對不從其觀點者羅織罪名，野蠻打壓。2000年10月3日，台北地檢署對《中時晚報》報道有關劉冠軍洗錢炒股新聞，以泄露“國家”機密為由，由檢察官率大批檢警人員，分兵三路到《中時晚報》及記者家中搜查，並封鎖編輯部，限製人員進出。接著又對《勁報》洪姓記者報道“中國船艦出沒蘇澳外海”的新聞，判定其為刺探、收集“國防”機密，被軍方以涉嫌“外患罪”移送偵辦。台灣情治機關公然搜查媒體，在台灣地區曆史上是絕無僅有的。對電子媒體當局則采取累積記點製評鑒，在廣播電視每兩年或三年換照時，如被記點超過50或60點者，不予換發執照。
任用親信直接控製媒體。2000年陳水扁上台後，任用李登輝的女婿賴國洲等人控製了原被國民黨掌控的“台視”，緊接著又通過人事和財政手段逐步控製了多家電台和有線電視台。在2000年台灣地區領導人選舉中，藝人江霞因賣力為陳水扁輔選，從而搖身一變成為綠色新貴。陳水扁上台後，提拔她為“台視”的“官派董事”。在2004年“大選”中，江霞又主導製作多集影射、汙蔑泛藍知名政治人物的“非常光碟”，手段下流。她還夥同一些人成立“網絡電視台”，自任台長，堅挺陳水扁連任。陳水扁對江也垂青有加，陳水扁連任後，又通過親信，強力介入“華視”的高層人事安排，江霞出任“華視”總經理。江公開承認，她的職務升遷“的確是一項政治酬庸”，是陳水扁對她全力輔選的政治回報，她上任後要大幅改造“華視”，未來決不購買、播出大陸電視劇；要抵製“大選”中“挺藍”的“藍色藝人”，孫翠鳳、羅大佑和蕭薔等人“休想再踏入華視大門”。江霞的挺綠、護扁、護貪和霸道被媒體諷為“媒體沙皇”。
整肅“非綠”聲音，實行新聞管製。《中國時報》、《聯合報》因不支持“公投”、深挖“陳由豪事件”，引起泛綠的強烈不滿。陳水扁當局授意親綠記者在網上散發電子郵件，抗議媒體立場“嚴重偏藍”，最後導致《中國時報》總編黃清龍、副總編兼采訪主任夏珍辭職。《聯合報》也出現人事震蕩，主跑政府部門和民進黨的記者，都晉升為報社中高層幹部。“年代”電視台和“中天”電視台，因專業立場被陳水扁當局視作“眼中釘”，指使“閱聽人監督媒體聯盟”、“新聞公實防治基金會”等綠營外圍組織，指責這兩家電視台在“大選”後大幅播出群眾抗爭畫麵，呼籲泛綠廣告主拒絕在“年代”、“中天”電視台刊登廣告，使“年代”、“中天”電視台不斷受到打壓，收視率迅速下滑，迫使兩家電視台調整人事。
“中廣”和“中視”原都是國民黨的黨營事業，近年來按照“黨政軍退出媒體”的原則，“中廣”、“中視”的董監事都辭去了黨職，主要經營人員都是專業經理人。而新上任的“新聞局長”林佳龍一上台，就拿“中廣”、“中視”開刀，對“中廣”、“中視”兩年一次的例行續發牌照一事，再三刁難，把換照條件無限上綱，要強製收回“中廣”過去占有的電波頻率，要“中視”就國民黨所持股權的釋股方案做具體說明，必須承諾兼有國民黨黨籍的公職人員和已辭去黨職的政治人物，都不得出任董監事，以徹底清算國民黨在“中廣”、“中視”的影響，民進黨當局把批綠立場鮮明的飛碟電台列為整肅對象，稱飛碟電台聯網9個地方台的聯播有違規之處，不符合申請宗旨。而中南部的非法地下電台，因在選舉中挺扁有功，新聞管理部門將回收的部分“中廣”頻率，調整給120個地下非法電台，使之合法化，並由曾任民進黨“立委”的新聲廣播電台董事長賴茂洲合並中南部縣市的地下電台，為民進黨推出“全國”性電台聯播網，與飛碟電台相對抗，旨在迫使飛碟電台退出聯播。
剝奪台灣受眾的權利。繼台灣當局拒絕大陸中央電視台4頻道在島內落地後，2005年4月民進黨執政的台灣當局，又以“官方色彩太濃、不能公正報道”為由，不讓新華社、人民日報在島內的駐點記者從事新聞工作。
民進黨用島內清算、島外隔絕的手段，對島內民眾實行單一聲音的灌輸政策，以至於有台灣媒體學者感歎：民進黨在媒體政策方麵推行“綠色恐怖”，比國民黨執政時的所謂“戒嚴”更有過之而無不及。
（四）軍事上“以武拒統”
陳水扁通過在台軍中積極推動軍權“本土化”的步伐來實現軍隊的“綠化”。民進黨掌權的前三年，在陳水扁及民進黨當局的提拔下，台軍中的台籍將領由過去的20%上升到30%以上，校官由40%上升到60%以上。四名台軍總負責人中，湯曜明、康寧祥、陳肇敏均為陳水扁的親信，包括陸、海、空“三軍總司令”等在內的近30名中將以上的高級軍官更幾乎是清一色的台籍人士。同時，陳水扁的軍隊“綠化”措施還體現在他對軍隊的整個戰略以及發展方向進行調整，妄圖“以武拒統”。