兩江總督馬新貽在大街上公然被刺殺，不但是讓江寧各級的地方官慌了手腳，更讓某些大人物也意想不到，這件事造成的影響太嚴重了。
八月初二消息傳到北京，猶如一顆炸彈在紫禁城內炸開。同治帝看完奏報，大驚道：“謀刺重臣的事情，此是千年第一案。
最近的一件也隻在唐朝元和十年的時候（公元815年），丞相武元衡在早朝時為盜所害。到現在已經一千多年了，今朝身邊又出此事，實在讓朕深為駭異。”當即下旨：江寧將軍魁玉同司道各官趕緊嚴訊，務得確情，盡法懲辦。
慈禧更是先一步得到消息，她當天下午即將曾國藩與李鴻章召到儀鸞殿商量。慈禧太後坐在鸞座之上問道：“這事豈不甚奇？”曾國藩何樣機敏？因為事涉自己原任的兩江之地，曾國藩急忙誠惶誠恐地回答：“這事很奇。”卻不敢再說什麼。
清廷先命江寧將軍魁玉會同兩江“嚴訊”，“務將因何行刺緣由及有無主使之人一一審出，據實奏聞”。魁玉等複奏：“凶犯……直認行刺不諱，而訊其行刺之由，尚屬支離狡詐”。
後慈禧太後又以五百裏加緊的上諭，指派漕運總督張之萬（張之洞的哥哥）“馳赴江寧，會同熬審”同時調直隸總督曾國藩接任兩江總督主審此案，12月再加派刑部尚書鄭敦謹以軟差大臣身份馳赴江寧複審。
就這樣幾派欽差重臣，折騰了大半年，到1871年3月14日，曾國藩、鄭敦謹聯銜上奏，以“漏網發匪逆黨挾恨複仇”具結該案，刺客張文祥被處淩遲極刑，並剖心致祭馬新貽。一件大案至此，似乎已成定驗。然而，參審官員事後的種種異常表現，卻令人覺得此案結猶未結，另有不能道破的隱情。
首先是參與會審的兩位馬新貽親信江寧布政使孫衣言、營務處總辦袁保慶（袁世凱的叔叔，後過繼為其子）都拒絕在奏結上簽字“書諾”，也就是不承認審訊的結果。
孫衣言更把質疑寫到了馬新貽的墓誌銘上：“賊悍且狡，非酷刑不能得實，而叛逆遺孽刺殺我大臣，非律所有，宜以經斷用重典，使天下有所畏懼，而獄已具且奏，衣言遂不書‘諾’。嗚呼！衣言之所以力爭，亦豈獨為公一人也哉？”直指供詞不實，忿忿不滿之情溢於言表。
他這個時候才明白，自己的靠山一死，湘軍集團上下對於他的態度，原來馬新貽在時，整個湘軍集團對於他或者馬新貽都是不冷不熱的，如今更是冷眼相加，更談不上配合查案了，而張文祥對他更是嗤之以鼻，也難怪他忿忿不平。
其次，欽差大臣鄭敦謹審結出奏之後，不等朝廷答複，就匆匆離開江寧；未及回京複命，就中途稱病辭官回家。按清製，欽差不回京複命是要受處分的。而鄭竟然置之不理，不免令人詫異。
鄭敦謹翰林出身，先後任左都禦史、刑部尚書（相當於今日的最高監察長官和司法部長），因為辦案鐵麵無私贏得“鄭青天”之名。
他在離開江寧之日，對曾國藩按官場禮節致送的程儀（送別禮金）拒而不納，如此不給麵子的舉動，是不是要表示對與曾國藩會審結果的不滿？而鄭辭官後終身不複出仕，又是什麼樣的原因讓他心灰意冷？
冷眼人不難看出這其中的貓膩，如果說刺馬案跟湘軍集團沒有任何瓜葛？這話估計沒有一個人相信，更何況曾國藩雖然不在，但湘軍真正的統帥曾國荃始終對此不發表任何意見和態度。
“刺馬案”之所以被列入清末四大奇案，一個是因為馬新貽作為兩江總督的高級官場身份；另一個是因為這個案子背後隱藏的巨大政治軍事秘密朝野都認為曾國藩平定太平軍攻陷天京後，收繳了洪秀全的全部金銀，但所上繳朝廷的數額卻非常少。
曾國藩此時等於背了黑鍋，他的所獲實在是不多，但這事情等於黃泥巴掉到了褲襠裏不是屎也是屎了，曾國藩有苦說不出，這顯然是有人泄露了他的那些非常隱秘的事情，這讓他非常憤怒，現在消除朝廷對他的猜忌才是重中之重。
可是這又那裏是那麼容易的？別的不說他的湘軍就是一個口實，所以他對於朝廷要裁撤湘軍的意見是全力配合和支持，但當時湘軍勢力強大，更有傳言曾國藩有野心，於是慈僖太後先把曾國藩調離江寧。
接著召見過馬新貽，升其為兩江總督，之後馬便在其密旨的授權下開始了對湘軍的財政調查。就在馬新貽即將把太平天國財富去向弄清楚的時候，“刺馬”案突然發生。