終於，到了元蒙入侵之時，軒轅劍閣拚著兩敗俱傷的代價。耗費了五成以上的力量，才讓南宋滅亡的時間往後延遲了幾十年！
等到成吉思汗的子孫都已經以橫推之勢，把中亞和歐洲都打成狗，傳說中的聖殿騎士團都被蒙古騎兵輕易操翻時。南宋居然還在幹掉了元蒙帝國的大汗——當然這一切都是因為軒轅劍閣的拚死抵抗。
當終究已經不是修煉者縱橫的時代了，軒轅劍閣還是沒能阻止南宋的滅亡。元朝建立之後，受創嚴重的軒轅劍閣隻能蟄伏起來，無能為力。
直到一代強勢帝皇，朱元璋橫空出世，才終於又重新和軒轅劍閣搭上了線。通力合作之下，滅亡了元朝，重新建立起漢人的統治。
不過，明朝初年也是權力鬥爭十分激烈。當時的軒轅劍閣閣主選擇了代表“正統”的建文帝朱允炆，在靖難之役後，無奈也隻能歸順了永樂大帝朱棣。
其實到了這個時候，軒轅劍閣作為“華夏守護者”的神聖光環早已經消失了。在和皇權的製衡當中，其實並不占什麼優勢。並且隨著修煉者勢力消失，皇帝和王公貴族們已經不再忌憚，對付凡人也不太需要什麼過於強力和超然的存在。
於是，在一次軒轅劍閣的閣主和永樂皇帝的爭吵之後，皇族和軒轅劍閣的關係終於降到了冰點。恰逢永樂帝派鄭和下西洋，麵對未知的海洋環境和異國番邦，除了強大的常規大明軍隊之外。軒轅劍閣的人也被全部派了出去保護鄭和！
實際上，除了保護鄭和之外，永樂帝也有將軒轅劍閣“放逐”的意思。這時候的軒轅劍閣，正式成員已經隻有不到一百人了……
於是，從炎黃時期就開始守護華夏神州的軒轅劍閣，在實力逐漸衰弱和皇族嫌棄的雙重打擊下，終於心灰意冷。也不再多說，跟隨鄭和的船隊出海去了……
實際上，華夏人開始大量往海外南洋等地移民。也就是這一次鄭和下西洋為開端的！
軒轅劍閣在發現了這個趨勢之後，在經過當時的幾位閣中長老商議之後，決定不再返回華夏神州。而是留在了地處南洋要道的馬六甲城之中，以此為中心，盡量的扶持海外華人勢力。
當然，這時候的軒轅劍閣，已經很難再和一個個國家政權去對抗了。在很多南洋本土國家眼裏，軒轅劍閣實際上就類似於一個隱藏在陰影裏的、神秘的、查不出任何根源的華人地下組織……
就這樣，時間逐漸過去。神州本土，大明的氣數也終於走到了盡頭。軒轅劍閣也沒有想到的是，這一次王朝的更替，居然再次重蹈了宋和元蒙的覆轍！滿清入關，漢家河山再次淪陷。但遠在南洋，並且日漸衰落的軒轅劍閣已經無能為力了……
“大概的情況，就是如此了。在這幾百年時間裏，我們嚐試過扶持許多的海外華人國家。曾經有個叫蘭芳共和國的我們十分看好，他們商業立國，精英眾多。可最後，還是失敗了。”徐公子的聲音依然高冷清傲，說著這件事的時候，似乎也聽不出太多失望的情緒。
而聽完了軒轅劍閣的曆史，鍾路等人也都是震撼無比。他們無論如何都想不到，這個馬六甲城中的秘密組織，居然是如此的源遠流長，有著如此大的來頭！哪怕是他們已經衰落了，可是依然有著不俗的力量。