卻說蚩尤也炎帝均由神農氏族發展而來，同屬農耕部澆聯盟。後炎帝威德重於天下，得人皇聖人之位。在聯盟中蚩尤的九黎部落就強大起來，而且九黎部落之人好鬥爭勇，凶橫異常，蚩尤勇武聞名，所以在炎帝之後，得到了迅速的發展和擴張，部落中風伯和雨師更是有大神通者，得人指點，就欲取那人皇之位。不斷征伐壯大，欲威加天下。基本上統一了長江流域的地區。
而此時的軒轅則得廣成子等闡教之助，當上了有熊部落的族長，為了那人皇之位，也開始了對附近部落的吞並。軒轅在廣成子處學習多年，也多是征伐兵戰之術，故而黃河中下遊地區也很快置於有熊部落統治之下。兩個都欲統一天下的強大部落的首領，當然都不甘心屈服於另一人之下，戰爭就不可避免。
蚩尤有巫族的血統，修得神通，三頭六臂，銅頭鐵額，刀槍不入。而且蚩尤在廬山腳下發現了銅礦，他們把這些銅製成了劍、矛、戟、盾等兵器，軍威大振，並有八十個兄弟，善於使用刀、斧、戈作戰，不死不休，勇猛無比，訓練的戰士更是勇猛無比。看到實力強大，便與起兵與軒轅爭奪天下。
有熊部落雖然與九黎不相上下，但是多次征戰沒有得到很好的修養，且不如九黎部落戰士勇猛，不想戰伐，欲做好準備，一直想勸蚩尤休戰。蚩尤怎麼會聽，軒轅不得已，歎息道：“我若失去了天下，蚩尤掌管了天下，我的臣民就要受苦了。我若姑息蚩尤，那就是養虎為患了。現在他不行仁義，一味侵犯，我隻有懲罰不義！”於是軒轅親自帶兵出征，與蚩尤對陣。
軒轅親自率部征討蚩尤，兩部對峙於涿鹿的田野上。軒轅派應龍在冀州的原野上發起進攻，應龍生有雙翅，會飛，還能從口中噴水。應龍把江河的水吸入口中，飛上高空，向蚩尤的陣中噴水。頓時，洶湧的波濤從天而降，直奔蚩尤衝去。蚩尤派風伯和雨師出陣迎戰。風伯和雨師，施展神威，一個縱風，一個集水，反過來把暴風驟雨向黃帝陣中打去。應龍不會收水，結果黃帝陣腳大亂，潰敗而歸。後來，蚩尤憑借著良好的武器和勇猛的士兵，連連取勝。
不久，黃帝重整軍隊，重振軍威，再次與蚩尤對陣。並找來女魃助戰。女魃是個旱神，專會收雲息雨。軒轅命應龍再次騰空噴水，應龍張開巨口，江河之水衝向蚩尤的軍陣。蚩尤急派風伯、雨師應戰，狂風裹著暴雨又向黃帝的軍陣襲來。軒轅馬上派旱神女魃上陣，女魃施展神力，刹那間烈日當頭，熱浪滾滾。她走到哪裏，哪裏就風雨全消。風伯和雨師無計可施，慌忙敗走了。
敗了一陣，重振軍隊後，蚩尤也再次征伐有熊部落。蚩尤這次施展法術，噴煙吐霧，把軒轅和他的軍隊團團罩住。軒轅的軍隊辨不清方向，看不清敵人，被圍困在煙霧中，殺不出重圍。就在這危急關頭，軒轅靈機一動，猛然抬頭看到了天上的北鬥星，鬥柄轉動而鬥頭始終不動，認定了一個方向，軒轅這才帶領軍隊衝出了重圍。