章正宸字羽侯，會稽人。從學同裏劉宗周，有學行。舉崇禎四年進士，由庶吉士改禮科給事中。疏請帝法周、孔仁義，黜管、商富強，則太平可坐致。報聞。禮部侍郎王應熊者，溫體仁私人也；廷推閣臣，望輕不得與，帝特命入閣輔政。正宸上言：「應熊見擯廷推，何緣特簡囗今事因多擾、變以刻成，綜核傷察，宜存渾厚；奈何複使很傲之人，與讚平明之治哉」？因力詆其狼籍封靡，請寢前命。帝大怒，下獄拷訊。禦史米助國、金光辰、龔廷獻、給事中範淑泰、吳麟征、傅朝佑論救，皆不聽。竟削籍歸。
九年冬，有詔起廢，召為戶科給事中。正宸因言：「起廢旨屢下，而與臣同列名，若詞臣劉必達、楊世芳等已死，乞敕所司速舉」。帝納之。藥廠災，壤公私廬舍無算。正宸言：「火於五德為禮。禮教不修，火災乃見。陛下臨禦，初未以沽名市德疑大臣。頃大臣救鄭三俊、錢謙益，忽為是言；是一無禮也。史口下吏，疏辨抵稱時局，思箝眾口；又一無禮也。朝廷每一番令甲，輒增一番私營，如吏部郎張檉芳以不謹被黜，巧借城工複職，非陳啟新任怨鈔參，則考功之法可以金錢贖矣；又一無禮也。災異頻仍，聖心憂憫，而戶部主事李鳳鳴謂善言不可退災星；亦一無禮也」。帝是其言。時廠衛務羅織人罪，而巡撫武弁從而效之。正宸言：「京師死刑視四方獨多，其處決視四方又獨速。請申飭廠衛巡捕官」。帝令司巡捕者回奏，氣勢稍衰。
十四年，屢遷吏科都給事中。周延儒再相，中外仰望豐采，而門多雜賓。正宸其門生也，獨不肯附會。十五年正旦，朝會，帝進延儒等揖之，待以師傅禮。正宸因言：「陛下隆禮閣臣，閣臣宜積誠以格君心，不與中官作緣、不憑恩怨起見、不以寵利居成功，不以爵祿私親匿」。語皆風延儒。反宣大缺總督，延儒欲用宣府巡撫江禹緒，正宸持不可。吏部希延儒指用之，正宸複劾其行賄事。帝不納。延儒欲起江陵知縣史調元，正宸止之。延儒再召，頗得馮銓力，欲以守涿功複其冠帶。正宸與金光辰力爭，事遂寢。尋詆兵部尚書陳新甲奸邪，薦李繼貞、李邦華、史可法、孫傳庭可代。及鬆山師覆，請先正中樞破壞之律，然後正行間失陷之條；新甲遂獲罪。既而會推閣臣，失帝意，謫戍均州。
福王立，召複故官。疏請函檄四鎮，分渡河、淮與江北、山東，協力互為聲援；且請縞素率師，駐蹕淮上。時不能用。內傳用張有譽為戶部尚書，正宸以有譽雖有望，而中旨不宜出，抗疏力爭。有譽卒以廷推用。魏國公徐宏基等公疏薦張捷，命下部議；並議前戶部主事鄒之麟、前禦史張孫振、劉光鬥起用。正宸分別論諸人，稍寬捷而力詆之麟、孫振、光鬥。馬士英不悅，擬諭詰責。回奏上，獲免。尋以安遠侯柳祚昌薦，起用阮大铖；正宸又力爭，且曰：「朝廷如此舉動，邸報流傳，見臣姓名尚掛仕版，必相顧駭愕，謂負掖垣職掌，萬死何辭！乞先放臣歸裏」。士英輩忌正宸居言路，遂用為大理寺丞。已見國事日非，請假歸。魯王監國，起吏部左侍郎，不受，仍署舊官。事敗，棄家為僧，不知所之（謹據王鴻緒撰明史稿補）。
朱之瑜字楚嶼，至海外複字魯嶼，又號舜水，餘姚人。少伉爽有誌概。有持譜獻者，謂朱文公子為餘姚令，家於此，族人欲附之。之瑜曰：「中有一世訛脫，即難征信。且人貴自立，不必攀附紫陽也」。寄籍鬆江，成諸生。提學禦史元某以才備文武上諸禮部，癸未、甲申兩奉征辟。
明社既屋，福王建號江南，總兵方國安薦授江西按察副使兼兵部職方司郎中，監國安軍。馬士英方用事，遣私人周某偕同邑何進士東平招之。之瑜念方、馬終誤大計，力辭。台省劾偃蹇不奉詔，將逮捕，會南都亡，遂解。
黃斌卿奉表閩中勸進，唐王加斌卿肅鹵伯，鎮舟山；之瑜往依焉。於斌卿強悍不法，數有所救正。承製授昌國知縣，又表授監察禦史，管理屯田事務，聘軍前讚畫，均不應。禦史馮京第之自湖州軍破也，間關入四明王職方翊軍中。時內地單弱，欲藉海外之師為響應。京第勸斌卿乞師日本，斌卿因命弟孝卿副京第往，之瑜從之。撒斯瑪王許發罪人三千及洪武錢數十萬，京第先歸，之瑜留；而師不果出。
己醜，魯王駐舟山，安洋將軍劉世勳疏薦監紀推官，吏部擬兵科給事中，改吏科；時禮部尚書吳鍾巒扈王，兼督學政，以開國第一人薦，將授翰林院官。先後力辭。王翊之朝王也，見之瑜恨晚，舉孝廉，辭。
辛卯，舟山陷，飄泊海島，轉徙日本、交址、暹羅間。甲午征還；敕書達交址，焚香開讀，東望涕零。戊戌，赴廈門朝王，不果。己亥，朝王金門。時朱成功、張煌言會師入長江，之瑜主建威伯馬信營。信，台州副將降於張名振者也。名振死，以兵屬成功與忠靖伯陳輝，之瑜常往來兩軍間。克瓜州、下鎮江，皆親曆行陣。未幾事敗，益彷徨無所向，返日本。日本人安東守約周給之。
丁未，水戶藩侯源光國為築第，駒籠別莊造膝訪道。東國未有學，著學宮圖說，依以創造，凡古升、古尺、簠豆籩鉶之屬鹹備。又命俊秀子弟從受釋奠禮。己酉，年七十，辭歸，不聽。饗之後樂園，以屏風為壽，繪東國及中華耆德六人，則武內宿禰、藤原在衡、藤原俊成、大公望、桓榮、文彥博也。己未，年八十，致祝如初。壬戌四月十七日卒，年八十三。光國遣世子綱條臨喪，葬常陸久慈郡大田鄉瑞龍山，諡曰「文恭」；構祠堂，駒籠別莊親製文誄之。
之瑜生八歲而孤。伯兄啟明，天啟乙醜武進士，南京神武營總兵都督同知，以忤閹削職。特旨昭雪，授漕運總督，國變未赴任，行由總兵劾歸。國朝強起之，不可。後以老壽卒。仲兄之瑾，諸生，弱冠即夭。之瑜在日本，苦蚊，有勸幛以紗廚者。謝曰：「先世葬域，兵後恐遭蹂躪，輾轉思維，不敢身處安逸耳」。凡中華人來，必泣問伯兄近狀。娶葉氏，生子元模、元楷；繼娶陳氏，生女高，字柔端。元模屢省父交址、廈門，辛醜歿於海外。元楷隱居教授，己酉卒。柔端六歲喪母，年十二遭世亂，即佩刃自防；字何東平子，鬱鬱未嫁而亡。
之瑜篤於友誼。初以詩受知於張國維，朝列相知者陳函輝、張肯堂，同縣則鄒元實、鬥東葉大受、陳遵之族子錦，尤與王翊、吳鍾巒、朱永佑契。之瑜之返日本也，諸將留之，張煌言挽之尤力。之瑜以海濱無田可耕，坐而縻餉，有負本誌，遂行。
初，交址王檄取通曉中華文字者，被攝至，不拜；王怒，錮禁之。繼知不可屈，遺書有「太公佐周而周王，陳平在漢而漢興」語。答曰：「天禍明室，不佞逃遁貴邦，苟全性命。如欲委質他國，皇天後土，實鑒此心。倘異日者，瑜藉大王之靈，遄歸桑梓，當舉貴國攜貳之端，昌言於朝，使聖主明見萬裏，貴國得世守藩維，歲貢終王，寧不賢於瑜之竭蹶貴邦哉」。乃縱之歸。
之瑜問學賅博，少從業慈溪李契元，有詩數十篇，附刻姚江詩存。文集二十八卷，皆海外所作，日本正德二年源綱條刻之，有安東守約序。日本高弟有守約子安積覺，又今井將興（謹據朱衍緒家傳補）。