噩夢終於過去了，但是戰爭的陰影卻並沒有消散。到處是一片廢墟，隨處可見饑餓的人群。恢複經濟生產與社會秩序是當前的首要工作。在哥白尼的請求下，神父會和貴族們紛紛捐出部分錢款、衣物、糧食來救濟受難的人們。在生產方麵，哥白尼決定減租減稅，鼓勵農民們盡快開墾被遺棄與踐踏的土地。
哥白尼在戰場上英勇無畏的精神與頑強鬥爭的決心保住了瓦爾米亞大片的土地。為此，波蘭人民讚譽他為全波蘭的戰鬥英雄。1521年6月，神父會一致同意推選哥白尼為瓦爾米亞地區專員。
震撼神壇的聲音--《天體運行論》
人們平靜的生活被戰爭的炮火打亂了，也一度打斷了《天體運行論》的整理與進展工作。當重新回到弗龍堡的哥白尼再一次撫摸著熟悉的觀測儀器，眺望著窗外蔚藍的波羅的海時，他的心中無限感慨。
曆史的指針指向了16世紀30年代，哥白尼已不再年輕。在周圍人的眼中，他成了一位令人敬畏、學識淵博卻又使人不敢接近的老人。他隻有靠著與在王宮工作的大學好友伯納德·瓦波夫斯基的書信來往來了解外部的世界。
這個時期，哥白尼身邊的世界發生了一些新的變化。以馬丁·路德為代表的路德新教對天主教與羅馬教廷發出了要求宗教改革的巨大呼聲。
事實上，對路德教來說，哥白尼是一個危險的人物。他們嚴禁“地動日心說”理論的傳播，並對哥白尼要將科學從神學中解放出來的精神感到不滿與恐慌。
此後多年，哥白尼一直承受著種種精神上的壓力和打擊，但他表現出的勇敢與堅強更勝於當年戰場上的哥白尼。他相信自己的理論不是建立在想像與推測之上，而是建立在科學的實踐與計算的強有力的基礎之上。
在哥白尼進入暮年之後，一位女性出現在哥白尼身邊，她叫安娜·希林。安娜出生於波蘭的一個貴族家庭，一個偶然的機會，二十多歲的安娜認識了哥白尼，並對全波蘭一流的神父萌發了深深的愛意。她不顧一切阻力，來到了哥白尼的身邊，改變了哥白尼孤寂的生活。她的溫柔體貼使年老的哥白尼感受到了愛情的溫暖。
1537年，揚·丹蒂謝克成了新任主教。丹蒂謝克在出任海烏姆諾主教時，曾對哥白尼發出過幾次邀請，但均被一一回絕了，這件事令丹蒂謝克一直耿耿於懷。因此，丹蒂謝克四處散播謠言對哥白尼進行惡語中傷，並強行對弗龍堡大教堂的教長下令，要求將安娜逐出弗龍堡。在一個寒風刺骨的冬夜裏，安娜與哥白尼作了最後的告別。
安娜的離去，教會的排擠，使老年哥白尼倍感悲涼，唯一支撐他精神的就是那本《天體運行論》。這部巨著在最後修改完善中，還有一位年輕人功不可沒，他就是哥白尼的弟子耶日·約阿希姆勞頓（又叫雷蒂克）。
這位滿腹才華的青年22歲時已是德國威丁堡大學的數學和天文學教授了。1539年5月，他不顧教會領袖人物對日心說的強烈反對，來到了他敬仰已久的大師哥白尼身旁。此後的兩年多時間裏，雷蒂克專心研讀了《天體運行論》的全部手稿，對“地動日心說”有了更深刻的理解和認識。在雷蒂克的協助下，哥白尼將10年前完成的手稿重新整理，並且補充了新的見解和內容。
這一年夏季，受海烏姆諾主教的邀請，哥白尼與弟子雷蒂克來到了主教駐地盧巴瓦。在這裏，三人共同商討了巨著的修改與出版事宜。但是，日心說理論一旦公開，將會直接動搖神學統治的理論基礎。對於一切與封建神學對抗的新思想，教會常常會加以攻擊迫害。這正是令哥白尼猶豫不決的主要原因。吉斯主教與雷蒂克深深明白書中蘊涵的巨大的科學價值。在兩人的苦心勸說下，哥白尼終於決定擺脫這令人生畏的宗教壓力，將這本凝聚著畢生心血的《天體運行論》付梓出版。
在1533年的一個充滿著生機與陽光的季節裏，哥白尼請來了幾位多年來與自己同舟共濟的摯友。他激動而又莊嚴地向大家宣布，花費了自己將近30年心血的巨著《天體運行論》已經完成了。
哥白尼在這部書中闡述的是準備推翻統治天文學千年之久的托勒密宇宙體係的一種新理論，它要將人類從被蒙蔽的幻覺中解放出來。所以，書中的觀測現象與數據記錄的精確度尤為重要，對於任何細微的環節都必須慎之又慎。這次聚會之後，哥白尼便全身心地投入到這部書稿的整理與修改工作中。
1543年5月，曆經磨難的巨著《天體運行論》終於在德國紐倫堡出版了。
全書共分6卷。第一卷可謂全書的精華，共14章。論述了地球圍繞太陽進行自轉與公轉的概念，全部星空的周日旋轉實際上是由地球自轉造成的。人類感到的黎明與傍晚也正是地球由西向東繞軸自轉的結果。哥白尼還指出地球存在著第三種運動“傾斜麵運動”。它使地球自轉軸在公轉時與黃道麵保持固定夾角，從而形成了地球上的四季差別。第3章“大地和水如何構成統一的球體”的主標題下，哥白尼批駁了水的容積比大地體積大的陳舊觀點，並舉出了大量實例證明。最後這樣總結：大地既不是平麵，也並非鼓形、碗狀或凹形、柱體，而是哲學家們所主張的完美的圓球。因為隻有球形才符合“自然法則”。接下來的幾章中，哥白尼分別講到了地球的位置所在，天與地、宏觀與微觀的關係以及太陽位於宇宙中心的思想。
在第10章中，哥白尼重新排列了“天球的順序”。最終構造出了這樣一幅新的宇宙圖景：最外層是恒星天球，靜止不動的它構成了行星運動的參考背景，最遠的土星以30年的周期繞太陽公轉一周。後麵依次是木星，周期為12年；火星周期為2年；地球與月亮以每年一次的速度公轉，金星周期為9個月；離太陽最近的水星88天便繞太陽公轉一周。他的計算結果與今天我們借助各類高精密儀器所測量的各類數據可以說是驚人的相似。
第二卷哥白尼運用了三角學原理係統論述了球麵天文學和天體的視運動。卷尾還附上一張含有上千顆恒星的詳細星表。第三卷對發生歲差的原因給予了正確的解釋。認為這是地球自轉軸的方向變化引起的。其餘的3卷，他用了大量的篇幅專門探討了月球的運動、五大行星的運行軌道和運行規律等重要內容。
《天體運行論》文字流暢、淺顯易懂，有著激情的表述和邏輯嚴密的說服力。它的誕生為人類在天文學曆史上樹立起了一塊不朽的豐碑。
最後一個春天
從構思到出版，《天體運行論》花費了哥白尼36年的時光。在這漫長的36年中，哥白尼經曆了複雜的貨幣改革，可怕的戰場煙雲，承受了令人畏懼的宗教壓力與傷心的愛情別離……
1542年12月，為科學奮鬥了一生的哥白尼再也不能重新站起來了。他患上了腦溢血，右邊的身體已經失去知覺。病魔折磨著這位曆經磨難的老人。第二年的春天到了，弗龍堡依舊是春光爛漫，綠草如茵。可是哥白尼的健康卻並沒有因為春天的到來得到絲毫的好轉，長期的臥床生活與可怕的病魔將他折磨得奄奄一息。
1543年5月24日，當這部還散發著濃鬱的油墨氣味的偉大巨著送到哥白尼麵前時，這位既聾又盲的老人隻能用幹癟的、冰冷的雙手顫抖地撫摸著自己期盼已久的著作。他無力地張了張嘴，卻什麼也沒說出來。1小時之後，老人閉上了雙眼，永遠地告別了這個他眷戀的世界和他為之奮鬥一生的天文學事業。開創一個科學新時代的巨人就這樣離開了我們，波蘭人民對他的去世悲痛欲絕。他們失去了一位可敬的神父，一位勇敢的代言人，一位偉大的科學家。
哥白尼的日心說的發表使人類在宇宙中的地位發生了深刻的變化。地球再也不是中古時代人們所認為的那樣，是一切事物的中心。在《天體運行論》中，它僅僅是一顆並不特別顯赫的行星。這個學說本來應當有傷人類的自尊心，但實際卻恰恰相反，正因為哥白尼在科學上的突破與輝煌的勝利，才使得人類的自尊在科學麵前得以重新複活。
盡管教會一再禁止傳閱哥白尼的偉大著作，但是他的理論卻被越來越多的人們所認可和接受。它發出了越來越耀眼的光芒。他的思想與學說深深烙在後人們的心中。意大利科學家布魯諾為了捍衛哥白尼的日心說被教會殘忍地處以火刑。還有更多的後來者並沒有屈服在教會的淫威之下，開普勒、伽利略、牛頓這些不屈的追隨者們終於將它完善、發展成為一門完整的科學體係。
哥白尼這位偉大的先驅者，他為長期籠罩在黑暗迷霧中的自然科學帶來了希望的曙光。正是因為他的存在，人類才改變了對世界的看法，自然科學才因此而邁上了一條奇偉而壯麗的旅程。
大事年表
1473年2月19日生於波蘭的托倫城。
1483年瘟疫奪去了父母的生命。進入海烏姆諾中學。
1491年進入克拉科夫大學學習。
1493年觀測了兩次月食、一次日食，並作了詳細記錄。
1495年從克拉科夫大學畢業。
1496年離開波蘭，前往意大利。
1500年在羅馬大學作公開的數學演講。
1501年到帕多瓦大學學習醫學。
1507年著手撰寫天文學論文《淺說關於天體運動的假設》。
1510年負責奧爾什丁和皮耶寧日諾兩大莊園區的財產收繳和管理工作。
1517年寫出《深思熟慮》的貨幣改革問題的第一綱要。
1520年波蘭和十字騎士團間的戰爭爆發。
1533年完成《天體運行論》。
1543年《天體運行論》在德國出版。5月24日，哥白尼死於腦溢血，安葬在弗龍堡教堂內。