那麼王陽明呢？之所以進京是因為父親考上了狀元。作為狀元之子，雖然其才華在當時可以說是很難找出與之相匹敵的人，他不僅精通儒、道、釋三教學說，又能統軍作戰。但作為身處官場上的官員來說，他是沒有絲毫根基可言的，何況像王陽明這樣的文武兼修之人，反而會更容易受到很多人的忌妒。然而，從他28歲步入仕途以來，一直都在為朝廷辦事，在他近30年的仕途中，如果不能做到進退有度，又怎麼可能遊刃有餘地輔佐明王朝的三代皇帝呢？
從王陽明的仕途上來看，有一個令人奇怪的現象，就是每一次他被起用的時候往往是國家需要人才的時候，而往往他執意退下來的時候卻是國家已經安定下來的時候。可以說，這與王陽明在軍事方麵的才能有著密不可分的關係。當年經過龍場悟道的沉澱後，劉瑾、丘聚、羅祥、魏彬等幹預朝政的八人也相繼被誅，朝廷又恢複了一時的平靜，但因劉謹等人多年把持朝政，其手下到處搜刮民財，壞事做盡，致使南方很多田地荒廢，並且盜匪情況十分嚴重。當時，王陽明的官職也出現了變動，從廬陵知縣到四川清吏司主事，又到南京太仆寺少卿等職，雖看似在不斷地升遷，其實大多為閑職。但這種不斷的升遷也讓他對邊疆的防務有了更深層次的認識，於是他經過不斷的考察，寫了一份詳盡的《陳言邊務疏》，十分全麵地闡述了他的軍事主張和思想。而正是這一份《陳言邊務疏》，讓他再一次得到了時任兵部尚書王瓊的高度賞識。
正德十一年，南贛的湖廣、福建、江西和廣東等地區發生了多起大大小小的暴動，朝廷曾多次派兵前去鎮壓，但因為這一地區山險林茂，地形複雜，官軍每次都是無功而返。這時，在兵部尚書王瓊的推薦下，朝廷起用了這位曾做過兵部主事的王陽明，並任命他為左僉都禦史前去巡撫湖廣、福建、江西和廣東等地的八府一州。而為了徹底消滅這些土匪，王瓊還特意為王陽明請到了“便宜行事”的聖旨，不僅賦予了王陽明生殺的大權，他還可以隨時提調當地的軍隊。
這些地區山深林茂，如果是從其他地方調集兵馬，那麼等調來了，土匪也早走了，而且外來兵馬不熟悉當地的地形，根本無法對付這些土匪。為此，王陽明特意在土匪出沒的這幾個地區分別從當地組織起了一些民兵隊伍，並抽調都官對他們進行了訓練。另外，他還在盜匪經常出沒的地區推行了一種“十家牌法”的製度，規定每十家為一牌，每日有一家對其他九家所在地進行排查，如發現有陌生可疑人等即行告官，如有隱匿者，那麼這十家都一起統統論罪。做好這些準備後，他即刻調兵到廣東與江西和福建交界的漳州去打擊那夥人數眾多且活動猖獗的土匪。到達那裏後，他一麵派人打探虛實，一麵放出風說是官兵打算撤退，用以迷惑對手。接著，他便在一些重要隘口設了伏兵，以便乘其不備攻其不意，最終一舉將詹師富等土匪首領斬首示眾。緊接著，他又去平定漳南，此次他采取了攻下一寨是一寨、消滅一巢是一巢的辦法，事先探聽好情況，然後再根據對方的勢力大小決定出兵的多少，很快平定了這一地區的土匪。而後的兩年中，王陽明基本上將這一地區的土匪消滅了。
對於此時的王陽明，朝廷花費了很多力氣都沒有辦到的事情，卻在他因地製宜的策略之下將廣東、福建、湖廣、江西等地多年的匪患徹底掃清了。按照常理來說，很多人都會向朝廷報捷並等待封賞的，可是王陽明沒有這麼做，他反而是在功成之後主動向朝廷上疏，以身體欠佳為由請求辭去官職回鄉養病。當他將請求辭官的折子發出之後，在一次平定小的叛亂的途中，不想又得知了寧王叛亂的消息，此時的他卻出人意料地主動出擊打敗寧王。然後，再次向上請求辭官。
其實，王陽明對朝廷提出辭官不止一次兩次，而是每一次當他打了勝仗後，在向朝廷報捷的同時，都會以身體或其他原因為由提出辭去官職的請求，雖然每次都沒有得到允許，但他不斷地在提。王陽明的這種請求從正德末年一直提到了武宗死後世宗繼位，但在明世宗這位新皇帝執掌政權後，不但沒有批準王陽明的辭官之舉，反倒接連對他進行了提升封賜。在明世宗繼位不久，當他收到王陽明的辭官請求後，即刻便升任他為南京兵部尚書，而不到半年的時間，明世宗又封王陽明為新建伯。雖然王陽明的這些升遷及受封與兵部尚書王瓊等人的極力推薦有關，但與他這幾年在南方平叛中所取得的戰功也有著很大的關係。