廣大留日學生的革命化使清政府驚懼萬分，又鑒於留日學生數量多而學業程度低的情況，從1906年起，對赴日留學采取了許多限製辦法，如停派速成班、官費生派遣權收歸中央、申請留學必須具有中學畢業程度並通曉外文，還須由地方官“出具印結”並報中央備案、保證不參加革命黨、服從學部指定所學科目和公使指定所入學校等等。同時，因反對日本取締中國留學生規則和參加革命，留日學生紛紛回國,日本政府對接受中國留學生又漸冷淡，致使1907年以後，留日學生人數逐年下降，該年約為1萬人，3年後竟降為2千餘人。
赴日留學轉入低潮後留學歐美再度興起。一方麵清政府對留學日本多方限製而對留學歐美則給予種種方便，另一方麵歐美各國、特別是美國多方招引。特別是美國國會於1908年通過退還中國部分庚子賠款決議案，將該款用於向美國派遣留學生，使留美熱日熾。1905年，留美學生僅二三十名，到1910年增至六百餘人。同一時期，留歐學生也有所增加。歐美留學生以學習理工為主，對庚款留美學生具體規定“以十分之八習農工商礦等科，以十分之二習法政、理財、師範諸學”。另外，新疆因與俄國接壤，除派遣滿蒙學生留俄外，還派遣了少量學童，專學俄羅斯語言文字。
拒俄事件
20世紀初中國以知識分子為主體的反帝愛國運動。1900年(光緒二十六年)，沙俄在八國聯軍進攻中國的戰爭中，武裝搶占中國東北三省。次年2月，沙俄提出約款十二條，企圖全麵剝奪中國對東北的主權。3月15日上海士商汪康年、蔣智由等200人集會，要求清政府“力拒俄約，以保危局”。江蘇、浙江、廣東、山東、邗門、香港等地士商和新加坡華僑紛紛響應，使清政府駐俄公使拒絕在約款上簽字。
1903年4月，沙俄仍不從東北撤兵，並提出七項新的侵略要求。4月27日，在上海的江蘇等十八省愛國人士再次集會於張園，除指斥沙俄“吞並”政策外，還指斥推行親俄外交的清政府。29日，東京中國留學生500多人集會，抗議沙俄對中國東北的侵略，並決定成立拒俄義勇隊。黃興等130餘人簽名參加，要求開赴東北，與侵略軍決一死戰。旋因受到日本政府幹涉，改名為軍國民教育會。在此同時，北京、湖北、安徽、江西、福建、湖南等地的學生也紛紛集會，成立愛國組織。10月，沙俄侵略軍再次占領奉天，蔡元培等在上海組織對俄同誌會，發刊《俄事警聞》。
1904年3月，日俄戰爭爆發後，對俄同誌會改組為爭存會。11月，再度改組為反對聯俄會。其他各地成立的類似組織有廣東助國拒俄同誌議會、東北抗俄鐵血會等。
清政府一直敵視並鎮壓拒俄運動。1903年5月，署理湖廣總督端方指責上海張園會議與會諸人“議論狂悖”，密電拿辦。同月，再次指責愛國學生“名為拒俄，實則革命”。6月，《蘇報》刊出《嚴拿留學生密諭》，輿論嘩然。清政府的這種態度激化了它同愛國知識分子的矛盾，更多的人由此轉入反清行列，革命書刊劇增。軍國民教育會改組為秘密革命團體，華興會、科學補習所、光複會相繼成立，愛國救亡熱潮遂轉變為資產階級民主革命運動。