佐助叛逃事件之後，木葉終於進入了一個穩定的發展時期，再也沒有出現什麼重大的危機。
大蛇丸得到了佐助便立刻著手對佐助進行訓練，以期提升佐助的實力，使他能夠盡快達到自己轉生的要求。由於注意力大多放在了佐助的身上，大蛇丸對外界的事情便不再有多少興趣。因而這一段時間大蛇丸的動作反倒是消停不少，這對綱手來說自然是一個好消息。
團藏蓄謀已久的發難，也沒有能夠威脅到綱手火影的位置。畢竟她是大名親自任命的火影，絕不是一個宇智波佐助叛逃事件就能夠扳倒的。
雖然如此，團藏還是借著這個機會，逼迫綱手做出了很大的妥協，使得根部獲得了更大的權力，比三代目在位時期還要自由。現在的團藏，雖然名義上仍然服從火影的命令。但是此刻的根部，已經成為了國中之國，根部大批接受洗腦的忍者，隻知有團藏而不知有火影。
雖然做出了一連串的妥協，但是綱手得到了喘息的機會，這對新上任的她來說，無疑是一個巨大的機會。現在的綱手最需要的就是時間，一方麵木葉新一代的下忍需要時間來成長，另一方麵眾多上忍和家族也需要時間來安撫。而火影直屬的暗殺部隊更需要時間來掌控。因此，時間是綱手最需要的，再怎麼強調也不過分。
“自來也已經正式收鳴人為弟子，並把他帶出村子進行曆練。經曆了這次的打擊，鳴人修煉起來一定會更加賣力。當初他隻用了短短幾天時間，就完成了螺旋丸的修行，憑借這樣的天賦與不懈的努力，相信要不了多長時間就會讓我刮目相看！小櫻的資質非常適合繼承我的衣缽，隻要給她足夠的時間，也能夠成長為獨當一麵的忍者。至於鹿丸、寧次、李、誌乃……都是木葉未來的精英。隻要讓他們成長起來，我的手上就有了無數的底牌！第三代火影為了木葉，真是用心良苦……”
經曆了三代目火影戰死和宇智波佐助叛逃，整個木葉都籠罩著一種緊張的氣氛，每一個人都在努力的拚搏，希望能夠早日雪恥。
眾人都在拚命地修煉，佐井自然也不例外。為了打牢自己的根基，他用了幾個月的時間博覽群書，從根部的藏書室中學到了很多極其隱秘的知識，豐富學識的同時，也對自己未來的發展道路又了更加清楚的規劃。同時，對於陰陽遁新術的開發，也有了更加深刻的理解。
在此基礎之上，佐井再一次投入到了漫無止境的試驗當中。他每天都要在根部的訓練場呆上十幾個小時，遇到緊要的時候，他甚至接連幾天幾夜不眠不休，一直沉浸在修煉當中……
查克拉用完了，他就盤坐在地，當場提煉。心情煩躁了，他就修煉猿魔棍術，平定心神。狀態稍有好轉，他就立刻投入到試驗當中，心無旁騖……
一隻又一隻的偽獸被召喚出來，從一開始比較常見的鷹、鼠、蛇，到後來莫名其妙的蛤蟆、蚯蚓、大象，他的試驗已經不知道進行了多少次。唯一能確定的一點就是他對陰陽遁的理解越來越深……
隨著時間一天一天的過去，佐井的實力也開始得到迅速提升。為了讓自己每天都有提升，他專門向根部申請建造了一座合金鋼鑄成的巨大石碑。每天修煉開始之前，他都要召喚出一隻威力最強的偽獸，狠狠地撞擊一次、爆炸一次，觀察與前一天的差距。每天的修煉結束時，他還會用猿魔棍術狠狠地砸上一棍，通過破壞的痕跡確定自己的實力是否有所進步。