1938年3月，周作人第二次回信給廢名，6月又寄信廢名。不久廢名收到卞之琳的信及其與何其芳主編的《工作》，得知周作人附逆。廢名起先固執地認為不可能，直到1944年廢名才知道恩師確已附逆，但他仍然說：即使附逆，知堂老人還是愛國的，是他特殊的愛國方式。這期間，周作人很少與廢名通信，因為線路已經不通了，在1941年廢名寄周作人《說種子》以後，不見二人通信的記載。這期間有兩個重要史料是學界所不知的，一是：1944年，周作人寄信廢名要他回北平，估計是安排他在偽北大任教，此時周作人已是偽北大校長兼文學院院長。後來又有日本士兵找到廢名，說已經和周作人聯係好了，找你去北大教書，麵臨著日寇的威逼利誘廢名堅決不回北大。此事在廢名的家鄉黃梅流傳很廣，被視為廢名先生有著崇高氣節的一麵。二是：1944年的“破門聲明”事件，也曾波及到遠在黃梅的廢名，周作人也給廢名寄去了“破門聲明”的明信片，被廢名的幾個學生收到，他們拿給廢名看。可見，廢名是知道沈啟無被恩師逐出師門的。此後，周作人還寫信問廢名《談新詩》出版的事。以上基本是周作人與廢名在這一期間的交往。
1946年9月，廢名取道南京返回北大。在葉公超的幫助下，周作人與廢名在獄中見了一麵，心中十分懷念廢名的周作人終於見到了愛徒。1949年1月，北平解放後周作人被保釋出獄。廢名開始與周作人取得聯係，考慮到周作人的艱難生活，他熱心地在老朋友中為周作人募捐，並親自解囊相助2萬元。直到1950年，還有廢名到周家賀年的記載。在那特殊的政治年代，周作人的許多老朋友都避之如鬼神，而廢名毫不在乎，依然我行我素，保持與恩師的來往，並大力相助，在生活上有很多照顧，以至在一個寒冷的冬天，為周家拉來一車煤炭。
廢名當時因長期與恩師周作人來往，在政治聲名上已造成“不良影響”了。周作人也不無擔憂地說：“廢名人太真率，隻怕因我而受連累，甚至會吃虧的。”北大中文係開批判會批評廢名，說他立場不堅定。最嚴重的後果是，1952年，廢名被排擠出北大。此後周作人很難與廢名聯係了，所謂“劃清界限”，但他們在心底，會思念對方嗎？據《周作人年譜》記載，1957年12月14日周作人外出購買一冊新出版的《廢名小說選》，可見周作人在心裏還是想念廢名的，這比抗戰期間“懷廢名”更難熬、更蒼涼吧！十年後，也即1967年，周作人遭受紅衛兵毆打，於5月6日死去。這時廢名也已不醒人世，在家被抄以後，喃喃地問道：中國的文化大革命到底是怎麼回事？9月4日下午1點多，廢名離開人世。中國現代文學史上開創京派的師徒二人就此永遠地離開了。
周作人與梁實秋
周作人與梁實秋是在一次文藝論爭中開始交往的。
五四運動爆發時，梁實秋正在清華學校讀書。在五四運動的洗禮下，梁實秋和一些激進的同學一樣，思想上產生了一種強烈的衝動，表現出對社會的參與意識。正是在這種心理衝動的驅使下，梁實秋選擇了文學批評。他以青年人特有的激情，“喜歡和人辯駁問難”。從1922年到1923年，他先後三次開展論爭。論爭的對手，有同齡的青年才俊，也有年長的權威人士。在1922年5月27日到29日這段時間裏，梁實秋在《晨報·副刊》上連續發表多篇文章，針對周作人的詩歌“須以真為主，美即在其中”的文藝觀點而發難。
周作人怒而反擊。他針對梁實秋提出了“美即是真，真即是善”的文藝觀點，在6月2日《晨報·副刊》上發表了《“醜的字句”》一文，對梁實秋的觀點進行了反駁。梁實秋旋即在1922年6月22日出版的《晨報·副刊》上發表《讀仲密先生的〈醜的字句〉》一文，對周作人（號仲密）予以反擊。接著他們互不讓步，又相繼發表了幾篇文章進行互相答辯。
可是，四個月後，冷靜下來的梁實秋作為清華文學社的學生代表，到八道灣來請周作人給他們講課。周作人並沒有計較剛剛發生過的那場爭論，就一口答應下來。1923年3月3日周作人來到清華園，給文學社的同學們講了《日本的小詩》這個專題。周作人講課聲音不大，幾乎是照本宣科，但是梁實秋和他的同學們並沒有慢待周作人，他們仍然懷著敬佩的心情認真聽課，仔細地做筆記。
後來，梁實秋撰文對五四浪漫主義大張撻伐，周作人則很折服，引起了思想上的共鳴，從此也冰釋了前嫌。
梁實秋從美國留學歸來後，文藝觀點有了較大的轉變，對於周作人的文藝觀不僅能夠接受，而且幾乎是殊途同歸了。梁實秋主編《自由評論》時，周作人被邀請為重要撰稿人，先後發表了《談策論》、《文學的未來》、《談日本文化書（致梁實秋）》等文章。1934年梁實秋到北京大學任教，成為周作人的同事時，彼此的關係異乎尋常地密切起來。他經常到周作人家造訪，相互間也常有書信往來。有一次周作人給他寫信，要他幫助給賣數十冊英文原版書。梁實秋找到有關部門給周作人辦成了這件事，解決了周作人的燃眉之急。其實當時周作人作為一位“研究教授”，收入不菲，主要是他的日本婦人花錢大手大腳。以前與大先生魯迅住在一起時，魯迅負擔家庭的開支，後來與大先生反目後，魯迅搬出八道灣，隻憑周作人的個人收入就必然陷於經濟窘境了。抗戰爆發後，梁實秋到《中央日報》主編副刊，離開北京，從此他們就失去了聯係。