十五、與孫中山的矛盾
章太炎與人很難合作的脾氣很快就暴露出來。他來東京不到一年，就與孫中山等人發生了爭吵，而且越鬧越大，幾乎到了不共戴天的地步。
最初的爭端是因為《民報》的經費。《民報》在被日本政府禁止前，經費已經頗為緊張，章太炎身體恰又不好，不能出去奔走籌款。就在這時，日本政府應清政府的要求，攆孫中山出境，並贈款五千元，一些素來支持孫中山的日本商人也贈款一萬元。孫中山決定與汪精衛、胡漢民等攜帶這些資金去安南策劃起義。臨走時留給《民報》兩千元作為經費。章太炎大為不滿，他早就看不上這班暴動領袖了。在此之前，孫中山已在
中國南部發動了多次起義，都以失敗告終，在章太炎看來徒勞無功，太多無謂的犧牲。現在拿到這麼多錢，卻給革命的重要宣傳機關這麼少！他越想越生氣：孫、汪、胡這些人也太胡來了！這樣，從不滿到暴怒，章太炎順著他自己情緒的習慣路徑飛快地走下去。他大罵孫中山自私，接受日本人賄賂。並且把掛在民報社的孫中山照片撕下來，在上麵寫上“賣《民報》之孫文應即撤去”等字樣，寄給去香港的孫中山（孫並沒有收到）。在他眼裏，孫中山已沒有做革命領袖的資格。
孫中山這一次的努力不幸又失敗了。章太炎因此更覺得自己的看法正確，看人準確。他立即提出，罷免孫中山同盟會總理職務，改由黃興擔任。終因黃興堅決反對並極力維護孫中山的領導地位，這個提議未獲通過。這之後，章太炎又多次寫信給孫中山，說明《民報》經費極為緊張，要求資助，據他說“郵書五六次，電報三四度”，但孫中山或置之不理，或以自己經濟也極困難加以搪塞。就這樣，雙方矛盾逐漸加深。
《民報》被禁後，章太炎原定將它遷到美國繼續出版，但因種種原因，沒有實現。不料，孫中山卻指使汪精衛在日本秘密編輯《民報》，掛名在巴黎發行。這一下徹底激怒了章太炎。他公開發表文章，斥責汪精衛主編的《民報》是“偽《民報》”，並開始對孫中山加以猛烈攻擊。
同盟會本來是由幾個革命團體聯合而成的，其間難免有些
舊式的幫派思想。章太炎原是光複會的一員，而以江浙地區為根據地的光複會同孫中山等早有門戶之見，在何處發動武裝起義等問題上屢有爭論，這時，各種矛盾終於爆發了，光複會原領導人陶成章和章太炎一起散發傳單，猛烈攻擊孫中山。孫中山也組織人員進行回擊，同盟會的內部矛盾遂大白於天下。
黃興本來是在雙方之間做疏導工作的，這時也被章太炎等人的行為激怒了，遂決定和孫中山站在一起，公開反擊。而他的攻擊法是致命的——不過實際上是冤枉了章太炎。他的殺手鐧是拋出劉師培交出來的幾封章太炎信件，作為章太炎是清政府偵探的證據。也就是說，章太炎與革命的叛徒劉師培曾有密切來往，曾通過劉師培同清政府大官僚秘密聯係。
這些信是怎麼回事呢？
原來清政府除了鎮壓全國各地和海外留學生中的革命運動以外，還施展權錢利誘的手段，拉攏革命黨人。其中兩江總督端方最熱心此道。他取得的最大成果是將劉師培及其妻子何震、表弟汪公權拉下水。他們的下一個目標就是章太炎。在一個時期裏，端方和劉師培在章太炎身上下了很大功夫。
在《民報》難以為繼、同盟會內部發生種種爭吵的日子裏，章太炎對革命產生了悲觀失望的情緒。本來就渴望有時間認真攻讀佛經、研究印度哲學的章太炎這時萌生了披剃出家的念頭，正巧另一個革命者蘇曼殊也有此意，兩個人就積極地籌