上封子九人為王，大封功臣，為公侯伯有差，死者肖像祀之。置六部官，以分理庶務。放元宮人，旁求隱逸及孝弟力田、賢良方正文學之士。建大本堂，命取古今圖籍充其中，延儒臣教授太子諸王。以孔希學襲封衍聖公，孔希大為曲阜縣知縣。親耕借田，免輸天下各處田租。未幾，又統免天下田租。命皇後親蠶。命翰林為文，無事浮藻。禁四六文辭。詔天下郡縣皆立學。群臣親老者許歸養。天下大定，惟偽夏主明升。尚據巴蜀。洪武四年正月，上命湯和為征西將軍，同楊璟、廖永忠、周德興、曹良臣等，率舟師自荊湘，由瞿塘趨重慶；傅友德為征虜將軍，同顧時、陳德、汪興祖等，率騎自陝西，由秦隴趨成都。太祖密諭友德曰：“蜀人聞吾西伐，必悉其精銳東守瞿塘，北阻金牛，若出其不意，直搗階、文，門戶既隳，腹心自潰。”友德頓首受命。傅友德進兵，揚言出金牛直搗階、文。連戰克階、文、綿、漢四州。廖永忠乃與、湯和分道並進，約會重慶府。永忠師行，沿江州縣望風奔附，乘勝抵重慶。明升君臣大懼。其臣劉仁勸升奔成都，母彭氏曰：“事勢如此，縱往成都，不過延命旦夕，何益?不如降也。”升遂麵縛銜璧奉表降。蜀地悉平。明升至京師，上封為歸義侯。遣使祭曆代帝王陵寢。置通政使，禁奏事，不許關白中書。縱苑中禽獸，惟以虎縛送光祿寺。禁僧道閑遊，無度牒者，不許越境。每縣隻許存寺觀一所，月具結，男女非年過四十者，不許為僧尼。定大明律法。
上欲相胡惟庸，劉基力言其不可，勿聽，竟相惟庸。惟庸讒劉基，上奪劉基祿，基遂留京師。胡惟庸欲謀亂，忌基，鴆殺之。十三年丞相胡惟庸謀逆，誑言所居井湧灃泉，邀上往觀。乘輿將出，內侍雲奇知其謀，勒馬言狀，氣方勃舌，不能達意，上怒其不敬，左右撾捶亂下，奇垂斃，尚手指賊臣第，弗為痛縮。上方悟，登城眺察，見惟庸第內兵甲伏屏帷間數匝。上亟返。遣兵圍其第，罪人一一就縛，悉誅之。上召雲奇，死矣，深悼之，追封右少監，賜葬鍾山。胡惟庸辭連李善長，上赦之。宋濂、孫宋慎，坐黨逆被刑，籍其家，械濂至京師。上怒，欲誅之。皇後諫曰：“宋濂親教太子、諸王書，豈若是恝?況濂致仕家居，必不知。”上乃使宋慎茂州安置，至夔州卒。胡惟庸死，上乃思劉基，以基孫封為誠意伯。
時天下已定，惟元梁王把匝刺瓦爾密據雲南，殺信使。十四年九月，上命穎川侯傅友德為征南將軍，永昌侯蘭玉、西平侯沐英為副將軍，帥師三十萬，以征雲南，上餞於龍江，授以成算，旌旗蔽江而上。友德至湖廣，分遣都督郭英等帥兵五萬，由四川趨烏撒。友德等帥大兵，由辰沅趨貴州。友德等師至普安，元梁王把匝刺瓦爾密，遣平章達裏麻，將精兵十餘萬，屯曲靖，以拒明師。而兵方到，友德倍道疾趨，出其不意，徑至曲靖，忽大霧四塞，衝霧而行，阻水已臨白石江矣。頃之霧霽，達裏麻望見大驚。友德欲濟，沐英曰：“不可。”乃整軍臨流欲濟，潛遣數十百人從下流渡，出其後，於山穀間鳴金鼓樹旗幟，為疑軍，達裏麻急撒眾禦之，沐英乃拔劍督師濟江。元陣動，明師奮擊，大破之，生擒達裏麻，遂平曲靖。友德分遣蘭玉、沐英帥師趨雲南，而自以眾數萬向烏撒，為郭英等聲援。把匝刺瓦爾密聞達裏麻敗，棄城走，驅妻子俱赴滇池而死。蘭玉、沐英等師至雲南，元右丞觀音保出降，雲南平。自出師至平雲南，僅百餘日。雲南平後，上召傅友德班師，沐英留鎮雲南。沐英，定遠人，上初起兵時，養以為子，故命之留守。
命天下朝覲官，各舉所知一人。遣使求經明行修之士。江夏秀士曾泰，有學行，上以為戶部尚書。皇後馬氏崩。後性恭儉寬仁，每勸上積德，不可枉殺人，上甚賢之。及崩，上終身不立後。詔選高僧，分侍諸王。有僧道衍者，姓姚，名廣孝，蘇州人。幼出家，改名道衍，字斯道，好讀書，工詩文，遇異人傅信。能預知人休咎。文皇在燕邸，廣孝自請於燕王曰：“殿下若能用臣，臣當奉白帽子與大王戴。”至是燕王自求廣孝於上，許之。遣禦史錄囚於諸省。頒行科舉成式。定生員巾服之製，上親視，必求典雅，凡三易其製，始定斕衫。詔公侯各還鄉，賜賚有差。時帝大殺京民之怨逆者，李善長請免其戚數人，上大怒，遂賜死。上命大將軍蘭玉征沙漠，蘭玉深入，至捕魚兒海，偵知元主營在海東八十裏，遂乘風沙，直薄其營。元主驚遁，玉追千餘裏，不及而還。獲元主次子地保奴及後妃公主一百三十餘人。又獲吳王朵兒隻等將相官校三十人，男女七萬，馬駝五萬。上大悅，下璽書褒之。玉奸淫元主妃，秋七月師還，上聞其事，切責之。
二十五年，皇太子標崩，諡曰懿文太子，甚有賢行。及崩，以嫡孫允枚為皇太孫。涼國公蘭玉恃功橫暴，以上數裁抑之，乃聚甲士家奴，伏甲將為變。事覺，磔玉於市，夷其族。一時公侯大吏以至偏裨將卒，坐黨論死者二萬餘人，並前胡惟庸黨，前後所誅共四萬餘人。又帝因元宵燈謎畫一婦人，手懷西瓜，乘馬，而馬後腳甚大。上曰：“彼以皇後為戲謔，蓋言淮西婦，馬後腳大也。乃大殺京民之不守本分者。又嚐微行，遇一老嫗，呼帝為老頭兒，乃大殺京民之怨逆者。二次所殺，又數萬人。此外以疑似誅殺者甚眾。嗚呼!亦慘矣哉!
帝聰明睿知，神武性成，收攬英雄，平定四海，納諫如流，求賢若渴。重農桑，興禮樂，褒節義，崇教化，製度鹹宜，近古以來，未之有也。然性嚴明，果於誅殺，一時開國元勳鮮克令終，此則其所短也。在位三十一年，戊寅閏五月，帝崩，壽七十一歲。太孫允枚即位，是為建文皇帝。以遺詔，遣使諸王入臨。上皇祖考諡曰欽明啟運峻德成功統天大孝高皇帝，廟號太祖。尊母呂氏為皇太後，追尊父懿文太子為興宗孝康皇帝。詔行三年之喪，而不廢政事。卓敬密奏裁抑宗藩，疏入不報。於是燕、周、齊、湘、代、岷諸王，頗相煽動。齊泰黃子澄首建削奪之義，齊泰欲先削燕，黃子澄請先削其黨。乃命李景隆至河南，執周王橚及其世子妃嬪送京師，削爵為庶人，遷之雲南。燕王見周王被執，遂簡壯士為護衛，以鉤逃軍為名，致招異人術士。浙江鄞人袁珙，善相術，道衍嚐遊嵩山佛寺，遇珙，珙相之曰：“寧馨胖和尚乃爾耶?目三角影白，形如病虎，性必嗜殺，他日劉秉忠之流也。”衍大喜，至是薦珙於燕王。王使召之至燕，使人與飲於酒肆，王易服雜衛士中，亦入肆飲。珙一見即趨拜王前曰：“殿下何自輕若是，殿下異日太平天子也。”王大喜，館珙於道衍僧舍，熒惑守性。四川嶽池教諭程濟，通術數，上書言北方兵起，其在明年。朝議以濟妄言，召入，將殺之。濟曰：“陛下幸囚臣，至期無兵，殺臣未晚也。”乃囚濟於獄。
燕王入朝，行皇道而入，登陛不拜。監察禦史曾鳳韶，劾王不敬。帝曰：“至親勿問。”戶部侍郎舊敬密奏曰：“燕王智慮絕人，酷類先帝，夫北平者，強幹之地，金、元所由興也，宜徙封南昌，以絕禍本。”上亦不聽。燕王歸即稱疾，久之，遂稱疾篤。太祖小祥，燕王遣世子高熾及其弟高煦、高燧至京師，齊泰、徐輝祖請留之，徐增壽力保其無他。上遣高熾等還，燕王大喜曰：“天讚我也。”上遣使執湘王柏，王怒，焚其宮室美人，己亦乘馬執弓，躍入火中而死。又廢岷王梗、齊王榑、代王桂為庶人。燕護衛百戶倪諒，上告燕官於諒周鐸等陰事，言欲為變，逮係至京，皆戮之。有詔責燕王，王乃佯狂稱疾，走呼市中，奪酒食，語多妄亂。或臥土壤，彌月不蘇。張昺謝貴入問疾，王盛夏圍爐搖顫，曰：“寒甚。”宮中亦杖而行，朝廷稍不以為意。燕府長史葛誠密告昺，貴曰：“殿下本無恙。公等勿懈防，恐一旦事不可測。”貴等謀益急。齊泰奏遣內官逮燕府官屬，又密敕北平都指揮使張信，使手執燕王。信驚告其母，母曰：“不可，若父嚐言王氣在燕分，王者不死，非汝所能執也。”信乃往燕邸請見，召人，拜於床下。燕王佯為風疾，不能言。信曰：“殿下無爾也，有事當以告臣。”王稱疾益堅。信曰：“王果無意乎?臣奉密敕在此，當就執。”王始以誠告之。疾召僧道衍與謀。適簷瓦墮地而碎，王不懌。道衍曰：“天欲殿下易黃瓦耳!”王乃喜，遂與定謀。
時謝貴等集兵布陣圍王城，又以木柵斷端禮門。燕王急呼護衛指揮張玉、朱能等將八百人入衛。燕王曰：“彼軍滿城，而吾兵甚少，奈何!”朱能曰：“先擒謝貴、張昺，餘無能為矣。”燕王曰：“是當以計取之。今奸臣遣內官來逮官屬，依所坐名收之。”就令內官召貴、昺付之，將必入，入則縛之。明日，燕王稱疾愈，禦東殿，伏兵左右。貴、昺不深慮，果入，為壯士所縛。於是兩廡伏兵盡出，捽葛誠下殿，燕王擲杖起曰：“我何病，為汝輩奸臣所逼耳。”遂曳貴、昺、誠，皆斬之。圍者驚相告，貴、昺兵皆潰散，遂據北平。以太祖祖訓有雲：“內有奸臣，許藩王起兵，以清君側之惡。”因以誅齊泰、黃子澄為名，去建文年號，仍稱洪武三十二年。號所起兵曰靖難，署官屬，以張玉、朱能、邱福為都指揮僉事。燕王棣上書，請誅奸臣齊泰、黃子澄，詔削燕王屬籍。燕王遣張玉降通州，破薊州，燕兵陷懷來，而開平、龍門、上穀、雲中守將，往往降附。
時帝方銳意文治，日與方孝孺等討論周官法度，以北兵為不足畏。黃子澄謂北兵素強，不早禦之，恐河北遂失。乃以耿炳文佩大將軍印，以李堅、寧忠為左右副將，帥師三十六萬北伐。又命安陸侯吳傑、江陰侯吳高等，帥師並進。擢程濟為軍師，護諸將北行。眾號百萬，數道並進，直搗北平。檄山東、河南、山西三省合給軍餉。帝誡諸將士曰：“一門之內，自極兵威，乃不仁之極。爾將士務體此意，無使朕負殺叔父之名。”耿炳文至真定，率所部兵分營滹沱河南北。徐凱率兵十萬駐河間，潘忠駐莫州，楊鬆帥先鋒九千人據雄縣。燕王乘其中秋不備，親率兵破雄縣，楊鬆與麾下九千人皆戰死。王度潘忠在莫州，引兵來救，乃伏兵橋側，匿水中。既而忠等果至，王進兵迎擊，伏兵起，忠腹背受敵，趨橋不得，遂生擒忠。王率師直趨真定，耿炳文部將張保迎降。言耿炳文兵三十萬，先至者十三萬，分營滹沱河南北。燕王以為率兵薄北岸，則南岸之眾渡河，擊之恐難取勝，乃厚撫張保遣歸，使言雄、莫敗狀。令炳文並其軍。保歸，詐言兵敗被執，竊馬逃歸。因言燕兵旦夕且至，若河南兵移並北營，庶可並力禦敵。炳文遽用保言，移其營。燕王遣張玉、譚淵、馬雲、朱能等率兵奮擊。王以奇兵出其背，循城夾擊，橫貫南陣，炳文大敗，奔入真定，斬殺幾五萬，溺死無算。炳文素稱老將知兵，至是敗，帝有憂色，召群臣問計。黃子澄曰：“勝負兵家常事。區區一隅，豈足以當天下之力。願調兵五十萬，四麵攻之。眾寡不敵，必成擒矣。”曰：“孰堪將者?”子澄曰：“李景隆文武全才也。”帝然之。親餞景隆於江滸，召耿炳文還京師。李景隆乘傳至德州，收集耿炳文敗亡將卒，並調各路軍馬五十萬，進營於河間。燕王聞之。呼景隆小字曰：“李九江膏梁豎子耳，寡謀而驕，未嚐習兵，付以五十萬眾，是自坑之也。”乃謀出外以誘之。