1901年12月16日，袁世凱到河北保定府走馬上任代理直隸總督兼北洋大臣（此時天津尚由列強所占，故總督府暫設保定）。至此，袁世凱在不到20年的時間內，從一個武夫，扶搖直上，平步青雲，在41歲時終於宮至集內政、外交、軍事於一身的權傾之位。
1901年11月21日，袁世凱攜唐紹儀一行數十人，由一營親兵護送，威風凜凜地離開濟南北上，於26日抵高陽。同日，署理直隸總督周馥派人攜帶總督官印也到達。次日，袁擺設香案，遙望兩宮，叩頭謝恩，舉行了隆重的接印儀式。直隸總督的駐地本應在天津，因當時天津仍在八國聯軍的占領之下，袁即決定把督署暫設保定。當天，他到達保定，正式上任視事。
直隸總督兼北洋大臣，這個官職極為重要。除了總辦直隸省的政事外，還要管理北洋海防，拱衛京師，辦理招商、電線等洋務，在全國各省督撫中權力最大，品級最高。袁世凱任山東巡撫不到兩年，即一躍而為各省督撫之上，聲勢顯赫，除了受到帝國主義器重，鎮壓義和團“有功”，討好慈禧外，‘還有一個重要原因，就是隻有他的軍隊才能擔負起拱衛中樞的重任。過去，負責京畿一帶防備的是榮祿統率的武衛軍。在同八國聯軍作戰的過程中，聶士成的武衛前軍覆沒了，榮祿自統的武衛中軍解體了，董福祥統率的武衛後軍護送慈禧到達西安後被解散了，宋慶的武衛左軍所存人數不到一半，而且很落後，唯獨袁世凱的武衛右軍這支近代化的部隊完整無損地保存了下來。不僅如此，袁在山東還改編訓練了武衛右軍先鋒隊，軍隊數量所以增加了二倍，總數達2萬人。在此情況下，慈禧回京後重建京畿防務，維持京師治安，就隻能依靠袁世凱的軍隊。
1901年10月，慈禧帶領出逃官員由西安開始返京。在陝西、河南走了兩個多月，到12月下旬方才進入直隸境內。袁世凱做好了迎駕的周詳準備，把一座保定行宮布置得光彩奪目，富麗堂皇。為了表示恭敬，他先期趕到省界恭候。慈禧在保定停留的3天，他精心奉侍，然後又護送慈禧進京。慈禧對他非常賞識，賞他穿黃馬褂、紫禁城騎馬。對清廷的隆恩，袁世凱感激涕零，表示今後隻有“竭血誠，夙夜黽勉，……以酬天恩於萬一”。
袁世凱討好慈禧的第一大手段便是舍得花錢。
慈禧太後的第一輛汽車，是袁世凱進貢的。
在太後寢宮裏，擺著歐洲造的各式各樣的自鳴鍾幾十架，其中有一半是袁世凱從洋人那裏買來送給太後的。
慈禧剛從西安回京，正逢73歲生日，盡管匆忙，來不及大操大辦，但袁世凱還是給她送了一份厚禮：狐皮大衣兩件，一人多高的五彩珊瑚一座，鑲寶石金如意一隻，金絲編鑲的珍珠鳳凰一對。樂得慈禧一個勁誇袁世凱忠心能幹。
慈禧剛回到宮中時，整個皇宮已被八國聯軍糟踏得不成樣子：珠寶飾物被搶劫一空，各種陳設用具被毀得一塌糊塗。麵對滿目瘡傷的宮殿，太後既傷心又無奈，隻好把任務交給袁世凱，命他趕緊修繕，盡快恢複原樣。
袁世凱此時非常為難。要修繕如初，沒有幾百萬兩銀子，是無法辦到的。可此時國庫空虛，京城一帶連正常秩序都還沒有恢複，到哪裏去籌集這麼多的錢呢？
一番思索，他終於想出一條路子。第二天，便派人將京城一些已退休或即將退休的官員中那些曾任過肥缺官職的老頭子們召集起來，和他們商議，想請他們幫忙，暫時借一部分款項來先墊一下，以後再陸續償還。可這些人辛苦一輩子搜刮來的積蓄，誰肯掏出來給太後修宮殿呢？說不定從此這錢就泥牛人海無消息了，甚至還會因露了富而被扣上一頂貪汙的帽子，出力不討好。所以，這些老頭子都把頭搖得像撥郎鼓似的。這邊人一走，袁便不動聲色地派一個精明人出去與北京、天津的幾家大票號的錢莊接洽，說是有一筆相當大的公款想存在他們的票號裏，問他們能給什麼樣的利息。他們回答，最高隻能到八厘。
這個人假稱不相信，說有人在這裏存錢，給了九厘半的利息雲雲。票號裏的人想攬生意心切，為了取信於他，便把帳簿搬出來攤開給他看，並將某官某大人存款多少，利息多少，一一點出來，證明自己的話不假。而這邊早已暗地將姓名、存款數一一記下。這樣如法炮製。情況很快都掌握在袁的手裏了。
過了兩天，袁又將上次的一幫人重新請回來，將了解的情況大致說了一遍。趁著大家發呆的時候，袁笑嘻嘻地說：“這些票號的掌櫃實在可惡，他們竟敢冒用諸位大人的名義來招搖撞騙。我為了懲罰他們，已經把這些冒名頂替的存款借過來墊用了。”
就這樣，袁世凱一下子便得了150多萬兩現銀，接著他又從軍餉和被毀於戰火的街區的專項賑災款中拿出200多萬兩，湊起來，總算把皇宮修繕得與當初基本一致，搏得了太後的歡心。
像袁世凱這樣始終得到慈禧的賞識與提拔的，在清代整個漢族官吏中是少見的，這裏麵除了袁自己的能力、權勢、軍權和對慈禧的忠誠外，還有一個重要原因，就是在太後麵前常常有人替他美言，時時聯絡，通風報信。 在這方麵，袁所使用的也是同樣的手段：幾乎從他離開項城出來闖世界的第一天開始，他就開始使用這個手段了，那就是絕不吝惜金錢，始終用這塊敲門磚去對付官場的每一扇大門。事實也證明，依靠這一手段，他幾乎是無堅不摧：吳長慶、李鴻章、榮祿、奕？等，都是靠了這塊磚頭，他才得破門而入的，他們在太後麵前說一句話，至少夠他在下麵辛辛苦苦幹一年的。在這幫人中間，得了袁世凱銀子最多的，對他的仕途所起的作用最為關鍵的，是一個太監——他就是慈禧最貼心的太監李蓮英。
袁世凱同李蓮英相識，還是在袁從朝鮮回國、中日甲午戰爭爆發之後。那時，袁世凱在京閑住，除了召集一些同僚譯書，呼籲改革軍製而外，便是遍結京中名流人物，以求高升。當時，袁的一個好友阮忠樞，正在李蓮英家裏當教館先生，袁便通過他認識了李蓮英。二人相見，話語投機。從此，袁便在李蓮英身上下功夫，不斷地花錢，不斷地送禮物。通過李蓮英，袁結識了慶親王奕？，結識了榮祿，還得到了浙江溫州道台的官職。戊戌政變後，袁一直受到太後的賞識，從未失寵，不斷晉升，都和李蓮英在太後麵前運動有關。僅光緒三十三年（1907年），李蓮英母喪之際，袁世凱就送去40萬兩銀子，報答李大總管。
除李蓮英之外，清末重臣、慶親王奕？是袁世凱重金打點的另一個人物。奕？在北京什刹海旁邊的莊園，規模宏大，建築豪華，擺有各種新奇的洋貨。這座莊園的修建，袁世凱出力最多。究竟用了多少錢，很難算清。1903年，榮祿死後，奕？入軍機為領班大臣，就是朝廷官吏第一把交椅。當袁世凱獲知西太後剛剛作出這個決定後，立即派副官戈什哈攜10萬兩銀票趕往北京，拜訪慶親王。奕？高興地接受了。奕？既掌中樞，家中大小婚喪喜慶之事都由袁世凱一手包辦，奕？ 無需自費分文。奕？家門前路不平，袁世凱派人修了一條寬闊的馬路。不隻是有求必應，而且是主動關照，無微不至。為了進一步巴結奕？，袁世凱還與奕？的兒子載振結拜為兄弟，因為袁比小奕？23歲，不屬一代人。
載振是一個地地道道的花花公子，過著酒色交縱的生活。1907年，太後欲將東北改為行省製，差時任農工商部尚書的載振會同徐世昌出關考察。他們一行路過天津時，袁當然對這一對結拜兄弟熱情款待，並請了天津的名優女伶來招待載振。
其中有一個女伶叫揚翠喜的，很有名氣。當她出場時，載振一見立即呆了，歎為國色天香。
戲散之後，袁便派人到楊翠喜處說合，最後以10萬兩銀子的聘禮，贏得楊翠喜同意。第二天，楊翠喜便被送進載振的行館。
得到國色女伶，載振自然是滿心喜歡。乘著高興，袁世凱便遞上一份名冊，那上麵是袁擬定的東三省督撫名單，希望載振轉交給他父親慶親王。
很快，由軍機大臣的推薦——當然是慶親王的意見為主——東三省的督撫名單發下來了：東三省總督徐世昌 奉天巡撫唐紹儀 吉林巡撫朱家寶 黑龍江巡撫段芝貴 這一排名單公布後，立即在朝中引起了軒然大波，因為大家幾乎都一目了然：都是袁世凱的部下，東北不都成了袁世凱的天下了嗎？
尤其是黑龍江巡撫段芝貴，原是北洋軍第三鎮的統製（相當於師長），此次是連升三級，格外引人注目。 很快，前麵的內幕就被捅出來了：袁指使段芝貴一手操辦的，用10萬兩軍餉買出楊翠喜送給載振，以換得官職。禦史趙啟霖奏請彈劾段芝貴，從而釀成了轟動一時的“楊翠喜案”。
得知這一情況，慈禧十分惱火，立即派載灃前去天津查核。
袁世凱原想討好這個結拜兄弟，順便也把自己的部下提拔上去，沒想到猛了點兒，反而起了反作用。但他不能見死不救。 清廷派載灃等會查，而實際赴津負責查案的人是順天府尹孫寶琦。孫寶琦是奕？提拔的，當然予以方便。他先請載振在三日內設法安置，然後赴津查辦。“解鈴還須係鈴人”，還是通過袁世凱，指使楊以德把楊翠喜送給天津鹽商王宜孫作妾，並製造偽證，證明王宜孫娶楊翠喜用資若幹，何處過付，何日入門，一切都發生在趙啟霖彈劾之前。之後，孫寶琦就按袁世凱這套安排呈複載灃等會奏。結果，趙啟霖因“汙蔑親貴”而被罷職，降回原衙門（翰林院）。但這種顛倒是非、混淆黑白的做法，不但使輿論嘩然，都察院全體禦史也大為不滿，聲言會奏。清廷不得已免去段芝貴黑龍江巡撫之職，載振也辭去農工商部尚書以息輿論。
袁世凱不但無事，而且無人知曉他乃此劇主角。
袁作為一個漢族官僚，年齡又輕，卻能被疑心病極重的慈禧看重和信任，並委以重任，這其中除了他不借金錢奉獻和善於討好逢迎之外，也還有他自身的優越條件——那就是他手中所掌握的軍隊，他的實力迫使慈禧不得不倚重他。
當上直隸總督之後，袁世凱念念不忘的頭等大事還是繼續擴充軍隊。 袁世凱利用自己的顯赫地位和關係，通過各種渠道，使風燭殘年的慈禧明白了一個道理：中國之弱，關鍵是弱在軍隊上，隻要有了一支強大的軍隊，不但列強可以趕走，而且大清的江山可以永存。袁世凱還讓慈禧明白一個更重要的事實，那就是要想強兵，靠綠營、八旗兵都無用，惟一的辦法就是編練新軍，裁減舊軍，而他袁世凱在這方麵已進行了超前的探索，並找到了一條成功的道路。