自然法則
《物種起源》被用來論證整個進化理論，尤其是用來論證對這種進化原因給予最完美說明的自然選擇理論。這部書是根據1842年和1844年《概要》中所擬定的那個明確的、有邏輯性的提綱所寫的。
達爾文從人工選擇轉到自然選擇，“生存鬥爭”是自然選擇代替人工選擇的主要法則。
關於理論中的難點，達爾文提出了變種如何成為物種、為何沒有過渡期等這些尚未解決的問題。在《物種起源》一書中，他提出並深入研究了“中間類型的性狀分歧和滅絕原理”。達爾文認為，近似類型之間的生存鬥爭特別激烈。競爭者的生活方式和特性越相似，競爭就越激烈；反之，隨著新的不同特性的獲得，競爭也逐漸減弱。
達爾文總結了中間類型的性狀分歧和滅絕的原理。他先是設想變種的起源，後設想物種的起源。他構想了一個叫做狼——鹿——羊的食物鏈。一隻狼如果想生存就必須捕食鹿和羊。這樣就要求它既要跑得快，又要力氣大，這樣強者生存，而那些既跑得不快，力氣又不大的狼便淘汰下來，這就是達爾文的理論核心。
在進行人工選擇時，我們也看到了同樣的情況：如果產生某一新品種，它就會把自己的先輩排擠掉。達爾文認為，自然界發生的情況也是這樣的，一個內部生存鬥爭很激烈的類型裏，最終保存下來的都是某方麵有專長的極端類型。物種後代差異越大，彼此間習性和特征的區別越大，在自然界中爭得的空間便越多。
達爾文也談了這一理論的其他一些難點。
他用當時的幾個證據表明，即使是在這裏他也能夠而且也需要承認，由簡單的事物發展成為複雜的事物都是循序漸進的。達爾文證明，即使是現在也不可能找到一些生物，它們擁有現代另一些動物身上存在著的向更完善的器官過渡的器官。達爾文在自然界中找到一些過渡的例子來闡述這些複雜本能的發展情況。
達爾文非常誠懇地坦言上述理論中的難點，不像那些堅持自己的觀點的作者那樣，不去理會這些難點，而是還讓自己的對手找出自己的理論和結論方麵的弱點，並預見到一切可能提出的異議。但是，他並未使這些異議留在腦海中，他總是對這些異議加以分析，並努力使那些難點與自己理論的論點一致起來。後來，達爾文認為，這本書之所以成功，是由於多年來他遵循的一條原則：一個科學家越是誠實，對自己要求越嚴格，那麼別人要想反對他就越困難。華萊士正確地指出，達爾文從來沒有追求過暫時性的成功，但是成功本身卻總是伴隨著他。
達爾文還談到通過選擇來得到足以說明進化理論的證據。不管“地質記錄”是多麼零亂，“各種生物在出現時間方麵的連續”是一個眾所周知的事實，在達爾文看來這是和他的理論相符合的。而生物的地理分布，及生物在難點方麵的不同進化情況，其難點起作用的時間越長，其進化情況就越不同，這些都證明他的理論是正確的。最後，以生物的分類、生物的體係、以“性狀分歧”原則的觀點來解釋的“係譜表”，證明了屬於同一類別的各種類型所具有的一般古代性狀，有時是不適宜的性狀的比較解剖學和胚胎學等，所有這一切都證實了他的理論。該書得出一個結論：物種通過自然選擇而起源的理論要比創造論者的理論優越有力得多。
當然，這本書是在1842年和1844年《概要》的基本思想的基礎上寫成的，而且總體結構也幾乎一樣。惟一不同的是，該書對全部材料進行了徹底的加工。《概要》中有幾章在這裏做了進一步的闡述，並且由於增加了一些新的材料而使內容更加豐富了。從另外幾章中選取了最具意義的材料，而其餘部分則被刪除了，還有幾處重新做了修改。對原來的《概要》來說，有兩處比較明顯的增補：一處是關於鴿子的起源；另一處是關於中間類型的性狀分歧和滅絕原理。