隨著遠山的巨變，遠山裏日本人也開始害怕了，他們停止了抓捕農民，終止了毫無意義的粗糙實驗。
同年十月中旬，一支科研隊攜帶著大量科研設備進入浦東，為了避免暴露，他們放置了科研器材，隻身跑進蜀中，與遠山裏的日本人會合了。
科研部隊的人對渡邊發生的異變十份感興趣，他們發現渡邊患上了人格分裂症，性格有兩種極端的存在，而且身體的機能遠超常人，當他極度憤怒的時候瞳孔會放大，一拳可以把十毫米的軍用鋼板打變形。
激動的科研部隊發出信息，讓浦東的人帶著設備趕赴遠山，他們要弄清楚渡邊的身體到底是怎麼了。
可在這緊要關頭，遠山封閉了，也可以說消失了。遠山裏的日本人走不出去，以前的各個進山的入口雖然還在，但是沿著路走，最後卻都回到了原地！哪怕沿著直線走，最後仍然會回到起點！
遠山這一封閉，就封閉了整整兩百年的時間！遠山裏的林木茂盛，但是根本沒有可以食用的東西，不產野物，種植糧食也不發芽，除了本土生長的樹，根本種不活其他的植物！也幸虧那些樹會結一種暗紅色的果實，不然遠山裏的日本人全都會被餓死。
一群日本人在不見陽光的山裏，沒日沒夜沒有時間概念的望著漆黑的月亮，那種生不如死的折磨讓他們想要自殺。但是科研部隊的人卻宛如瘋子，個個欣喜若狂的考察著遠山的每一處，這塊神秘的地方是一個寶藏。
那一年，日本對川秘密行動組的人都已經忘記了淺草五郎和他的同伴，也忘記了跟去的科研部隊。因為他們已經和浦東的人失聯了兩百年，一代人一代人的更迭，遠山也被人遺忘了。
可是就在晚清的那一年，遠山的水又開始流動了，死水一樣凝結的河水開始流淌起來。科研部隊的人立馬讓淺草五郎帶人，砍樹造筏，順著河水往外界漂，他們的想法走對了，他們真的漂出了遠山！
一群衣衫襤褸，麵如惡鬼的日本人順著河水流到了蜀中的水路，一番收拾後，他們打聽到，自己一群人竟然與世隔絕了幾百年，這種摧毀常識的消息嚇壞了淺草五郎一行人。可是科研部隊的人卻興奮到癲狂，百年壽命加上渡邊那種體質，這簡直是為戰場而生的新型人種！
這發生的一切，沒時間讓淺草五郎震驚，他的人需要馬上聯係上了浦東。
找到多年前進山時留下的資源，他們開始召集日本人，準備將遠山攥在手中，塵封已久的科研設備也開始往蜀中運輸，一場驚天陰謀在暗地裏進行著。
但是讓這些日本人沒想到的是，他們百年前的對頭，那些宛如跗骨之蛆的錦衣衛竟然還保留著！冗長的歲月竟然沒能耗死他們。
又是一路的追殺，一路的腥風血雨，錦衣衛直接從浦東追到蜀中，最後還摸到了巴地！因為錦衣衛的阻撓，科研設備遲遲進不了山，實驗的進程被一拖再拖。
隨著曆史的翻篇，日本與大清朝在海上開戰了，大清慘敗，日本成為了戰勝國，日本人也變得金貴，麵對在華夏逐漸放肆的倭寇，朝廷態度曖昧，根本沒有使用什麼強硬措施。這也讓遠山的那群人有了資本，和杜尚淳談判的資本。