左良玉於舒城、六安間，連戰三捷。秦翼明敗闖塌天於細石嶺，俘一條蔥、新來虎，反民退入大山中。張國維檄左良玉入山搜捕，良玉憚於入山，兵將日擁戰中奪回美女數千為樂。國維三檄之，始自舒城進發，而反民已出境矣。詔革左良玉職，俾殺反民自贖。命陝西巡撫孫傳庭兼理河南，以熊文燦為兵部尚書，總理直隸、山、陝、川、湖軍務，督剿反民。戊寅十一年正月，左良玉、陳洪範破反民於鄖西，張獻忠再降於陳洪範。八月，曹操會革裏眼、過天星、托天王、十反王、整齊王、小秦王、混世王、整十萬等於陝州，犯襄陽。熊文燦次襄陽，遣副將龍在田邀擊革裏眼、射塌天於雙溝，大破之。老回回奔棗陽，曹操獨留內浙山中，勢孤，乞降於提督太監李維政。維政為言於熊文燦，文燦檄止諸軍，曹操九營俱就撫，授為遊擊將軍，供給甚備。羅汝才自言不願為官，願為百姓耕田，乃分屯部眾於房、竹、鄖、均諸邑，與居民錯壤而居。張獻忠就撫，屯穀城，汝才遙為聲援。李自成陷瀘溪。洪承疇、孫傳庭大破反民於襄陽，闖王困於潼關。
初，闖王父守忠禱於華山，夢神以破軍星為之子，生自成，呼為黃來兒。自成妻韓氏，故娼也，縣役蓋君祿與之通，自成殺淫者，偕李過亡命甘州。後妻邢氏，又與高傑通。傑竊之以降於明。及潼關之敗，其再娶妻小及女，盡為官軍所得，止從十八騎，過穀城，依張獻忠。獻忠與之飲，酒半酣，獻忠撫其背曰：“李兄盍亦從我降，而仆仆奔走乎?”自成仰而嘻曰：“不可。”獻忠乃資以衣馬，走依老回回營，臥病半年。老回回授以百人，使同諸人出階文，向陝西。左良玉大破之，射塌天降之。射塌天即李萬慶也，降後屢立戰功，官至副將，守襄城，後自成陷襄城，殺之。己卯十二年，張獻忠複叛於穀城，飛蝗蔽天，食禾稼殆盡，饑民並起從之。羅汝才九營複叛應獻忠。七月，二人合於房縣，左良玉追及之，大敗而還。事聞，逮熊文燦棄市，以太學士楊嗣昌督師討之。羅汝成過天星七股入蜀，犯夔州，石柱女帥秦良玉邀擊之，斬東山虎。秦良玉帥師勤王，見邵巡撫，公然帶美貌男妾十餘人。時李自成向陝西，勢複振。九月，秦兵大破李自成於函穀關，自成眾略盡。秦兵蹙之於北，左良玉扼之於南，自成窮蹙，不複他逸，食且盡，自經者數四，養子李雙喜救之，諸將圍自成甚密。督師楊嗣昌曰：“圍師必缺，不若空武關一路，待其走而執之。”自成以五十騎衝圍而南，諸將不能禦，遂自武關入鄖陽。時河南大饑，民從之者數萬。楊嗣昌即楊鶴子也，父子前後誤國。
庚辰十三年，秦軍複大破闖王於殽函，斬首數千級，誅蠍子塊，而整十萬、掃地王、小秦王、金翅鵬、托天王、過天星、關索、滿天星、張妙子、邢家米、大天王、鎮天王、一條龍、小紅狼、九梁星等相繼降。闖王潰圍而出，走河南。時南北兩京、山東、河南、山西、陝西、浙江大旱蝗，人相食，草木俱盡，反民者複大熾。又開州人袁時中，聚眾寇開州，旬日間，眾至數萬。時官軍不能殺賊，反日肆淫掠，殺被難男婦以邀賞。其在家稍富者，府縣等官又加以通賊之名，殺而籍沒之。其有美貌婦女，則收為婢妾。其實通反民者，反畏之而不敢問，民無逃生之路，遂群迫而為盜，盜月熾，而亡日逼矣。辛巳十四年，河南，山東反民盡歸於李自成。自成會眾部攻陷河南府，臠福王雜以鹿肉，名為福祿酒，飲之。福王，神宗之愛子，母鄭貴妃，富厚甲天下，其後宮珍寶山積，俱為自成所得。自成以兵圍開封，周王恭枵出金五十萬，募兵禦卻之。獻忠襲襄陽，焚襄王府，執襄王，據坐王宮，坐王堂下，勸之以卮酒，曰：“吾欲斷楊嗣昌頭，而嗣昌遠在蜀，今當借王頭，使嗣昌以陷藩伏法。”遂斬之。其軍資器械山積，盡為所有。三月，督師楊嗣昌自縊於軍中。
自成陷歸德，牛金星降之，自成以其女為妻。金星薦卜者宋獻策，善河洛數。獻策長不滿三尺，見自成獻圖讖雲：“十八孩兒當主神器。”自成大喜，拜軍師。時闖眾已五十萬，曹操複與之合，益強。赦故兵部尚書傅宗龍於獄，以為陝西總督。自成攻項城，宗龍將兵救之，自成破宗龍軍，遂陷項城。分兵屠商水、扶溝，複合陷葉縣，將軍劉國能死之。國能即降將闖塌天也。時諸人半降於官軍；半歸於闖部。惟老回回、革裏眼、左金玉、曹操、八大王及袁時中尚存。老回回即馬守殷，革裏眼即賀一龍，曹操即羅汝才，八大王即張獻忠也。回、革、左陷宿鬆、英山、潛山等處，張獻忠陷鄖西，有眾數十萬。掠信陽，左良玉大敗之。獻奔李自成，自成將殺之，獻因東走，與回、革合。回、革、左、獻會闖於河南，眾逾百萬，陷襄城。先是陝撫汪喬年發自成祖墓，得一蛇，若龍形，飛空，昨日數口而墮，喬年即斬以徇。至是將兵救襄城，兵敗被殺，又米脂令邊大綬，掘自成祖墓，得一物，鱗甲滿身，醯而灰之。賊陷南陽，唐王死之。闖、獻合兵陷禹州，徽王死之。複圍開封，周王恭枵與巡撫高名衡、總兵陳永福竭力固守。永福射中自成左目，自成退屯朱仙鎮。
壬午十五年正月，自成攻開封益急，以洞車附城，執汴人鑿城磚土而空之，縱橫丈餘，凡為數十窟，輦火藥數萬斤，實之。而實土礫於外，成丘阜以蔽之。眾擐甲持矛，望城崩即擁上，乃以火燃藥，豈知舊土實而新土虛，火藥一發崩天，磚缶皆飛鳴外響，眾之布圍於外者，人馬皆成血糜，乃大駭，解圍而去。回、革、左、闖操所部八十萬，屠陳州，陷睢州、太康、歸德、寧陵、考城等處。督師孫傳庭斬總兵賀人龍。人龍，米脂人，以諸生效用，屢殺反民有功。上疑其與反民通，密敕傳庭殺之。反民聞人龍死，酌酒相慶曰：“賀瘋子死，取關中如拾芥矣。”山陝有妖鼠，產於蝦蟆腹中，一產數千，食禾稼立盡。民大饑，人相食，賊愈熾。回、革、左、操、闖、獻三圍開封，守臣告急，總兵許定國以山西兵渡河援開封，時反民兵勢盛，眾皆畏之，潰於覃懷。督師丁啟睿及援剿諸軍楊文嶽、左良玉、虎大威、楊德政、方國安等潰於河上。山東總兵劉澤清援開封，立營朱家寨，被攻之三日，諸兵不至，澤清亦引兵去。開封久困食盡，人相食。開封城北枕黃河，巡撫高名衡等恃引黃河之水，環壕以自固，反民乃大決河水灌城，河流直衝入城，勢如山嶽，水聚長二丈，士民溺死數十萬，高名衡、陳永福與周王等鹹乘小舟，逾城而過，至城西上山，尋路而遁。城中遺民尚餘數萬，反民浮舟入城，盡掠之以去。張獻忠再陷六安，將州民盡斷一臂，男左女右。總兵黃得功、劉良佐將兵救六安，敗績。獻忠遂謀渡江，入南京，僭號改元。獻忠南下，黃得功大破之於潛山，劉良佐再破張獻忠於安慶。十月，獻忠引兵西走蘄水，黃得功忠勇無敵，時人號為黃闖子。闖王合諸人屠汝寧，陷襄陽，掠崇王由樻及世子諸王妃嬪以行，又陷武岡，殺岷王。癸未十六年正月，李自成陷承天府，巡撫宋一鶴、鍾祥知縣蕭漢死之。
初，李自成流劫秦、晉、楚、豫，攻剽半天下，既而連陷荊、襄、鄢、郢，席卷河南，有眾百萬，始思據城邑，擅名號，眾俱奉其號令，推自成為奉天倡義文武大元帥。自成據襄陽，號曰襄京，其餘所陷郡縣，俱改易名號，修襄王宮殿為宮，設官分職。老回回降於李自成。革裏眼、左金王雖與闖合，恃其眾，意不相下。三月，闖王置酒宴左、革，殺之席上，並其軍。闖王命羅汝才攻鄖陽，久不下，所部多死，因怨闖王。四月，闖王以數十騎突入羅汝才營，汝才臥未起，入帳中斬之，一軍皆嘩，七日始定，所部多散亡，降於秦督孫傳庭。袁時中欲歸款於明，五月，闖王攻殺時中。自後隻闖、獻二人陸沉中原矣。去年十月，張獻忠西走蘄水。是年正月，夜襲蘄州，陷之，令縉紳、孝廉、文學各自東門入，西門出，盡斬之，遂屠蘄州。三月，複屠蘄水，遂自蘄水疾馳至黃州，乘大霧以攻城。黎明城陷，眾執副使樊維城，不屈，死之。獻忠沿江而上，悉師破漢陽，由煤炭洲渡江，直逼武昌城下。時庫藏空虛，楚王有積金百萬，長史徐學顏請王發數十萬金以贍軍，王不聽。而募兵助守城，獻忠攻城，參將崔文榮禦之，多有斬獲。而楚府新募兵為獻忠內應，城遂破。文榮與前大學士賀逢聖及楚府長史徐學顏俱死之。獻忠執楚王，沉之於西湖，獲宮中積金百餘萬。屠楚宗，戮士民，遂據楚王府，而裸淫其宮眷，僭稱武昌曰京城，偽設六部五府，鑄西王之寶，開科取土，授郡縣官。李自成聞之怒，遣人賀之曰：“老回回已降，曹、革、左皆被殺，行將及汝矣。”獻忠懼而恨之。
七月，方國安合左營副將徐懋德、馬士秀率步騎二萬，夜擊獻忠，勝之。左鎮諸軍並進，獻忠令別部守武昌，而己趨嶽州。官軍複武昌，遂複漢陽並諸屬地。獻忠陷嶽州，複陷長沙，拆桂王宮殿於長沙，以長沙為京城，開科取士。獻忠遣兵取江西，陷瑞安、臨江、新喻、分宜，又陷袁州吉安。十一月，江督呂大器兵複吉安，左良玉移鎮武昌，令馬士秀等趨長沙搗其後，令馬進忠等趨袁、吉擊其前，諸軍奮擊，大敗之，遂複嶽州及袁州。十七年正月，獻忠遂棄長沙，引步騎數十萬入夔州。六月，獻忠陷涪州、瀘州，蜀王告急於江南。獻忠陷重慶，瑞王闔宮被難。八月，獻忠陷成都，蜀王闔宮被難，獻忠自稱西王，改元大順。獻忠大索全蜀紳士至成都，皆殺之。既而懸榜試士，雲不到者斬。諸生遠近爭赴，獻忠以兵圍而擊殺之，鹹挾筆握策而死，蜀中士類俱盡。獻忠未幾而病，遂死。清兵至，餘黨悉降。或曰：“清兵至，獻忠出戰，為流矢所中而死，屍化為黑虎，又傷人無算。”未知孰是。
李自成自十六年五月並袁時中之後，大造戰艦於荊襄，謀自王於荊州，遣親信大帥二十九人，分守各處郡縣要害，以劉宗敏總步、白旺總騎。闖王行軍，雖左右不知所往，其百萬之眾，惟自成馬首是瞻，席卷而趨，遇大川則囊土雍上流而渡之。每有謀略，集眾計之，自成不言可否，而陰用其長者。其攻城望風降者不殺。其兄自秦中來，自成執而殺之。無子，以李雙喜為養子，時流亂十餘年，自北京以南，南京以北，縱橫數千裏間，白骨滿地，人煙斷絕，行人稀少。上召保定巡撫徐標入見。標曰：“臣自江淮來，數千裏蕩然一空，即有城池，僅餘四壁，蓬蒿滿目，雞犬無聞，曾未遇一耕者。陛下將何以致治乎?”上聞之，欷歔泣下。為祭難民，祭陣亡將士，祭各親王，作佛事於宮中，以祈太平，下詔罪己。趨督師孫傳庭，著速平亂。八月，孫傳庭次閿鄉，克寶豐，誅偽州牧陳可新，遂入唐縣，反民家口悉伏誅。孫傳庭複郟縣，李自成將兵逆戰，大敗。時孫傳庭前鋒盡收左、革故部，皆致死於反民。而高傑所統諸降將，備悉其中曲折。自成複遣其弟一隻虎李過逆戰，三戰三北。自成奔襄城，諸軍進逼之，自成累敗，挑土築牆以自守，已而食盡，有饑色。自成謀所向，牛金星請先取河北，直搗京師，楊承裕欲先據河南。獨顧君恩曰：“否，否，先據留都，勢居下流，難濟大事，其策失之緩；直搗京師，萬一不勝，退無所歸，其策失之太急；如先取關中，為元帥桑梓之地，秦邦百二山河，足以建國立業，然後旁略三邊，資其兵力，攻取山西，後向京城，進退有餘，方為全策。”自成從其計。正欲進取關中，會大雨連旬，孫傳庭軍乏餉，兵噪於汝州，降將李際遇陰通於自成。自成率諸騎大至，官軍與戰，墮自成伏中，遂大敗。孫傳庭與高傑走河北，自成向潼關，孫傳庭亦整兵向潼關，眾尚有四萬。一隻虎陷閿鄉，疾走潼關，獲督師大纛，自成以纛給守關者，突入潼關，官軍大漬。自成入關西行，一隻虎陷華陰，孫傳庭退屯渭南。冬十月，賊合眾數十萬陷渭南，孫傳庭沒於陣，楊暄被執不屈，死之。李自成陷商州，商洛道黃世清死之。李自成陷西安，陝西巡撫馮師孔、按察使黃炯、長安知縣吳從義、指揮崔爾達、秦府長史章世炯等皆死之。自成據秦王府，擄秦王，偽授權將軍。秦藩富甲天下，擁資數百萬，盡為自成部所有，自成分兵徇諸群縣，皆陷之，自成改西安府為長安，擄掠巨室助餉。十一月，陷延安，複陷鳳翔，屠之。總兵高傑引兵奔山西，高傑即翻山鷂，後率兵入江南。李自成陷榆林，總兵尤世威及諸將、一城男婦盡死之，無一人屈節辱身者。自成搗寧夏，寧夏以降。陷慶陽，屠之，執韓王。陷平陽，殺西河王等數百人。山西群縣望風款附，自成遣偽牌遍行山西，其辭甚悖。