但是，也有相當一部分反對者，他們認為“如果中止比賽，正好是達到了恐怖分子的目的，陷入了他們的圈套”。可是，就連主張繼續比賽的人們也對繼續比賽的時間持慎重態度。
恐怖行動後的6日早晨，國際奧林匹克委員會召開理事會議。會上議論紛紛，最後接受了布朗迪基主席的意見，決定比賽繼續舉行。
理事會一天前已決定在體育場為被殺害的2名以色列運動員舉行追悼禮拜，同時重新開始比賽。在11名選手已經死亡，世界上數百萬的人們以悲痛的心情聽到這個慘劇之後，理事會也沒有改變繼續比賽的決議。比賽於當天在體育場舉行了追悼禮拜儀式之後，重新開始。
上午10點鍾，追悼禮拜開始，大約有8萬人參加。身著運動夾克衫、頭戴小帽的以色列運動員坐在了最前排，一旁還放著11張空椅子。布朗迪基主席在主席台上宣布比賽繼續舉行。他高聲強調說：“兩種野蠻的行為傷害了奧林匹克盛會，一個是排除羅得尼亞參加本屆奧運會，另一個是對以色列運動員的恐怖行為。奧林匹克的精神不允許破壞。”
在響起稀稀拉拉的鼓掌聲時，以色列原奧林匹克運動員希德恩·阿利埃爾悲傷地說：“我不知諸位是怎樣想的。當體育場上空飄揚的世界各國的國旗降半旗的時候，為什麼還要繼續進行比賽呢？”
西德總統海涅曼說：“奧林匹克精神還活著，我們有義務更加愛護這種精神。”
可是由於阿拉伯各國強烈抵製這次追悼禮拜，比賽不得不推遲了一天。6日下午4點50分比賽重新開始，首先舉行了手球比賽。
運動員中有的說：“即使中斷一天，也會把勁頭搞沒的。”美國的長跑運動員普裏夫思還說；“我的計劃全被打亂了。”但是，不少運動員同意重新進行比賽。至少從表麵看，奧林匹克大會又恢複了前兩天的那種熱烈景象。
9月11日舉行閉幕式，比原計劃延期一天。奧委會本想把閉幕式搞得簡樸而肅靜，可是年輕的運動員們還是又笑又跳，十分熱烈。隻有主席台上掛著的那麵以色列國旗上的大衛之星，在白的布上顯得更加幽藍，表示著它的寂寥。
全部以色列人質之死，帶給勃蘭特總理沉重打擊。這次悲劇使他長期以來追求同阿拉伯世界和解所做的努力化為烏有，同時也將影響他12月份大選中的再次當選。
勃蘭特總理下令就下列事項進行特別調查：警備隊員在機場造成的營救的愚蠢失敗；奧林匹克村安全措施的漏洞以及誤報原因等。
當時，西德當局采取的措施是得到以色列認可的，而且除此以外也別無他法。但是，營救作戰的後果是殘酷的。在選定狙擊手人數方麵的失誤以及時機不當就開槍射擊，這是毫無辯解餘地的。實際上，2名以色列專家當時就在機場，但西德當局還是按自己的判斷下令開槍。
也有人對奧運村的安全措施提出質疑。首先有一種批評認為：西德當局應該對以色列代表團實施特別的警衛。以色列外交部發言人也說：“東道主應該負警衛的責任，如果西德當局建議進行特別警衛的話，毫無疑問，我們會接受的。”
但是，據西德當局說，以色列曾經說過：“我們要自己保護選手代表團，不需要其它特別措施。”
也有報道說，實際上以色列並沒有配備秘密特工，在代表團當中隻配備了2名警衛員。