清朝的殘餘勢力當然是在東北，主要是蒙古邊境，吉林，黑龍江一帶，必須得盡快肅清。
朱由崧給漠北作戰的黃得功傳下一道旨意，一是褒獎他們作戰勇敢，行動迅速，二是告訴他大清已經完蛋了，三也是最重要的，要求他們在內蒙古邊境一帶繼續追殲大清殘餘，順我者昌，逆我者亡，把大明的疆域向北擴展。
下一步，他要進軍吉林和黑龍江一帶。
這裏本來就隸屬於大明的奴兒幹都司轄區範圍，包括遼寧在內，涵蓋黑吉遼三省，大明早期在東北的管轄範圍甚廣，永樂大帝設置的這一努兒幹都司幾乎涵蓋了黑龍江，鬆花江，烏蘇裏江和嫩江等四江流域的廣大地區，建州女真居住地和庫頁島也全都包括在內。
隻是近幾十年來努爾哈赤父子的崛起，這裏成了滿清韃子的搖籃，朱由崧現在通通要把它們收回來。
這一帶有很多少數民族，似乎對大明有一定的感情基礎，但是經過後金到大清，到大明這一個起伏，又是近半個世紀的時間，俗話說得好，窮山惡水出刁民。
大清滅了，難免會有刁民對大清懷舊，占據偏遠，嘯聚山林，對抗大明，也未可知。
必須對一片廣大的地區進行梳理，清洗，徹底肅清滿清韃子的影響，將滅清戰爭進行到底。
另外滅掉大清隻是他遠征的第一步。他要親自統領他的遠征軍，實現的偉大的目標:日光所照，皆為朕土；人隻所稱，皆為朕臣。
這20多天，盛京之戰的戰後事宜處理完了。兵馬也得以休整，人馬的傷亡得到及時的補充，軍需糧草彈藥也得到了補給，另外，現在這個季節正是行軍打仗的好時節。
而且這20多天，北京的內閣首輔高弘圖在請示朱由崧之後，駐守盛京的首任知府已經定下來了，他帶領著地方三司衙門幕僚正在奉命往這裏趕。
朱由崧留下了一名總兵官帶幾千人馬駐守盛京，維持秩序，等待盛京知府和三司衙門等官員的到任。
然後朱由崧繼續統帥20多萬遠征軍，水陸並進，往東北方向深入。
仍然以李自成和張獻忠為左路軍和右路軍大元帥，隻是這次把遠征軍的馬軍和步軍都一分為二，有李自成和張獻忠各自統領一部分遠征軍的步軍和馬軍。
2萬遠征軍的特戰兵，還有4000禦營新軍，由朱由崧親自統領，作為中路軍。三路人馬離開盛京，向東北方向推進。5萬水師營則沿鬆花江，牡丹江，嫩江和黑龍江等四江的主流和幹流，配合岸上的三路大軍向前推進。
四路大軍勢如破竹，所到之處當地的少數民族紛紛朝貢稱臣，有的一看到大明的軍隊還非常高興。