這一次，三法司爆發出來的審訊效率，可以說是前所未有的，即便是三法司的要員也缺少了好幾位。
刑部、大理寺再加上督察院，如今大理寺少了一位正卿，刑部少了一位侍郎，兩名郎中，督察院少了一位副都禦史，七位監察禦史，兩位給事中，多數職位空缺，即便是如此，依舊是審訊神速，四十七人得到了應有的懲處，其中三人被判斬立決，七人斬監侯，十五人革職流放，其餘人等被降職留用或者降職貶出京城任職。
經過這一番折騰，一下子朝中十部空缺出來了大量的職位，如果不能快速填充各個職位的空缺，很顯然，將嚴重影響朝廷的運轉，而且宋應星、畢懋康年事已高，屢次請求辭去官職，告老還鄉，那空缺的職位就更高了。
朱傑不得不下旨，提前將李岩等人召回京城，重新部署朝廷布局。
首先，重新組建內閣——孫傳庭為首輔，李岩、徐一帆、史可法、黃宗羲進入內閣，處置朝堂日常事務；緊接著委任十三部尚書。
李岩出任吏部尚書，掌管朝廷官員考核、升遷、獎懲；
徐一帆出任兵部尚書，統領朝廷所有兵力，查栓出任兵部左侍郎兼任水師總督，掌管大明帝國艦隊；
史可法出任刑部尚書，掌管全國刑獄訴訟；楊廷樞為督察院左都禦史，掌管官員監察以及刑獄案件複核；
黃宗羲為順天府尹兼任戶部尚書，掌管大明國庫財政，同時將興業銀行總部移駐京城，黃宗會為興業銀行督辦兼任戶部左侍郎；
茅元儀任工部尚書，掌管全國工程、水利修建以及兵器製造，將京城與南京火器局、兵仗局合並，籌建大明兵工廠，畢登輔以工部侍郎兼任；
高傑依舊擔任情報部尚書，掌管大明內外情報收集整理事務；
高弘圖擔任禮部尚書兼理各國蕃務；
方以智調任教務部尚書，銅官大明教育與科考事務；
朱舜水調任商務部尚書負責大明工商以及貿易事務；
侯方域出任稅務部尚書，負責全國稅收以及海關稅收事務；
除了這些，袁繼鹹代替原來的李岩，就任南直隸總督，統攝南直隸政務，顧炎武升任浙江巡撫。
同時為了能夠循環利用，畢懋康與宋應星雖然從尚書的位子上退了下來，兩個人在京城受命籌建順天書院，與應天書院，一南一北，開始大力興辦教學，特別是自然科學，這可是朱傑一向都萬分重視的，現在關內局勢穩定下來，自然要發力了。
當然這些變化，還隻能算是朝廷人員的一般調動，但是，朱傑要做的可是不止這些。
內閣的成員剛剛到齊，朱傑又拿出了一項巨大的變動，改革科舉！
從明年起，朝廷廢除八股取士，科舉考試的範圍不在局限於四書，而是將諸子百家盡皆納入，體裁也不在局限於八股形式，倡導自由發揮，更是取消了字數限製，同時將參加科舉的士子從儒生擴大為文科、工科、農科、商科、算科，隻要是人才，都可以參與科舉，朝廷量才錄用。