東南亞網絡極端主義興起於２０００年。網絡極端主義者建立了大量網站，並利用論壇和博客等宣揚極端主義思想，邀請網民參加恐怖活動，散布槍彈製造方法，散播陰謀論。比如，極端主義分子在網站上傳播如何入侵電腦、製造軍火和炸彈的手冊等。極端主義組織還利用互聯網特別是社交網站，煽動該地區年輕人的極端主義情緒。
２００９年３月，拉惹勒南國際研究院和澳大利亞戰略政策研究所聯合發表報告，針對東南亞極端主義分子利用互聯網進行宣傳的趨勢，指出政府如果不加緊對付，這股力量恐將威脅到本區域，包括澳洲安全與穩定。報告稱，“安全機構可能發現網上有指導製造土製炸彈的手冊，卻忽略了通過互聯網培養激進炸彈手的過程”。極端主義恐怖網站模仿主流媒體，實現從信息中心向新聞機構的轉變，建立網上報紙，報道世界局勢，甚至上載獨家照片和訪談等，讓外國人了解當地極端主義組織的發展動態，引導他們接受反西方國家的立場和以激進的極端伊斯蘭主義來看待國際局勢。
報告稱，印尼文或馬來文的極端主義網站數量，從２００７年的１５個激增至２００８年的１１７個。主要有：激進組織官方網站，比如印尼解放黨網站，宣揚伊斯蘭教法和伊斯蘭國王職權，編造恐怖活動陰謀論，策劃群眾集會和研討會；極端組織網站，比如天堂聖戰網站，強調不惜一切代價保護伊斯蘭教，宣揚建立施行伊斯蘭教法的國家；伊斯蘭寄宿學校網站，利用學校網站與學生交流溝通，誘騙學生參加極端恐怖活動；同情和支持聖戰的網站，協助極端主義分子散布消息，宣揚聖戰的合法性和緊迫性；印尼語、馬來語論壇，比如遷徙者網站、電子聖戰網站，提供黑客入侵程序。
報告稱，東南亞國家沒采取嚴厲的措施去防止極端主義通過互聯網散播。在東南亞區域活躍的極端主義組織包括在巴厘島做下多起炸彈襲擊的伊斯蘭教祈禱團和菲律賓南部的阿布沙耶夫組織。互聯網已成為極端主義分子散播激進思想、招募與培訓恐怖分子的工具，手法越來越高明。各國除采取全國性政策，也應該製定區域性策略，以有效對抗網絡極端主義，包括封鎖散播極端主義網站或設立更多宣揚族群與宗教包容的網站等。
東南亞極端主義勢力雖然人數不多，但是影響很大。東南１０國有穆斯林人口約２億，占東南亞地區總人口的４０％，約占整個穆斯林世界人口的２０％。他們主要集中在東南亞的海島地區，如印尼、馬來西亞、文萊、新加坡、泰國的南部和菲律賓的南部。一般認為，東南亞的穆斯林比較溫和寬容，但是兩次巴厘島爆炸案徹底改變了人們的看法。