致病或抗藥的微生物
這類基因武器是指通過基因重組，在一些不致病的微生物體內“插入”致病基因，或者在一些致病的細菌或病毒中接入能對抗普通疫苗或藥物的基因，從而培育出新的致病微生物或新的抗藥性很強的病菌。
隨著基因組學的進展，肺結核、麻風病、霍亂等病菌的完整基因序列已經發表，鼠疫杆菌等的基因組測序工作也將完成，這些天然的細菌和病毒都可能通過基因重組而被改造成易存儲、便攜、毒性更大的生物武器。
炭疽熱本來是一種存在於自然界的疾病，而日本侵華戰爭期間，臭名昭著的731部隊通過大量試驗，改進了炭疽的存儲、攜帶技術，使炭疽成為一種廣泛使用的細菌武器。
炭疽熱可以用青黴素的衍生物來治療，但是，如果在炭疽杆菌中引入一種內酰胺酶基因，就可以使抗生素失效。這方麵研究取得突破性的新進展後，在炭疽杆菌中可接入使現有的十幾種西方主要疫苗和解毒劑失效的基因。
1994年，某國一家生物公司培育出一種大腸杆菌，該大腸杆菌對抗生素的耐藥性是普通大腸杆菌的32萬倍。