從臨床用藥積累的經驗來看，別嘌呤醇副作用的發生率並不太高，所以還是一種比較安全的抗痛風藥物。它的副作用主要有以下幾方麵：①胃腸道反應，例如惡心、嘔吐、食欲不振等；②皮膚過敏反應，例如皮膚瘙癢、皮疹等；③肝損害，可引起肝功能異常，主要是轉氨酶升高，偶爾有發生黃疸者；④白細胞減少。這些副作用的發生與用藥劑量有關。劑量越大，發生副作用的機會越多。此外，與個體差異也有關係。為了預防這些副作用的發生，病人要在用藥過程中仔細觀察與體會有無異常的感覺，如有乏力明顯、肝區不舒適、皮膚發癢、咽喉疼痛等情況，應及時請醫師檢查肝功能、白細胞。即使沒有上述的感覺，在服藥過程中也應當定期檢查白細胞及肝功能。如果白細胞總數在3×109/L（3000/mm3）以下，分類中性白細胞在50%以下，就應停止服藥，並使用一些升白細胞的藥物。等白細胞檢查完全正常後再考慮重新用藥問題。肝功能不正常也應暫時停藥，同時使用一些保肝藥物，直至肝功能完全恢複。如果有皮膚過敏及皮疹發生，亦需暫時停藥。如有胃腸道不舒適或輕度惡心，而無嘔吐及腹瀉，可繼續用藥，同時加用一些保護胃腸功能的藥物如胃複安、西沙必利、猴頭菌片、維酶素、維生素B6、維生素B1等，以減輕胃腸道的反應。一般在服用治療量的過程中（每日3片），容易發生上述副作用。進入維持量後，副作用發生率大大減少。