“你該不會是被小哀傳染了吧？”阿笠擔心的問道。
“咳，我沒事……”柯南準備在說什麼的時候，電話響了。
柯南噓了一聲，然後見到手機上簡訊OK兩字。
柯南這邊準備的一切，荊羽這邊通過小蘭也得知了這次事件是哪回事，荊羽倒決定借此機會挖出黑衣組織老大，並乘機滅了他，讓灰原和柯南了確一件心事，讓他們可以放心大膽的麵對這個世界。
灰原的感冒好的差不多了，灰原就把她姐姐給打發回來了，不過怕明美擔心，荊羽就給小蘭打電話話詢問了一下，並從她那知道邀請函的事。
邀請函時間當天，幽靈船上如荊羽所知發生了命案，伏特加被荊羽的一個分身拿下了，然後用移魂大法控製，利用他找到琴酒和其他團夥。
至於灰原這邊，貝爾摩特化妝變裝成新出醫生，把灰原騙到了碼頭，在碼頭茱蒂如期而至，兩邊展開火拚，小蘭從後車箱跳出來相護灰原。
赤井幹掉貝爾摩特所埋伏的槍手，貝爾摩特抓著變妝成灰原的柯南，柯南最後用麻醉槍擊中貝爾摩特，柯南最終暈了過去，貝爾摩特聯係老大。
就在她聯係的一舜間，被一早潛伏的荊羽利用精神力偵查到跟她聯係的老大，其實就是阿笠博士，荊羽的一個分身在阿笠處早等著，當他準備拿下阿笠的時候，阿笠的家的地麵裂開了，從地下和四周衝出不少黑衣人，但全都被荊羽拿下了。
經過移魂大法之後，阿笠博士交待了一切，他其實一早都有研究小哀所做的研究，那是小哀的爸爸當時所做的研究，隻不過沒有小哀的深入，當時貝爾摩特誤服了小哀爸爸所做的藥，之後一直保持青春狀態。
阿笠當時引起很大的興趣，力邀宮野博士加入組織，阿笠也很想得到不老青春，但是這種藥的藥效比小哀的藥效還要不穩定，除了貝爾摩特外，全部死亡，而且都很慘。
貝爾摩特由於是一個特例，阿笠對待她就一直很特殊和寬容。
阿笠一直以另一個人的身份，潛藏到工藤優作家附近，他想就近以工藤優作出色的DNA，複製DNA加以特製的藥劑注射到人體，造出一個出色的人來幫助他的研究工作，但優作的DNA複製的過程中卻發生了某些錯誤，基因注射出現了問題，造就了現在琴酒的存在，琴酒有出色的頭腦和身手，但卻對研究沒有什麼幫助。
但是隨著工藤新一的出生，阿笠發現新一簡直就是優作的翻版，於是一直和小新一打好關係，打算用新一身上的DNA來再做實驗，但是出於新一還沒成年，基因還不穩定。
不過還好，這時候組織裏的宮野博士的女兒，展現了出色天份，阿笠大喜，組織就專門陪養她。
宮野博士當年的藥劑，阿笠還留有一支備用，待到萬一他等不到實驗成果的那一天，自已就服下那支藥劑。
之後的一切都如同荊羽所知的一樣，荊羽把組織的主要成員全都滅了，當然貝爾摩特例外，她被荊羽製服以後，順利的加入到荊羽的大家庭之中。
灰原哀，不，應該叫宮野誌保，誌保在博士處找到博士留下她父親當然製作的藥劑成品，然後對比資料，最後終於做出終級解藥，誌保和新一都恢愎了原樣。
衝野洋子也順利的加入到荊羽的大家庭之內，給荊羽家又增添許多活力。
新一和小蘭在高中畢業後結婚了，和葉和服部平次也結婚了，至於還有宮野誌保，各位大大你們說呢…………（大結局）
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