從甲蟲到野牛
達爾文回到蒙德維的亞幾天後搬回“貝格爾”號上。“貝格爾”號拖上從洛烏那裏買來的“埃德文切爾”號縱帆船，於12月7日往南朝巴塔哥尼亞方向駛去。
這次航行一帆風順。在離哥連德角不遠的地方，達爾文撒到海裏的一張小網撈取到了許多在海中浮遊的活甲蟲，其中一部分是淡水棲甲蟲，一部分是陸棲甲蟲。達爾文把這種現象解釋為：有一條來自淡水湖的小河在離哥連德角不遠的地方流進海裏。
12月20日，“貝格爾”號駛進了希望港口，眼前是一片真正的荒漠，在荒漠的上麵展現了一片遼闊的平原，混雜有淡白色的泥土的圓形礫石，長著棕褐色粗硬的草的寥寥無幾的地塊，多刺的灌木叢覆蓋在它的上麵。食物、植物和動物奇缺是這裏的主要特征。從一些地方的名字如“饑餓港”就已表明這一點。然而達爾文還是射到了一隻羊駝。這隻羊駝除了內髒以外，淨重七十公斤。達爾文在《航海日記》中寫道：
“我們有了供大家過聖誕節用的鮮肉了。”
達爾文在“貝格爾”號上又生活了一年。他已成長為一個博物學家和旅行家。物種起源問題也就愈來愈廣泛地在他麵前展開了。恰恰在南美洲，有如此之多的貧齒目化石的發現，許多鄰近物種的地理分布；對於動物的絕滅、動物的適應、動植物的相互鬥爭的觀察，所有這一切都在為懷疑賴爾對物種所持的觀點的正確性提供根據。達爾文在這一年仍繼續研究南美洲的地質情況。他的研究工作經常是在困難的環境中進行的，要有十分耐心、孜孜不倦和堅韌不拔的精神，要有做出正確判斷的卓越才能，要有善於博得當地居民信任的本領。如果說他在學生時代作為一個采集者、收藏者和獵人就已初步表現出了這些品質的話，那麼現在他已成為一個善於思考、善於給自己提出問題、並且設法解決問題的博物學家了。第二年1月底，費茨·羅伊艦長、達爾文和水兵們，一部分人乘“貝格爾”號，另一部分人乘坐小船去勘探麥哲倫海峽。最後“貝格爾”號停泊在饑餓港。從這裏可以望見火地島最高的山中的一座山，即離該港一百五十公裏外的薩爾明托山。達爾文在這些地方又可對許多有趣的關於生物地理分布的情況進行觀察了。麥哲倫海峽的兩岸具有過渡的特性。在這裏，巴塔哥尼亞的生物和火地島的生物混合在一起。時常可以同時看見這一地區或那一地區的植物。
達爾文登上了第塔爾恩山。在連續下了三天的傾盆大雨後，山上的樹木是這樣地茂密，盡管海峽裏暴風怒號，這裏的樹葉卻一動也不動。堆滿了大量腐爛樹幹的深溝與河穀使人望而生畏。腳一踏在這些樹幹上就陷到膝蓋處，旅行者經常滑倒，特別是他們想靠一下的某些樹幹，原來是輕輕一碰就會粉碎的爛木頭。最後樹木愈來愈矮小，到山頂上就光禿禿的什麼也沒有了。從山頂上看，周圍是些不規則的山脈，上麵點綴著片片雪跡，看到有綠裏透黃的河穀和大海支流。這裏刮著刺骨的寒風，而空氣中卻充滿了霧氣。下山不費力，然而人們在下山時卻經常滑倒。
“貝格爾”號離開麥哲倫海峽返回後，又向南拐，繼續測量東火地島的東岸，這次測量終於完成了。達爾文在聖塞瓦斯蒂安港看見了一幅壯麗的景象：無數條口內有齒的抹香鯨正在嬉戲，全身跳出水麵後，再倒身扣打下去，發出巨大的拍水聲，這種聲音很像大炮的發射聲。
“貝格爾”號在繞過位於東火地島東南端的聖地亞哥角時，陷入了一個非常大而又危險的漩渦，沒有風，南來的浪把艦艇衝往塔騰群島的西端，而後又把該艦衝往該群島的東岸。“貝格爾”號從這裏又向火地島南麵的一些小島駛去，並停泊在武拉斯吞島。達爾文以前在這裏就曾碰見過最可憐的火地島人。這些部落甚至都沒有首領，每個部落都仇視鄰近的部落，他們相互之間都為一片荒無人煙的地帶或中立地區所隔離，兩個部落彼此都竭力爭奪那些少得可憐的生活資料，即懸崖下和海岸上的貝殼、魚類和海豹。他們的主要財產是獨木船，打從歐洲人認識了火地島人以後的250年間，這種獨木船還是老樣子。同處於最不開化的原始狀態的人的多次會見，當時大概就使達爾文想到“追溯到許多世紀以前，並且問自己，難道我們的祖先也是這個樣子嗎?我們對於他們的手勢和表情動作的了解，還不如對家畜的了解哩。他們是這樣的人：雖然未被賦予動物的本能，但是看來人的智慧，至少說由智慧所產生的活動，他們也無法能說有”。