哥白尼的《天體運行論》是在和宗教神學的鬥爭中發展起來的。他的著作還在印刷時，就受到宗教方麵的攻擊，而《天體運行論》的傳播更引起了教會方麵的極大恐慌和極端仇視，新教的創始人馬丁·路德則直接攻擊哥白尼背叛《聖經》，說他“要把全部天文學連底都翻過來”。1616年教皇宣布太陽中心說是異端邪說，把《天體運行論》列為禁書，在很長時間裏，哥白尼的著作是經常受攻擊的對象，從中我們既可以再次看出這部偉大作品的震撼力，又能深深體會到這本書所體現出來的作者那種相信真理的精神，盡管不那麼堅定，然而卻能被我們所理解，因為他畢竟公布了自己的學說，而且對世界產生了深刻的影響。（李文清）
思想的先鋒
真正改寫曆史的，往往不是行為，而是思想。作為現代天文學先驅的哥白尼，其曆史功績在於他那披荊斬棘的革命膽識。他在《天體運行論》中確認了地球不是宇宙的中心，而是行星之一，從而掀起一場天文學根本性的革命。一個運動著的地球是整個現代天文學的基石，哥白尼提出了極其重要的新觀點——宇宙統一性的觀點。在這以前，人們認為天體和地球是由迥然不同的材料構成，天空與大地間有一條不可逾越的鴻溝。現在，這道鴻溝被哥白尼填平了。
哥白尼是科學向神權宣戰的第一位戰士。在公元4-5世紀，以羅馬教皇為首的天主教會勢力非常強大，神權賽過君權，淩駕於國家權力之上，教會就是上帝在世上的代表機構，天主教會把希臘天文學家托勒密創立的地心宇宙體係，即地球居於宇宙中心靜止不動，其他日月星辰環繞地球旋轉的說法當做它的護身符。按照天主教義，自然界是上帝從“無”中創造出來的，永遠受上帝的意旨支配。上帝“按照自己的形象”創造了人，並把他（她）安置在地球上，所以地球在宇宙中應當占有特殊地位。這樣托勒密的地心宇宙體係，正好為天主教義提供了“科學依據”，使它變得與宗教教義具有同等意義，同樣神聖而不可侵犯。誰要是對它表示懷疑和反對，便被認為褻瀆神聖和大逆不道，就要受到嚴厲製裁。
而哥白尼卻把“地心說”推翻了，在哥白尼《天體運行論》所構造的宇宙圖景中，地球被逐出宇宙的中心，變成一顆不斷自轉、同時又環繞太陽公轉的行星。原來，人們並不是居住在穩如磐石的大地上，而是棲身在一個旋轉很快的“陀螺”上。“天”既不存，“堂”將焉附，上帝也失去了藏身之所，而這也使《聖經》賦予地球的特殊身份——上帝的桂冠和宇宙的主宰——完全喪失了，宇宙不因地球而存在，也就不再有什麼天堂與地獄之分。這種教義上的破產震撼了歐洲中世紀宗教統治的理論支柱，大大動搖了人們心目中對教會勢力的崇拜。《聖經》賦予地球的特殊意義完全喪失了。哥白尼的偉大成就又在於他不僅鋪平了通向近代天文學的道路，而且開創了整個自然界科學向前邁進的新時代。他的《天體運行論》不但以簡單完美的形式吸引了天文學家的注意，更由於它衝破了中世紀的神學教條，徹底改變了人類的宇宙觀，從而引起了一場偉大的“哥白尼革命”，揭開了近代科學向宗教神學開戰的序幕。這場革命使希臘科學垮台了，並使人類在一條嶄新的更富有豐碩成果的道路上邁進。他教導人們用新的目光去看待事物，不應該盲目信賴古人的權威和從虛幻的表象看待事物，而應該在自然界中依靠實踐和科學分析去發現事物的真理。從哥白尼時代起，脫離教會束縛的自然科學和哲學開始獲得飛躍的發展。
哥白尼對世界秩序和宇宙論革命性的新發現，還打破了人類舊有的觀念束縛，點燃了哲學與藝術迸發的火種，為詩人、思想家和藝術家開辟了一條雲梯般的道路，使其在新的思維天空中任意馳騁。同科學一樣，新的藝術形式也總是在那些極欲變化、擁有嶄新視野的地帶破土萌動。這位富有傳奇色彩的學者通過《天體運行論》告訴世界，地球不是宇宙的中心，它實際上是在圍繞太陽旋轉。由於哥白尼的理論，很多其他的哲學家、詩人和藝術家也在其各自領域得到更好的發展，人類對自身及所處世界的認識也永久性地改變了。因此，德國著名詩人和哲學家歌德曾這樣評價哥白尼的學說：“哥白尼學說撼動人類意識之深，自古以來無一種創見、無一種發明可與倫比。當大地是球形被哥倫布證實以後不久，地球為宇宙主宰的尊號也被剝奪了。自古以來沒有這樣天翻地覆地把人類意識倒轉過來的。如果地球不是宇宙的中心，無數古人相信的事物將成為一場空了。誰還相信伊甸的樂園、讚美詩的歌頌、宗教的故事呢！”他的日心說不僅對科學、哲學和藝術產生了巨大的影響，也為伽利略、開普勒和牛頓等大批後繼的學者鋪平了現代天文學的探索之路。他的主要著作《天體運行論》對現代曆法的製定起到了先導作用，而這套曆法，被我們一直沿用至今。無論從何種意義上來說，哥白尼都為我們的思維方式翻開了嶄新的一頁。