這次會議大大削弱了總司令的權力，《中央執行委員組織大綱》、《軍事委員會總政治部組織大綱案》及《國民革命軍總司令條例案》中規定：
“軍事委員會為國民政府最高軍事行動機關”；“軍事委員會一切會議表決，以出席委員之過半數行之”；軍事委員會也不設主席，而由七人組成軍事委員會主席團，軍事委員會“主席團之決議及發布命令，須有主席團委員四人簽字方生效力”；“軍事委員會及軍事委員會主席團所決議的重要案及辦法，須經中央執行委員會通過方生效力”；“總司令是軍事委員會委員之一”；軍官任免各出征動員，須經軍委會決議，提交中執會通過，再交司令部執行。
這些決議，使蔣介石的權力大大縮小了。而且《對全體賞訓令案》中，針對蔣介石的獨裁著重指出：
“自北伐軍興，軍事政治黨務集中個人，愈使政治之設施，不能受黨的領導，而隻受軍事機關之支配。此種製度，弊害甚多。”決定將一切政治、軍事、外交、財政等大權均集中於黨。
出爾反爾，蓄勢待發
且說蔣介石是獨裁者，他一時的退，正是為了進。麵對著國民黨二屆三中全會製約獨裁者的決議，蔣介石是不會苟同的！
忍耐是有一定限度的。
時間到了1927年4月1日，汪精衛回到上海。這時的蔣介石對一年前被他排擠走的汪精衛表現出了異常的熱情。此時蔣介石與武漢國民政府方麵矛盾很大，汪精衛去武漢，必增加反蔣陣營的力量，若能把汪精衛留在上海，幫自己一把，日子就好過一些。
“歡迎，歡迎，汪主席一行。”蔣介石異常高興，“今天我來請客。”
“李石曾已經安排好了。”汪精衛對一年前“蔣汪風波”還記憶猶新，說話不溫不火。
正如李宗仁在回憶中所說：“汪精衛當時的德望，和黨員的歸心，可說一時無兩。”
汪精衛回憶當時的情形是：回到上海的時候是4月1日，那時蔣介石、吳稚暉、蔡子民、李石曾等幾位二十多年來大家在一起的同誌都見麵了。見麵之後，蔣提出兩件事要兄弟讚成：一是趕走鮑羅廷；一是分黨。
汪精衛道：趕走鮑羅廷，我一個人沒有那麼大的力量。再是分共，與孫先生的聯俄聯共扶助農工三大政策不符。
蔣介石跳出來反擊：這些共產黨，我是恨死他們啦，他們一日不除，我是一日不安。在蔣介石帶動下，其餘人也加入了對共產黨的人身攻擊，誠懇地希望汪先生重負領導責任。
汪精衛開始是默默地靜聽各人的控訴，未作表示，最後鄭重地說：“我是站在工農方麵的呀！誰要殘害工農，誰就是我的敵人！”
聽了汪的發言，大家不寒而栗。
在上海的黨政要人在歡迎汪精衛時開了兩次會。出席者有吳敬恒（吳稚暉）、蔡元培、李煜瀛、鈕永鍵、汪兆銘（汪精衛）、蔣中正、宋子文、鄧澤如、古應芬、張人傑、李濟深、李宗仁等。
會中一致要求汪氏留滬領導，幫助蔣介石反共滅共。而汪氏則始終袒共，一再申述總理的容共聯俄及工農政策不可擅變，同時為武漢中央的決策辯護：“中國麵對著的敵手不光是千年的封建王朝，還有一大串的外國列強。我們必須團結一切可以團結的力量，來打擊我們的敵人。不然的話，敵人沒打倒，倒亂了我們自己。子文，你是武漢政府派來的財政接收大員，我說的話對不對？”
至此，全會保持沉默不發一言的宋子文友好地點了點頭。
“汪老兄，你說話絕對些。我看共產黨不是什麼好鳥。你是吃了共產黨的薪水了吧？”
“你這是什麼話？我汪某是行得正站得直，不像有些人說話掖著藏著的。”
“既然是這樣，大家的要求你就答應吧？”
“要求什麼？”
“留在上海，一起革命。”
“幫助蔣介石，反對武漢政府，我不會答應。”
“你要不答應，我就下跪求你了！”吳稚暉一時激動，竟真的下跪在地上。
汪精衛見吳稚暉跪下來，連忙拔腿逃避，退上樓梯處，口中連說：“稚老，您是老前輩，這樣來我受不了，我受不了。”
全場人都為之啼笑皆非。緊張的場麵，也充滿了滑稽的成分。接著汪精衛也乖巧地做了蔣介石的俘虜。
4月3日，蔣介石又召集以上這些人開會，作出了四項決定：
一、4月15日召集國民黨四中全會，解決“黨事糾紛”問題。由汪精衛通知陳獨秀，在開會之前，各地共產黨員暫時停止一切活動，聽候開會解決。
二、武漢國民黨中央和國民政府所發命令一概無效。