回國之後
回家不久，達爾文一邊寫信給漢斯羅，不知漢斯羅是否在劍橋,一邊開始著手整理自己的收集品。
然而，收集、整理並將收集品加以分類並不是一件易事。達爾文的朋友賴爾建議他親自研究地質學，解剖學家和古生物學家奧溫不反對解剖一些用酒精浸製的動物。當時擔任倫敦大學教授的他的老朋友格特準備研究某些珊瑚。但是，準備工作一開始特別不完善，漢斯羅就建議按動物的各科在劍橋的博物學家中加以分配。達爾文把這當成工作中第一階段的計劃。他打算在劍橋度過幾個月，在那裏開始自己的工作。後來達爾文認為必須把自己的工作地移到他最不想去的倫敦。因為，隻有他在場，才能推動專家們對旅行期間搜集的動物資料進行研究。
達爾文著手實現自己的計劃。10月底，他把自己的東西和搜集品從“貝格爾”號上卸下來運往劍橋。此時，賴爾正迫不及待地等待著達爾文的歸來。當“貝格爾”號還在新西蘭時，賴爾就寫信給塞治威克說：“我盼望著達爾文的歸來。我希望你們能盡早地讓他過來。”我們知道，達爾文的許多觀點都是從賴爾的觀點上發展起來的，而賴爾的許多觀點又是通過達爾文得以證實的。因此，我們可以說他們兩人是相輔相成的。毫不奇怪，在交往中，他們已經成為好朋友。當時賴爾年近四十歲。達爾文不久就被選為地質學會會員，緊接著又被選為動物學會會員。
11月，達爾文來到梅爾的韋季武德家。人們正焦急地等待著這位功成名就的博物學家。所有遠親都被邀請來“看他”。他給他們講了一些旅行情況，並且回答了他們所提出來的問題。談論的話題還有達爾文的日記，因為有些日記他以前曾寄回家中，因此他的姐妹們早已知道了。費茨·羅伊看了這本日記後，建議把它同自己的日記合在一起作為一個完整的讀物出版，但姐妹們卻不同意這個做法。
1836年12月初他來到了劍橋，在那裏過了冬。他先是住在漢斯羅那裏，後來自己租了一個房間。他必須多呆幾個月，好在劍橋檢查完他的地質搜集品。他還下了很大功夫整理《一個博物學家的考察日記》。達爾文現在覺得他已經不再是一個有聲望的大學生了，因為現在學校裏認識他的人寥寥無幾。但是，每天晚上仍會過來一些朋友，大家喝酒聊天，其樂無窮，但這在很大程度上影響了他研究活動的進程。
1837年3月至9月，達爾文在倫敦的大馬爾勃羅大街加工整理自己的《一個博物學家的考察日記》。費茨船長出版了描述他乘“貝格爾”號兩次旅行的著作。第一卷描述的是他於1826年至1830年在金克率領下的旅行；第二卷描寫的是有達爾文參加的1831至1836年的旅行；第三卷應該是達爾文寫的《一個博物學家的考察日記》。但是，達爾文在日記中所遵循的不是時間的順序，而是地理的順序。他認為，把注意力放到對訪問國的描寫方麵，這對讀者來說要更容易理解一些。在這種描寫中，他有意包括了動物的生活方式、地質考察、風景描寫以及個人的印象。6月份他寫完日記之後，給自己放了一次假，動身到希魯茲伯裏去。
《一個博物學家的考察日記》的最後再一次重新思考了加拉帕戈斯群島留給他的印象。然而一個更加嚴峻的問題——物種起源又一次擺在他的麵前。他認為，應該像賴爾那樣，論述觀點之前先收集好充分的事實然後再加以證實。
達爾文正如他所奉行的那句箴言那樣，廣泛地收集相關事實並與一些有經驗的專家們保持著密切的聯係。7月份，他開始著手第一本物種起源方麵的著作的寫作。
他曾經期望著航行結束後能夠回到故鄉與父母姐妹生活在一起，但現在看來，這根本是不可能的。幾個月以來，他隻能從忙碌的工作中抽出一個星期與家人團聚。
達爾文來到倫敦。賴爾的細心幫助對他把《“貝格爾”號的動物學》一書的材料進行分類整理起了很大的作用。那些曾經反對過達爾文觀點的植物學家們，開始對他有好感了。
達爾文印刻《“貝格爾”號的動物學》一文中的統計表和插圖是要花很多錢的，於是他便申請政府的補助金，作為出版這篇論文的開支。對這項請求政府無條件地接受了。達爾文最喜歡在大自然中自由自在地漫步，但現在似乎很難再享受這種生活了，因為倫敦多霧，另外一個原因是他在1837年的秋天因為工作過度疲勞而使他的健康不如往昔。消化不良、頭暈眼花和易受刺激，這些都使他不得不中止了社交活動。
達爾文休息了一個月，先後到了希魯茲伯裏和梅爾，甚至還去懷特島拜訪了福克司。在梅爾逗留期間，深秋時分，他在地質學會做了一個《關於腐殖土在蚯蚓作用下的形成》
的報告。從他的航行曆程來看，我們首先認為達爾文是一個廣義上的“博物學家”，但是他花費時間最多的卻是在地質學方麵。他從航行當中帶回了那麼多佐證賴爾觀點的東西，以致他能在很短的時間裏就做出令許多人感興趣的報告。