不久之後，他將我托付個了一位住在遠方的教師，而父親絕情離去的背影成為那個真嗣心中不可磨滅的噩夢，以致在後來不斷在腦海中再次出現……
碇元渡，對，我現在隻能這樣稱呼他。他消沉了很久，甚至是一個星期都跑在了外麵。連家都沒有回一趟。因為母親不在了吧！所以這個家不再能稱之為家了吧？之前那個父親的身份已經在他身上消失了。可憐的人啊！我也是這樣的吧！我苦笑。如果有那位老師見到我此時的表情一定會以為自己眼花了。一個3歲大的小男孩的苦笑樣子，要多怪有多怪。
傷心歸傷心我要走的路也還很長啊！我已經不是屬於我自己這麼簡單了，我屬於這個世界。於是在到達那個老師的家後，我就趁著一個機會逃了出來，又回到了箱根，這裏還有事情等著我完成，沒解決之前，我絕對不能離開。
我還有6年時間先改變故事的開始，爭取到她們母女的話，起碼在今後隻需要安心對付Seele的那些老人和碇元渡就行了，那就有她們在幫我監視，貌似這樣的話，我的最終計劃就將少了一些變數。那未來就應該不會朝著Seele的劇本表演下去，那人類就可以通過其他方式得到心靈的補完，那麼那些激烈的方式就隻會永遠存在於那個過去。
回想一下接下來的重要事件，盡量從中找到突破口。讓我好好想想，現在需要細致。
12月，碇元渡將推行並實施Adam計劃。同月在基路·洛侖茲議長支持下的人類補完計劃正式實施。
2005年，第三新東京市（tokoy－3）開始建設。同年，在第二東京大學，赤木律子與葛成美裏相識。而此時美裏與加持良治處在戀愛階段。隨後EVA的女二號之一綾波零誕生，為了掩飾其人造人的身份，將其一切有關信息抹銷，定其出生日期為2001年3月30日。
2005年～2007年MAGI理論開發中。
2008年MAGI理論完成。同年，赤木直子之女，赤木律子進入GEHIRN（NERV前身，德文，意為大腦）工作，負責E計劃，其後發現其母與碇元渡私通。而美裏與加持則前往德國，進入GEHIRN德國分部工作。而作為EVA另一女二號的明日香成為第二適格者（SecondChildren）將在德國受訓，並駕駛二號機。小明日香興奮的向將好消息告訴母親時，發現其母惣流京子在病房內上吊自殺。此時明日香7歲，另外說一句所有的EVA駕駛員都是2001年出生的。（我們期盼奧運的這一年明日香卻如此痛苦，同情中。）
2009年，天頂都市（即地下城市）處在忙碌的建造中。
2010年，天頂都市初步工程宣告完工。律子從其母口中了解到了SC·MAGISYSTEM是由身為女人、科學家、母親的三種人格構成的。分別為MELCHIOR1、BALTHASAR2、CASPER3。完成當日，零（一人目，即為TV版中的第一個零）告訴直子碇元渡一直隻是在利用她的才華才與其私通，並罵她是歐巴桑（即老太婆）。直子似乎知道零是唯的替代，惱羞成怒，憤而掐死了零（一人目），平靜下來後處於心底的罪惡感，慌張從之後在發令所的指揮台位置跳樓（姑且算成）自殺身亡。（推斷為碇元渡指使，亦不排除使徒因素成分的影響）之後GEHIRN更名為NERV（德文，意為神經元），其他人員進入NERV。
應該沒有什麼遺露的，重大事件就是這些了。哪裏會有破綻呢？之前直子對碇元渡已經有了好感，隻是礙於母親。而如今母親去世，正是她的絕好時機，用溫柔來撫慰碇元渡那顆受傷的心。
但你的希望是永遠不會實現的，對你來說她或許是個令人討厭的女人，但她對我來說是位偉大的母親。在這六年裏，我能起到什麼作用嗎？首先律子那裏要盡快下手，起碼要與她建立一定的聯係，那樣在說不通直子的情況下應該能用她女兒的安危從而一定程度上影響她的決定。哎，這點就是與真嗣融合的劣處了，沒人回信一個小孩子的話，即使他是碇元渡的兒子。不過，如果不是孩子的話，我就不能操縱EVA了。人果然是矛盾的存在啊！
嚴格意義上說我已經不是真嗣，外貌上也與原來的真嗣沒有了關係，原真嗣說是有點像碇元渡年輕時的話，我則有點像母親，不過不是如零那般差不了幾分，否則以後就會看見兩個差不多的駕駛員了。那時保證明日香見到真嗣馬上就會火大，因為長得太像她所討厭的人偶了。我現在隻是披著一層社會身份的碇真嗣。