在水生低等動物中，有非常特殊的一個門，就是棘皮動物門。從它成年個體的形體來看，和動物界的其他門類都相差很遠。從它的體製發展水平看，卻是無脊椎動物中比較複雜和高等的一類。
現代棘皮動物分五個綱：海百合、海參、海膽、海星、蛇尾。它們的身體形狀是星狀、球狀、圓筒狀，一般說是輻射對稱；但是嚴密地說，也是左右對稱的，幼蟲在沒有變態以前，一切構造都是左右對稱的。棘皮動物的體腔十分明顯，體壁組織裏有從中胚層分化出來的鈣質骨骼，有的相當堅固，有的成骨片埋在皮膚裏，有的外麵有骨針狀的刺，像一隻小刺蝟，所以叫棘皮動物。棘有防衛敵人的作用，有時又做移動的器官。它身上有特殊水管係統，伸出成為步足，也是運動器官。
棘皮動物的化石，在奧陶紀就有了。海林檎，形狀像林檎，奧陶紀和誌留紀都非常繁盛，後來滅絕了。海百合，形狀像百合，也出現在奧陶紀，誌留紀也很繁盛，石炭紀最興盛，以後逐漸衰減，到現代也還有少數後裔。海膽也在奧陶紀出現，石炭紀以後逐漸繁盛，現在海裏還有生存。
棘皮動物也是三胚層動物，但是它的中胚層發育方式卻不同於蠕形動物、軟體動物和節肢動物。在所有三胚層動物中，胚胎的中胚層的發生和發育有兩種方式：一種叫節肢動物式，蠕形動物、軟體動物也屬於這一種方式；另一種就叫棘皮動物式。這說明，從雙胚層動物向三胚層動物發展過程中，棘皮動物就已經和蠕形動物分道揚鑣了。
奇怪的是，無脊椎動物中的原索動物，以及高等動物——脊椎動物，它們的中胚層發育方式竟和棘皮動物相同。而且棘皮動物的幼體和某些原索動物的幼體異常相似，幾乎很難從一般形態上把它們區別開來。這又說明，原索動物，以至整個脊索動物門，包括脊椎動物在內，在所有其他各種動物中，和棘皮動物的親緣關係最近。
原索動物是脊索動物門中口索、尾索、頭索三個亞門的總稱。現存的種類不多，全部海生。所謂脊索，是指脊索動物所特有的原始的中軸骨骼，它不像脊椎骨那樣堅硬，具有彈性，能彎曲，不分節。
口索動物，也叫半索動物，身體像蠕蟲，左右對稱，隻接近口部有脊索的形跡，如柱頭蟲、玉溝蟲等；尾索動物，也叫被囊動物，隻有幼體具有脊索的尾部，成體尾部退化消失，如海鞘、海樽；頭索動物，也叫無頭動物，身體像魚，頭部分化不明顯，終生都有脊索，咽部的壁貫穿許多鰓裂，由圍鰓腔孔和外界相通，如文昌魚。頭索動物是無脊椎動物進化到脊椎動物的過渡類型。再進化，就躋身到高等動物的行列中去了。
知識點
海百合
海百合是一種始見於石炭紀的棘皮動物，生活於海裏，具多條腕足，身體呈花狀，表麵有石灰質的殼，由於長得像植物，人們就給它們起了海百合這麼個植物的名字。海百合的身體有一個像植物莖一樣的柄，柄上端羽狀的東西是它們的觸手，也叫腕。這些觸手就像蕨類的葉子一樣迷惑著人們認為它們是植物。海百合是一種古老的無脊椎動物，在幾億年前，海洋裏到處是它們的身影。
延伸閱讀
文昌魚的傳說。文昌魚得名於廈門翔安區劉五店海嶼上的文昌閣。這裏是我國最先發現文昌魚群的地方。文昌魚是福建廈門的名貴特產，俗名鱷魚蟲。文昌魚是珍稀名貴的海洋野生頭索動物，列為中國二類重點保護對象。
古代，文昌皇帝騎著鱷魚過海時，在鱷魚口裏掉下許多小蛆，當這批小蛆落海之後，竟變成了許多像魚樣的動物，為紀念文昌帝君的緣故取名為“文昌魚”。嗣後這些動物在那海域繁衍昌盛，當地漁民也以捕文昌魚為生了。此傳說固不可信，但也顯示人民對祖國特產的崇愛和純樸的想象力。
文昌魚外形像小魚，體側扁，長約5厘米，半透明，頭尾尖，體內有一條脊索，有背鰭、臀鰭和尾鰭。生活在沿海泥沙中，吃浮遊生物。文昌魚說它是“魚”，實際上並不是魚。它是介於無脊椎動物和脊椎動物之間的動物，而更趨向於脊椎動物。