十九、囚禁生涯
過了一段時間，章太炎又被轉移到錢糧胡同，住的是清代一個貴族的寓所，比較安靜整潔，而且還有一個花園。袁世凱每月派人送來五百元錢，由他隨便使用。並且命令手下人，忍耐這個瘋子的行為，不得動粗。
當然，密探對他的監視還是一樣嚴密，有時候有客來訪，會被擋在門外。
章太炎身邊的雜役其實都是密探，這一點他當然明白。因為外間風傳袁世凱要複辟帝製，章太炎心存諷刺特意給這些人製定了六條規則：一、每日早晚必須向我請安；二、在外見我須垂手鵠立；三、稱我曰“大人”，自稱曰“奴才”；四、來客
一律稱之為“老爺”；五、有人來訪，無論何事，必須回明定奪，不得徑行攔阻；六、每逢朔望（初一、十五），須向我行一跪三叩首禮。
錢玄同問他為什麼要這樣做，他說：“我如此行事，是因為‘大人’‘老爺’都是前清的稱謂，‘先生’之類是民國的稱謂，是我們革命黨創造的。先前南京臨時政府規定過稱‘先生’而不能稱‘老爺’‘大人’。現在統治北京的是帝製餘孽，還是‘大人’‘老爺’的世界，不能用‘先生’的稱謂。所以我讓他們行叩首禮也屬理所當然。”
有時候，章太炎故意戲弄袁世凱派來的密探。有一次，一個密探請章太炎給他寫幾個字。章太炎沉默了好一會兒，忽然大聲罵他道：“你不是袁世凱門下的小走狗嗎？”那個人並沒有生氣，反而連連稱是。不料，章太炎破顏一笑，說：“自知者明，很好！很好！”為了表揚他有自知之明，答應給他寫字。有一個密探，是京師警察廳的副課長，遵守章太炎製定的六條規則最忠實，每逢初一、十五，必向章太炎行一跪三叩之禮，一副謙恭的樣子。章太炎讓他拿過書來，特地給他講了一段《大戴禮記》，算是遵行了聖人“有教無類”的主張。
在章太炎被囚的幾年間，袁世凱加緊他複辟帝製的步伐。然而他剛剛黃袍加身，西南諸省即宣布獨立，護國戰爭打響。章太炎也寫了《宋武帝頌》《魏武帝頌》等詩篇，諷刺袁世凱
這個竊國大盜。袁世凱在籌備登基時，廣羅全國名士上書勸進，也想到了很有文名的章太炎。有人自告奮勇來勸說，以立即釋放為條件，希望章太炎能寫一篇請願書。
湖南的大文豪王闓運走到國府門前，假裝眼花，將新華門念作新莽門，暗喻“王莽篡漢”之意。章太炎不像王闓運那樣語句裏暗含譏諷。他答應寫請願書。袁世凱大喜，等拿到一看，上麵寫的是：
某憶元年四月八日之誓詞，言猶在耳。公今忽萌野心，妄僭天位，匪惟國民之叛逆，亦且清室之罪人！某困處京師，生不如死，但冀公見我書，予以極刑，較當日死於滿清惡官僚之手，尤有榮耀。
這裏說的誓詞，是袁世凱就任臨時大總統時宣讀的，其中有“世凱深願竭其能力，發揚共和之精神，滌蕩專製之瑕穢，謹守憲法”等語句。袁世凱讀了這個“請願書”，火冒三丈，真想立刻將章太炎殺掉，但轉念一想，恐怕為輿論所不容，隻好苦笑一聲，說：“一個瘋子，我何必同他認真。”
後來袁世凱需要發布洪憲皇帝登基詔書，有人出主意道，這事太炎先生擔當最為合適。袁世凱聽後搖頭說：“我何必強人所難？那樣的話，隻能將他逼死。我不願太炎成為今日禰
衡，我又怎能做變相的黃祖？如果催逼，太炎必然成為又一個方孝孺。”
陸建章後來回憶說：“太炎先生是今之鄭康成（東漢經學大師鄭玄）。黃巾過鄭公鄉，尚且避之。我奉極峰命，無論先生性情如何乖僻，必敬護之。否則並黃巾之不如了。”
護國戰爭爆發後，章太炎又一次設計逃出北京，去南方投入反袁鬥爭。這次他取得幾個日本人的幫助，身著和服，手持拐杖，以去天津治病為名，去火車站乘車。誰知，偵探們已經看出他的意圖，就在要上車的時候，衝過來幾個人，將他拖住，大聲嚷道：“你欠我的債，想逃脫嗎？”一麵拉拉扯扯將他擁到巡警廳。章太炎一路大罵這班偵探，並說，你們真是不想活命了，到這個時候，還敢得罪我！但那些人任憑他罵，並不理他。
可氣的是，在拉扯中，這班人還搶走了他的一塊常弄古玉和一枚指環。
半個多月以後，6月6日，袁世凱死去，黎元洪繼任總統，章太炎獲釋。7月初，章太炎回到上海。
在三年的囚禁生涯中，他多次絕食，多次出逃，多次辱罵袁賊及其走狗，同獨裁者進行了不屈的鬥爭。但他本人也遭受了極大的損失，他的長女到北京看望他，見他生活艱苦，情緒低落，竟自縊身亡，更增添了他的傷心和悲痛。
這一時期章太炎的所作所為，受到人們的敬佩。魯迅在《關於太炎先生二三事》中說過：“考其生平，以大勳章作扇墜，臨總統府之門，大詬袁世凱的包藏禍心者，並世無第二人……”