兩年一度的世界超能力大賽召開，王搏與同伴參賽途中挫敗狼盟殺手，得到了米爾揚源晶寶藏的線索。
王搏力壓群雄，取得大賽第一名成績。三人實力也得到提高，即將離開大賽舉辦地海底城。而這時城外不遠的米爾揚源晶礦遭到反派勢力骷髏會的襲擊，其目的是搶奪剛發現的海藍天晶。
星雨晴等人共抗骷髏會，最終海藍天晶被搶，王搏發現了骷髏會跟製造生化獸有關，決心追查到底。
在冰原取得米爾揚家族源晶寶藏的晶石和武器，得到蟲洞坐標星圖。九所獲得充足的地階晶石，重啟核心能源室。王搏和星雨晴韓楚在九所夏琳的幫助下展開對骷髏會的追查。
特勤隊發現嘉海市人口神秘失蹤，王搏韓楚等前去調查，發現有墮落的超能力者暗中劫掠人口，抽取人類的靈魂，做某種邪惡的實驗。
王搏、韓楚、星雨晴等人隱藏身份進入辰星科技集團深入險境，和幕後黑手骷髏會的地下勢力曆經激戰，終於消滅了這股勢力，而調查結果隱隱指向世界上舉足輕重的組織—極道科學聯合會。
王搏韓楚等找到九所前輩科學怪人古無畏，取回九所核心的青木天晶，並得到他的指點，戰力進一步提高。
與此同時，神秘的骷髏會領袖利用黑水天晶他派出部下斯托克頓和道格拉斯率領生化獸前來搶奪天晶，並尋找星圖的下落，雙方展開激戰。王搏等少年英雄多次挫敗骷髏會的攻擊。王搏和雨晴在無數次並肩作戰中相互傾心。
而此時，極道科技聯合會萊克特和拉斐爾博士，索倫斯博士等聯手終於發明了靈魂抽取合成技術，靈魂合成工廠產生。
由此世界格局發生大變，對靈魂晶石能源的渴求引發了骷髏會及極道科學聯合會瘋狂地向人類社會進攻，圈養奴役人民，爭奪靈魂生產者。
萊科特和拉斐爾等利用機械兵團奴役人類，建立靈魂工廠，以圖用靈魂精煉器收集足夠用的靈魂合成能量重返白鬆茸行星。
索倫斯博士另外一個身份是超能力者聯盟的宿敵骷髏會元首，他也趁機組建墮落超能力者和生化獸兵團建立勢力，同樣使用靈魂精煉器合成晶石，並且開始占領地球上各國，與極道科學聯合會雙方達成暫時聯盟。
人類社會危急，超能力聯盟和殘存人類固守華夏區域和幾個大城市，夏琳羅漢等研製出威力巨大的能量槍械裝備人類陣營軍隊抗衡兩大勢力。
王搏等少年英雄浴血奮戰，奪取落入兩大勢力手上的天晶，以及摧毀殘酷的靈魂合成工廠，華夏軍逐漸擊敗機械兵團和生化兵團，拯救地球人類社會。
索倫斯博士和梅菲斯托融為一體，他們在內奸花家的協助下得到星圖，在距離太空蟲洞通道最近的火星上建立了基地。並發射定位信號，召喚黑翼星殖民者軍隊穿越蟲洞。
王搏、齊桓、韓楚、雨晴等追擊而至，摧毀火星基地，與索倫斯博士決戰。而黑翼星殖民軍團正通過蟲洞入侵，危急關頭齊桓闖入蟲洞燃燒並引爆靈魂，強大的力量使蟲洞扭曲關閉。
眾悲傷，王搏悲憤欲絕發揮全部實力，最終在人類陣營的幫助下戰敗並消滅了索倫斯及其幫凶花家，地球迎來了和平。全書完。