這場“木之葉崩潰”行動，最終以失敗告終。三忍攻防戰篇大蛇丸為了醫治雙手，他和手下兜主動去通冊街找三忍的醫療聖手－綱手請求診治。由於綱手態度強硬，大蛇丸以替綱手死去的弟弟和情人複活(即穢土轉生禁術)作交易條件，並以七日為限期。七日後雙方再次交涉，但大蛇丸受綱手背叛，幸得兜及時製止，綱手也決心殺死兩人展開追逐戰。佐助營救篇這之後，大蛇丸因受不了原來女人身體雙手被封印所帶來的痛苦，故加緊派音忍四人眾前往勸誘佐助投靠音隱村。佐助到來前，大蛇丸不得不拋棄已無法使用雙手的美麗女人身體（因轉生對靈魂有損傷，所以在容器還能用時，不會輕易轉生。），臨時以所捕忍者幻幽丸的身體進行靈魂轉生。盡管之後犧牲了音忍四人眾及擁有血繼限界的君麻呂，但成功讓佐助來到音隱村，並積極對其進行培訓，企圖用佐助作為下一個容器。天地橋篇三年後，木葉村的大和班從‘曉’的蠍處得到消息，知道其派往大蛇丸的臥底將於天地橋處跟其會麵，並欲籍此找到關於佐助的線索。鳴人一眾按照指示到達天地橋，卻遇上了大蛇丸。大蛇丸跟因憤怒而化成四尾妖狐的鳴人進行了一場激烈的戰鬥(兜稱這為‘怪物間的戰鬥’)，及後卻因身軀已達極限，故帶同兜及團藏派來交涉的佐井一起離開。但大和班眾人沒有放棄，追蹤至大蛇丸的巢穴，找出並成功勸告佐井歸隊。之後他們分成兩隊，以求加快尋找出佐助的位置。途中佐井及鳴人一隊卻碰上了大蛇丸，大蛇丸跟鳴人再度交手，而鳴人卻讓佐井先往尋找佐助。後小櫻及大和前來支援，大蛇丸不欲戰鬥而遁去無蹤。不久，鳴人、小櫻跟佐助再度會麵，但佐助卻不領舊情，欲把他們全部殺掉。這時大蛇丸突然出現，出奇地阻止佐助殺死鳴人他們，因為大蛇丸認為他們還有利用價值，可替他多殺掉幾個‘曉’的成員(因為大蛇丸曾是‘曉’的成員，後叛離而同時給‘曉’追殺)。佐助會意而放棄殺害鳴人們的念頭，和大蛇丸一起隨風而消逝。大蛇丸之死篇大蛇丸的身軀逐步迫近三年界限，連兜的藥也已無助，認為是時候以佐助的軀體進行靈界轉生。另一邊佐助認為大蛇丸該教他的全都學會了，大蛇丸的存在對其來說沒有利用價值，故先發製人，衝進其房間進行刺殺。大蛇丸也不甘示弱，現出白鱗大蛇真身，並即席進行靈界轉生。然而，他卻諷刺地在自己進行轉生的結界內，被佐助反吞噬及奪去一切力量。留下一副大蛇軀殼。後藥師兜把其剩下的遺體移植到自己的左手，欲得到大蛇丸的能力，不過也被大蛇丸遺體反吞噬已達3成。（漫畫進展，兜全身都是大蛇丸的力量，兜的身體也可以蛻皮，變身成為半個白蛇）兄弟之戰篇由於虛弱被佐助偷襲的大蛇丸，在跟鼬重遇被寫輪眼神器所封，目前確認大蛇丸僅僅是被封印，並未死亡。於392話中，大蛇丸潛藏在佐助的查克拉，因本身對戰時體力耗盡而被釋放出來，大蛇丸亦因此一度控製佐助，使用八歧之術。但最終仍為宇智波鼬的絕招‘須佐能乎’所克製，大蛇丸連同八歧大蛇被吸進酒葫蘆的空間內。在八歧大蛇被吸進葫蘆的一瞬間，八歧大蛇的一部分掉了下來，變成小蛇躲進石縫，後鼬在戰鬥中戰死，小蛇企圖溜走，結果被鼬剩下的天照燒死，那有可能就是大蛇丸（據漫畫393掉下的小蛇有三條，被燒著的隻有一條，而且被燒著的那條也生死未卜——參考三忍大戰，自來也與文太的火遁攻擊萬蛇）。目前，隻有兜身上才寄存有大蛇丸的細胞，這應該是大蛇丸再次登場的希望，另外禦手洗紅豆的身上還存在一個天之咒印，紅豆也可能成為大蛇丸再次登場的希望。