1846年墨西哥戰爭爆發，斯科特最初留在華盛頓讓聖紮迦利·泰勒將軍領軍入侵墨西哥。雖然泰勒在墨西哥北部贏得了幾場戰術性的戰役，斯科特還是意識到美國要贏得完全的勝利，就必須把戰場推進到墨西哥腹地，包括他們的首都墨西哥城。詹姆士·K·波爾克總統雖然不願意增加斯科特受民眾的歡迎度，因為害怕他會成為自己政治上的對手，但最終還是授權將軍接管戰場上的全部軍隊。
1847年4月8日，斯科特和他的侵略軍在韋拉克魯斯實施了美國第一次重大的兩棲登陸作戰，並且以最少的人員損失攻占了該港口城市。迅速向內陸推進，4月18日，斯科特在塞羅戈多遭遇並打敗了一支由山塔·安娜率領的人數更多的墨西哥軍隊。雖然補給線拉得很長，又是山區地形，他的軍隊還是在占領了普韋布洛，並隨後在八月和九月分別贏得了孔特拉斯、梅林諾·德拉·雷和查布爾特佩克的幾場決定性戰役。援助斯科特並學到有用的策略運用於以後的戰場的都是一些年輕的軍官，包括羅伯特·愛德華·李，尤利塞斯·辛普森·格蘭特，還有超過一百位別的後來在內戰中成為北方部隊或南方聯盟軍隊將軍的年輕軍官。9月14日，在曆經五個月的連戰連捷，斯科特占領了墨西哥城。勝利使美國得到了更多的土地，從德克薩斯州到加利福尼亞，構成了美國三分之一的版圖。
斯科特一直作為軍政府的首長待在墨西哥城，直到1848年4月回國並成功地回擊了波爾克總統對他私生活和財政方麵不正當行為的誣告。作為軍人他雖然得到了廣泛的歡迎，但是斯科特轉到政治領域做得並不好，沒能獲得輝格黨的提名參加1848年的總統競選。四年後他獲得了提名，但是在大選中大敗給了富蘭克林·皮爾斯。
在他從政期間，他被獲許保持現役軍職，斯科特並沒有忽略從在墨西哥學到的經驗教訓中繼續改進軍事訓練。在幫助解決1859年另一次美英之間普吉特桑德的聖胡安島邊界糾紛時，他的談判技巧仍然保持銳利。
到1861年，斯科特為他的國家服務了五十多年，經曆了兩場戰爭。盡管出生於弗吉尼亞，在內戰爆發時斯科特還是效忠於他的國家。斯科特是少數認為美國不可能在幾個月內就平息叛亂的人之一，事實上，他製定了一項計劃，即通過廣泛的動員，封鎖南部，迅速從密西西比河撕開聯盟的缺口。將軍的“蟒蛇計劃”受到北方媒體、政客和年輕的軍官的嘲諷和奚落。報紙把斯科特描述成常常在辦公桌前就睡著的年邁老人。
1861年11月1日，斯科特退休，聯邦軍隊統帥權移交給喬治·B·麥克萊倫將軍。斯科特活過了內戰，看到他的計劃最終被林肯總統和格蘭特將軍采納並獲得成功。他於1866年5月29日在紐約的西點軍校去世，距他的八十歲生日隻有幾天。
從戰場的前線到國會大廈的大廳，斯科特指揮和塑造了美國軍隊半個世紀。他的勇敢、無畏和組織才能把一支初生的軍隊帶到了快要躋身世界強國的地位。盡管現在不如格蘭特或是李有名，斯科特是他們倆的良師和領導。他的重要性超過他們倆，因為他在職時間長，但是他排在帶領美國贏得獨立的華盛頓和第二次世界大戰的高級將領之後，這些高級將領打敗軸心國贏得勝利，並確定了美國成為世界最有影響力的國家的地位。