在劉文陵率燕軍在鹹陽與西涼軍僵持的一個多月時間裏，雖然把西涼軍攔截在鹹陽外不能前進一步，但也無法將其擊退。西涼聯軍雖然在鹹陽城下略有損失，但人數扔不下二十萬，在攻打鹹陽城無果後，就四下搶掠，*屠戮附近百姓。長安以西鹹陽附近百姓原有近百萬，在被屠殺大部分後僅餘數萬戶，無奈隻得向南逃往漢中等地。
此時恰逢盛夏，漫山遍野的屍首無人收埋，在烈日的暴曬下，慢慢的爆發瘟疫，竟然席卷了整個關中。
不管是西涼軍還是劉文陵的禦林軍，由於沒有有效的防治辦法，在瘟疫的侵襲下，都死亡過半。乃至長安城內，到處都有人在處理感染瘟疫的人，不管是已經倒斃的或者還在苟延殘喘的，一律撒上生石灰埋掉。
這場瘟疫一直持續到深秋天氣轉涼才漸漸平息下去。不管是西涼軍還是禦林軍以及漢中起義軍，都元氣大傷，無力再戰。
西涼兵在自己親手製作的瘟疫中大傷元氣，三十萬人僅餘不到十萬人，軍心散亂，在無比遺憾中，向西退走涼州。薑世傑叛國投敵，無奈之下隻得引著僅餘的三四萬殘軍隨著韓牧退往西涼。
漢中義軍首領尚史圖感染瘟疫身亡，由結義兄弟杜明義帶領義軍回師商州，停止進攻長安。
瘟疫後的禦林軍也隻剩下六萬餘人。在西涼軍退走後，禦林軍在劉文陵的帶領下回師長安，墨宗皇帝拖著病體在皇宮外迎接平西王。
淮安方向，湯豪部將許昌平率領五萬軍隊在攻破寶應縣後，已經兵臨城下。好在淮安城內有林慶昭的第五軍防守，許昌平在連續攻打數日，損失數千人後，林慶來帶領四千騎兵趕到。後麵的日子，每當許昌平拉開架勢攻城時，林慶來就帶領騎兵出城衝擊許昌平軍陣，使其不能全力攻城。湯豪部軍隊都是南方人，極少有騎兵，麵對林慶來的衝擊，隻能結起密陣型防禦。等到許昌平擺開陣勢時，林慶來在衝擊一番後就收兵回城。許昌平卻是毫無辦法，一連數日無法攻城，不由得鬱悶起來。
這時林繼英帶領三萬多人魯軍精銳趕來，許昌平無奈隻得退軍。林繼英怒其貿然相攻，並殺傷部將，令林慶來率領傾城之兵而出，大敗許昌平，順勢收服寶應縣。可憐許昌平四萬餘揚州軍，被林慶來擊潰，四散逃回揚州。
自從林慶來泗陽抗擊劉文成部官軍以來，林繼英在外征戰已半年有餘，這期間都是林慶昭、靳元河兩人負責淮安的守衛工作。林繼英考慮到湯豪已經率先開戰，淮安城第一個暴露在湯豪部攻擊範圍以內，且眾人家小都在淮安，如此情況，一點兩線作戰，則形勢極為不利。遂決定將家小等遷往徐州，把徐州發展起來。
一則徐州雖然地處魯軍北部，但徐州北部和兗州在經過數年官軍的征繳後，已經沒有稍有規模的義軍存在，而原來負責鎮守此地的劉文成和謝欒明部官軍在泗陽一戰中也是全軍覆沒。僅東北部登州宋清元氣略有恢複，然距離尚遠。二則南部已經有湯豪，西部有黃文烈官軍兵勢都甚是強盛，若是貿然相攻，必然損失慘重。如今就是北上全取徐州北部和兗州的最好時機。