郊祭壇，蕭鸞愈發覺得恐懼。
郊祀前一天，蕭鸞下令取消祭祀，派人通知王晏和徐孝嗣。徐孝嗣奉旨，王晏卻說：“郊祀是大事，聖上必須親自去。”蕭鸞更加相信王晏要謀反了。
元字號垛長旗
齊建武四年（公元497年），正月二十八日，蕭鸞在華林省召見王晏，殺掉了他，傳詔說王晏等人陰謀造反，想奉立河東王蕭鉉為君主。
蕭昭業被廢黜之前，王晏的堂弟、禦史中丞王思遠對王晏說：“兄長蒙受武帝恩德，現在幫助別人謀反，那個人也許隻是暫時利用兄長，兄長將來會無立足之地。如果現在能自刎而死，還可以保全門戶與英名。”
王晏說：“我正在喝粥，沒有時間談論這事。”
蕭鸞即位後，任王晏為驃騎將軍。王晏把家人召集到一起，對王思遠的哥哥王思微說：“隆昌末年，思遠勸我自刎，如果聽從了他的建議，我怎麼會有今天呢？”
王思遠馬上回答說：“如果聽從小弟的建議，現在還為時不晚。”
王思遠知道蕭鸞表麵上對王晏很優厚，但內心並不完全信任他，就找了個機會對王晏說：“近來事情有些奇怪，兄長是否覺察？人們大多為別人謀劃而忘了自己。”王晏沒有說話。