恭王去後，兩宮太後便傳懿旨，準即日奉梓官回京。怡、鄭二王等又開秘議。肅順道：“我們入宮去見太後再定。”三人入見，太後便諭道：“梓宮回京日子，你們擬好麼?”三人道：“聞得京城尚未平靜。”太後哼一聲道：“京城有何不平靜，你們受先生顧命，又自稱讚襄王大臣，自己問心，哪一事能對得起先王呢?就是董元醇一折，也有可采處。你們果肯竭誠讚襄，我輩女流，何必要幹預政事。但梓宮奉安，幼主回京，這兩件事，究竟你們辦好沒有?”怡親王聽太後這話，心中不自在，便道：“我們讚襄皇上，也不能事事聽命太後。”太後大怒道：“我也叫你讚襄皇上，我等哪個要你讚襄?但皇上是天下共主，一日不回京，人心一日不安，皇上也是一日不安，所以叫你們定個日子，奉喪扈駕，好早到京，把你們讚襄責任也卸了。”端華道：“隻因京城未平定，故爾遲些。”西太後道：“京城早平定了，不必多疑，宜早回去為是。”三人退出，會議一策，預備派怡親王侍衛護送太後，於古北口將西太後刺死。哪知西太後格外乖滑，密令侍衛榮祿帶一隊兵，緊緊跟隨。
到了奉襯啟行這日，照清室禮製，一切儀注行畢，太後及皇上先行，鸞輿在前，梓宮在後，以便在京奉迎。怡、鄭二王等見榮祿不離左右，竟不敢下手。一路安安穩穩到京。
九月二十九日，太後、皇上安抵京城北門，恭親王率王大臣出城迎接。東太後傳旨，令各王起身，恭王謝恩，隨鸞輿入城。怡、鄭二王見城外總是軍營，心中惶恐，遂回原邸安歇一宵。次早起身，方思入朝，見恭王奕、大學士桂良等帶侍衛數十走來，便道：“有旨，著怡王解任。”怡王道：“我奉大行皇上梓宮，哪個令我解任?”忽見鄭親王亦走來，見兩人相爭，不知何故。恭王見鄭王亦到，說道：“真巧。現奉諭旨，著怡、鄭二王解任。”鄭王笑道：“上諭須要我等擬定，這諭旨是哪裏來的?”恭王道：“現放禦寶在上，難道不遵麼?”怡王問：“此印何來?”恭王道：“大行皇帝臨終時，親給兩宮太後。”怡、鄭二王道：“太後不能解我的任。皇帝幼衝，更不必說。”恭親王聞言大怒道：“你兩個敢不接旨麼?”怡、鄭二王道：“無旨可接。”恭王道：“這禦寶是先皇傳授下來，你敢不算麼?”喝令侍衛將兩人拿下。怡、鄭二王道：“我兩人得何罪過?”恭王道：“你聽著。”遂宣讀諭旨。二王道：“你捏詞禍人，同你去見太後。”恭王遂令侍衛將二人牽出，送宗人府交宗令看管，回宮複旨。畢竟西太後辣手，將怡、鄭二王先革去爵職，複著宗人府會見九卿嚴行議罪，另派睿親王仁壽、醇親王奕讓，速將肅順拿問。睿、醇二王奉旨，帶侍衛百名出城，托以迎接梓宮為名，誘擒肅順。行百餘裏，正遇梓宮。兩王下馬，肅順亦下馬相見，禮畢，二王又至梓宮前行過禮。肅順欲探鸞輿消息，並問兩宮太後及皇上安，二王說安，醇親王奕說到驛站再談。及至館驛，奕起身道：“有旨拿革員肅順。”肅順大驚道：“我犯何罪?”奕道：“多呢，至宗人府再諭。”肅順絮絮叨叨，也不多辯，命侍衛押著肅順，連夜進京。次日，便降旨將肅順革職，交宗人府議罪。家產即著員發抄，即授恭親王奕為議政王，在軍機處行走。過二日，梓宮至德勝門，太後及皇上出宮跪迎，奉梓宮入禁城，停乾清宮。於是王大臣、大學士、都統等，請太後垂簾聽政，並擬新皇帝年號。初擬“祺祥”二字，嫌其意義重複，兩宮太後命軍機大臣改擬。議政王窺太後慈懷，擬以“同治”二字進呈。西太後見“同治”二字，寓意正合兩宮同治，遂以明年為同治元年，頒告天下。次日，即降旨一道，宣布載垣、端華、肅順三人跋扈不臣，罪大惡極，有負先皇付托之重，免其淩遲，均著斬立決。三人既死，個個不敢違忤。清朝大政，一切皆歸西太後慈禧獨斷；東南軍務，專責成兩江總督曾國藩，令他統轄蘇、皖、贛三省，並浙江全省軍務，所有四省巡撫提鎮及以下官員，皆歸節製，此樣重大責任，從古未有。
且說湖北巡撫胡林翼，自太湖還援湖北，收複德安、黃州等處，積勞成病，得咯血症，竟歿於武昌，遺疏薦李續宜代己職，朝旨準允，即命續宜為湖北巡撫。曾國藩以轄地太廣，特薦左宗棠督辦浙江軍務，朝旨令左宗棠赴浙剿滅，提鎮以下，悉聽宗棠調遣。
卻說曾國荃自克安慶，隻望一鼓殲賊，遂與國藩會商進攻江寧。國藩恐兵力不足，令國荃回湖南招募湘勇，以厚兵力。朝旨賞國荃頭品頂戴，任浙江按察使；授鮑超浙江提督，恰是叫他援浙。是時浙江巡撫已改任王有齡。賊酋李秀成、李世賢，一竄安徽，一竄江西，皆被左宗棠、鮑超兩人殺得無處可入，仍竄浙江。時曾國荃於湖南募來數萬湘勇，與曾帥會商進攻江蘇。曾帥檄調各路兵馬，分路進剿。自己居中指揮，真是萬旅叢集，眼見太平天國保不住了。軍事倥傯，捷報飛陳：都興阿克天長，左宗棠克遂安，曾國荃、國葆連克數城，彭玉麟克巢縣、和州、太平府等城。多隆阿擊敗陳玉成於廬州，玉成遁走，往依練總苗霈霖。玉成不知霈霖已受勝保招撫，被霈霖拿住，解勝保營，轉解京師。有旨將玉成正法。後來霈霖複叛，勝保亦因被逮，此事不提。