最值得提出的是，李時珍在動物分類學及遺傳學方麵的成就。在《本草綱目》中，李時珍共記載動物藥444種，占全部藥物的234%。他把這些動物藥分成蟲、鱗、介、禽、獸和人這幾部。為什麼要這樣分，必然有一個主導思想。李時珍對這個分類法，有他自己的原則，認為這是“由微至巨，從賤至貴”。微與巨，可能是指動物機體體積的大小，從小小昆蟲，直至哺乳動物等巨大的獸類。這裏的賤與貴最值得注意，它並不是指動物的經濟價值的貴賤，也不是人們思想中關於貴與賤的含義。
大家都知道，在封建社會裏，龍與鳳在人們思想中是至貴的生物，皇帝自比為真龍天子，要穿龍袍，睡龍床；而皇後則比為鳳凰，這樣才能龍鳳匹配。舊小說還認為龍是一種神物，能嗬氣成雲，甚至呼風喚雨。如果是用這個意義上的貴賤而言，則龍、鳳應當排列在諸動物的榜首，但實際上《本草綱目》把龍列在鱗類，而比龍應該說低一等的鳳，書中把它列為禽類。
再看看猩猩，當時認為猩猩隻是一種與鸚鵡相仿，隻會學舌的動物。但李時珍卻把它列入獸類，而且是獸類中最高的寓怪類。至於人本身呢，李時珍把人列在動物中最高的一級，專立“人”一部。
由此看來，他所說的“貴賤”另有所指，不是指動物的經濟價值，也不是指人們思想中所認識的貴賤。那又是指什麼呢?
我們具體看一下各類中都有什麼動物。蟲類都是一些微小的昆蟲，鱗則是魚類，介類中有爬行動物，也有兩棲動物；禽類則是指飛禽包括雞、鴨、鳥等等，獸類幾乎都是哺乳動物，最後是萬物之靈的人類。
由此看來，李時珍所說的貴與賤，是指動物在智力進化及生物高低方麵的貴賤。他排列的這個順序，與達爾文生物進化論中關於動物進化順序的排列幾乎不謀而合，除了具體到每一種動物，可能有歸類不當之處外，從總體上說，李時珍的排列正好符合生物進化的順序。
由此，人們可以得出這樣的結論，李時珍在動物學的研究上，已經具有了生物進化的思想了，至少已有了生物進化思想的萌芽。李時珍較達爾文早二三百年，他的這種思想在生物學上是非常先進的。
李時珍還對生物環境的適應，有相當深刻的認識。他十分重視環境對生物，尤其對動物的影響。如地域、氣候對生物的影響，他早就注意到了。如說天方國的罌粟花到7～8月以後，其皮還是青色的，他指出這是地域方土差異的結果。他指出百穀在中國九州內，其性質都不一樣。而魚類的顏色及其習性，生活在清水和濁水、流水和止水的都不一樣。
有些動物為適應環境，其身體的結構與環境有密切關係。比如生活在山中的鳥類的尾巴長而鳥喙短，而生活在水上的禽類則相反，尾巴短而其喙長。魚的鱗與水波粼粼是相適應的，他甚至說魚的鱗就是這樣起的名字，也就是清澈的水中，塊塊小石清晰可見的意思；又指出鳥類因為棲息在樹林裏，因此，它們的羽毛就與樹葉片片相似；獸類身上披著的是毛皮，這是因為獸類動物都穴居山中，所以這些毛都與草相像。這些都是動物與環境相適應的結果。他把這種現象概括地說成是“毛協四時，色合五方”，也就是動物的外態形色，都與時間，地域的變化不同相適應。
對於生物的遺傳現象，李時珍也已經有所認識。我們經常碰到這種情況，有些人才20多歲，頭發已經布滿銀絲，滿頭花白了，我們稱之為“少白頭”。有些人說這是未老先衰，也有的說這是用腦過度，說法不一。其實，對這種現象李時珍早就有了解釋。他說一個人的頭發變白，有遲有早，有的老了才白，有的少年就白了，這些現象與人的壽命長短沒有關係，而是由於“祖傳及隨事感應而已”。這裏，他已經涉及了白發發生的兩個因素：一個是“祖傳”，也就是先輩傳下來的因素，我們現在稱之為遺傳因素；二是“隨事感應”，也就是與人的精神活動有關。李時珍的這個觀點也是相當全麵而正確的，在遺傳學發展史上有著重要的地位。
就醫學而言，他的主要貢獻當然是在本草學方麵，但他本人又是一位高明的醫生，他對中醫的脈診特別有研究，著有《瀕湖脈學》一書，具有世界性的影響。
此外，李時珍在天文、地質、礦冶、化學等等方麵，也都有不少成就。
深遠的影響
李時珍的本草學著作麵世以後，一直受到人們的重視，不僅在國內如此，在國外同樣影響深遠。
《本草綱目》自16世紀問世以後，曆代對它進行過深入的研究。像這樣一部將近200萬字的巨著，就是在現代，要翻印起來也並不容易。但是，就在這將近400年間，人們對它的翻刻次數，包括現代用活鉛字排版的印刷，竟多達近60次!其重要性可以不用再多費筆墨了。
近代以來，人們以現代科學，包括現代醫學的眼光，研究李時珍的科學思想、工作方法、生平事跡、醫療成就，甚至他的文學修養等等，研究《本草綱目》中博物學，包括現代自然科學的各個學科的成就的學術論文，數以百計，研究專著也源源不斷。李時珍已經成為我國古代自然科學家的傑出代表。
在國外，他的影響也是相當大的。生物進化論的奠基人達爾文(1809～1883)在他研究和創立進化論的過程中，曾經引用過李時珍在生物學方麵的成就。如他在《人類的由來》這本著作中曾經引用過一段關於金魚顏色的形成的材料，指出其顏色是由於人工細心的培養而引起的突然變異，指出這種動物在中國很早就被人們細心地培養著，認為宋代就已開始培養了。這一材料就是從《本草綱目》中引用過來的。達爾文曾經提到他所引用的是“古代中國百科全書”，指的就是《本草綱目》而言。
《本草綱目》很早就傳到國外，被日本、德國、歐美的學者進行研究、翻譯。這樣大的部頭巨著，其中還有不少中醫特殊的名詞術語，要譯成外文，是有相當大的困難的。
至今，《本草綱目》已經被全文或部分譯成英文、日文、德文、朝鮮文、拉丁文、法文等等譯本。此外，《瀕湖脈學》也已經有了德文的譯本。
李時珍已經成為我國古代科學家的傑出代表，與世界科學名人羅蒙諾索夫、達爾文、哥白尼等相並列。