今天，係統自組織理論已經有了長足的發展，並且對其他學科的研究產生了舉足輕重的影響。但我們也要看到，雖然耗散結構理論、協同學、超循環論及其他複雜性科學的理論已被廣泛認可，並且其應用範圍也躍出了當初的專業範圍，在各種自然和社會現象研究中廣泛使用，但要建立具有普適性的自組織理論還為時尚早。就本源來說，係統自組織理論來自於不同學科、不同學派，參與研究的學者背景各不相同，因此對自組織理論往往各執一詞，許多提法還是含混的，彼此甚至還有矛盾之處。要對已有的自組織理論融會貫通，使之成為一個嚴謹自洽的學科體係，時機還不成熟。同時，目前人們對複雜係統的認識還相當膚淺，自組織理論要研究複雜係統的演化發展規律，在研究方法和思路方麵還需要不斷探索、整合和改進，才能適應進一步研究的需要。
但這不等於說，自組織理論還是一片模糊不定的未知學術領域。自組織理論可以理解為耗散結構理論、協同學、超循環論、突變論、分形理論和混沌學的綜合化和係統化。對於自組織理論的基本框架，通過各種理論的交叉融合，人們正在逐漸取得共識。
一、自組織理論的簡要概括
通過綜合耗散結構理論、協同學、超循環論及其他複雜性科學的有關理論，自組織理論可以簡要表述為：
一個遠離平衡狀態的開放係統,其內部組分或子係統間通常會產生非線性相互作用,該係統能夠通過與外界環境不斷交換物質、能量和信息，使係統內的無序性自發減少,有序性自發增加，因而自發形成新的組織和結構,使係統由無序狀態轉化為時間、空間或功能上的有序。這種動態有序結構會不斷向著複雜程度更高的方向演化，使係統的結構、功能等持續躍升。
自組織理論主要研究和揭示複雜係統的演化規律，因此自組織理論具有廣泛的指導性意義。具體而言，自組織理論有以下幾個要點：
(1)係統存在自組織現象的前提是開放和遠離平衡態。一個自組織係統要與外部環境進行物質、能量和信息的交換，孤立係統和封閉係統無法通過自組織過程達到更高程度的有序狀態。
（2）自組織係統發展的動力在係統內部各組分之間的非線性相互作用。與他組織係統不同，自組織的動力在係統內部，是係統內部各組分之間的競爭與協同。對一個自組織係統來說，從係統外部找不到有目的的組織者，係統內部也不存在能始終對其他組分施加全局影響的組分。因此從外部看起來，自組織係統好像是係統“自發”產生空間、時間或功能上的有序結構。
（3）自組織係統通過漲落導致有序。自組織係統內部各組分之間的競爭與協同導致漲落，最終使係統由舊的穩定結構發展到新的穩定結構，係統的有序狀態不斷升級。這樣，係統就能夠向著結構、功能更完善的方向發展。
（4）自組織係統演變的兩種方式是漸變和突變。對於一個穩定係統而言，漸變是一種量變，而突變是一種質變。量變是改良性的，而突變是革命性的。係統既有可能通過漸變逐步演進，也有可能通過突變實現快速演進。
（5）自組織係統的發展有可能有多種演進方向，在係統演化過程中會出現“分叉”。一般而言，自組織係統是由簡單到複雜、由低級向高級演進的。但是具體的演進方向受製於係統內外的各種因素，因此自組織係統的演進方向不是事先確定的。
自組織理論的許多思想內容具有普遍的指導意義。自組織理論可以較好地描述複雜係統的演化，並對係統的演化機製做出解釋。作為研究係統動態演進的理論，自組織理論呈現在人們麵前的是一幅從簡單到複雜、從無序到有序、從低級到高級的係統演化圖景。
目前運用自組織理論已可以定量分析研究物理的、化學的甚至生物中的自組織現象，但要使用自組織理論定量分析各種以人為主體的社會現象還是力有所不逮。因為社會係統是已知最複雜的係統，其中涉及的變量很多，很難一一定量；同時作為社會的基本組成單位，人有其他各種生物不具備的無與倫比的自由意誌和能動性，這是很難定量分析的，甚至從根本上說是無法定量分析的。但我們仍然可以用自組織理論來對各種社會現象進行定性分析，或有限的定量分析。從目前來看，使用自組織理論分析社會現象的規律並提出解決問題的策略方針，不但是必要的，而且是可行的。