思來慮去令蔣介石最擔心的還是“四大家族”中的“二陳”，亦即陳果夫、陳立夫兄弟。以蔣宋聯姻為基礎，逐步形成的“蔣、宋、孔、陳”四大家族，是蔣介石在大陸獨裁統治的支柱，而在建立新的政治架構中尤其是讓蔣經國接班問題上，他們是最大的障礙。宋子文、孔祥熙已遠走高飛。陳果夫、陳立夫則不一樣，他們還在台灣，長期掌控國民黨的組織、人事大權，ＣＣ係曾經多次暗地裏搞些小動作，挑戰他的權威，阻撓蔣經國在政壇發展。陳立夫在“政大”的表演，使他對其更加保持戒心。消除這個障礙那隻是遲早的事情了。在南京政權覆滅前夕，蔣介石被迫“下野”，召見有關人士時，蔣憤怒地說：“共產黨沒有打敗我，都是自己人打敗的。”然後，手指著陳立夫說：“就是你們這班人。”
蔣介石這次決心首先拿“二陳”開刀，大刀闊斧地“改造”國民黨。他說要把台灣建成“反共複國的基地”，“唯一可循的途徑，就是擺脫派係傾軋的漩渦，滌除人事糾紛的積習，從頭做起，改造本黨。”他還放風說，為了完成“改造”黨的任務，他將毫不留情。熟知他的秉性的人心裏十分清楚這句話的含義。不僅如此，他進一步向“二陳”施壓，在一次中常會上，他問陳立夫：“你們弟兄倆跟著我這麼多年，沒有想到會被共產黨趕到這海島上來吧？”
陳立夫對蔣還抱有希望，順著話說：“確實沒有想到今天這個局麵，慚愧！”蔣介石接著問道：“不知道你對我的改造現在有什麼認識？”
陳立夫愈來愈感到事情不妙，他隻好檢討說：“我是認為，大陸失敗，黨、政、軍三方麵都應出麵承擔責任。黨的方麵，當然由我和果夫承擔。我倆就適宜參加黨的改造了。”陳打算以大包大攬地承認錯誤，換取蔣介石的原諒。其實，蔣介石早有安排了，他指定的中央改造委員會中已把陳立夫排除在外，而陳果夫也隻是在安慰性的中央評議會中掛了一個名而已。
應該說蔣介石這樣安排非常巧妙，也是一個毒招。
因為，此時的陳果夫已病入膏肓，活不了多久。而陳立夫能幹事，卻什麼職務也不給他安排。陳立夫十分清楚蔣的用意，於是順著蔣的心思提出去美國，蔣則順水推舟。臨走前，蔣介石親自送了他５萬美元，然後說有事離開了，讓夫人接待他。在一旁的宋美齡送了一本《聖經》給陳立夫，說：“你過去擔負這麼大的責任，現在一下子冷落下來，會感到很難適應。這裏有一本《聖經》，你帶到美國念念，你會在心靈上得到不少安慰。”陳立夫聽了這話啼笑皆非，瞟了蔣介石的肖像一眼說：“夫人，那活著的上帝都不信任我，我還想得到上帝的信任嗎？”
同年８月，陳立夫離開台灣到美國定居，在新澤西州以養雞為業，陳果夫第二年就死了，赫赫有名的“二陳”就這樣銷聲匿跡。
“二陳”問題解決，其他的人就不在話下了。
山西王閻錫山在大陸期間接替孫科擔任“行政院長”一職，蔣介石在複職後的第五天，就免去了這一職務，他沒有反抗的能力了，到一個清閑的地方隱居，埋頭著述，想以文字傳天下。
白崇禧被委以“戰略顧問委員會”副主任的職務，後來為了用白崇禧對付李宗仁，送給白一個中央執行委員會委員，即使這樣，白崇禧也感激不盡，成為批判李宗仁的先鋒。
權傾一時的何應欽，到台灣後，自稱要“閉門思過”，蔣介石過意不去，給了他一頂“總統府戰略顧問委員會”主任的帽子，何應欽既不“顧”也不“問”，關起門來“著書立說”。蔣介石對其他嫡係親信，也一個個地掃地出門。
嚴格整肅，從“娘家侄”頭上動土
“二陳”剛剛被打入另冊，尚未了結，蔣氏父子又編織罪名，製造了“毛邦初案”。
且說當國民黨改造運動進行整肅階段時，“毛邦初案”不早不晚浮出水麵，轟動了台灣海島，並引起海內外的極大關注。應該說此案並不是一般的違紀整肅，令人撲朔迷離，眾說紛紜。