地方政務動靜不大，軍務上卻是作了大手筆的調整！
第一件事情，就是全麵裁撤衛所官兵，凡是在衛所軍籍者，全部解除軍籍，挑選其中精壯進入各鎮，由朝廷補充軍餉，成為募兵；年老體弱者，賜予田地成為農民，免除五年稅賦；即日起，各省衛所將領分批召回兵部考核，考核合格者，另行委用，分散至各軍鎮之中任職，考核不合格者，免去本兼個職，不得再次錄用，裁汰出局。
各省防務交由指揮使與總兵共同管轄，雲、貴、閩、粵、桂、贛各部署一鎮兵力於要衝，寧靖地方；四川、湖廣、浙江、陝西各兩鎮兵力，南直隸兩鎮兵力，應天府四鎮兵力，除開南京三鎮之外，在籌建一鎮，組建京軍，一共二十鎮兵力，二十位總兵官，一鎮兵力省份，都指揮使由總兵兼任；兩鎮兵力以上省份者，設立總督，統領一省軍務，每鎮兵力核定員額一萬八千人，南京四鎮作為京軍，每鎮配置兩千火槍軍，組建火槍步騎營，如果再算上中原的五鎮天威軍，總兵力，也要接近五十萬兵力了，其餘的多一個不要！
除了陸地的二十五鎮之外，設立大明皇家海軍福建水師、江浙水師兩鎮水師，福建水師總兵鄭芝龍、江浙水師總兵鄭浩天。徐一帆以兵部左侍郎總督天威軍，負責河南軍務，統籌中原所有戰事，秦牧風任京軍總督，負責江淮軍務；李定國總督陝西軍務，率兵北上，防禦山西的清軍南下；黃得功總督湖廣軍務，負責防範四川的張獻忠，以免張獻忠再次殺出四川；
在軍務上，朱傑自然是行家裏手，一言而決，即便是孫傳庭都不會過多置喙，孫傳庭甘拜下風，自愧不如的，皇上製定方略，自己照著執行就是，絕對不會出現任何岔子！
部署好軍務，緊接著，朱傑再次擲出了大手筆——成立皇家科學院，負責全國勘探、天文、立法、從事各種器械、軍械的研究事務；宋應星成為科學院第一任院長。
單單是成立皇家科學院，倒是還不至於引起一片嘩然，要命的是，朱傑為皇家科學院送上的大禮——第一件事情就是封宋應星為文運候，自宋應星起，之後每一屆皇家科學院院長全部得文運候侯爵，永不更易；凡是入選皇家科學院的學者，一律賜子爵爵位，有突出貢獻者，甚至可以晉升為男爵、甚至伯爵！
消息一出，整個朝野都沸騰了，就是一些泥瓦匠，木匠，就可以得爵位？擦了，還有沒有天理？還有沒有天理？非但是軍方將領，即便是文臣們也大都不滿，極為不滿，眾多朝臣為國操勞數十年，可都從來沒有得過爵位啊，大明朝向來晉升易，得爵男，有非軍功不得封爵的律例，即便是劉伯溫那麼大的功勞，也不過得了一個誠意伯而已，太難了！
但是，朱傑毫不為其所動，一句話，所有皇家科學院的學者，必須授予爵位，當然了，想要進入皇家科學院，那可是有著絕對嚴厲的要求的，必須經過三位皇家科學院的學者聯名舉薦，交由皇家學院審議，考核，方才可以進入，同時還要在科學院中試用一年，考核通過，方才能夠留在皇家科學院，而且，皇家科學院每年隻有十個漢人名額，五個番邦名額，這可是真正的殊榮，要知道整個大明朝，即便是尚書，都有十多位呢！