當時燕京大學校長為美國的“中國通”司徒雷登，他設宴招待新來的教師，錢穆應邀出席。司徒雷登詢問新來的教師對燕京大學的印象，錢穆直言道：“初聞燕大乃中國教會大學中之最中國化者，心竊慕之。及來，乃感大不然。入校門即見‘M’樓、‘S’樓，未悉何義？此謂中國化者又何在？此宜與以中國名稱始是。”司徒雷登很重視錢穆的意見，專門召集校務會議加以討論，改“M”樓為“穆”樓，“S”樓為“適”樓，“貝公”樓為“辦公”樓。當時燕京大學的校園，即今日北京大學校園。園中有一湖未名，眾人提出各種各樣的名字都覺得不合適，錢穆建議就叫“未名湖”，得到一致讚同。
錢穆來到北平的次年，即1931年，顧頡剛又推薦錢穆到北京大學任教。1931年3月18日顧頡剛致函北京大學文學院院長胡適：“……我想他（引者注：指錢穆）如到北大，則我即可不來，因我所能教之功課他無不能教也，且他為學比我篤實，我們雖方向有些不同，但我尊重他，希望他常對我補偏救弊。故北大如請他，則較請我為好，以我有流弊，而他無流弊也。他所作《諸子係年》已完稿，洋洋三十萬言，實近年一大著作，過數日當請他奉覽。”胡適亦看重錢穆。就這樣，錢穆在北京大學曆史係任教。
顧頡剛致胡適函中提及的錢穆新著《諸子係年》，即《先秦諸子係年》，出版之後受到學術界推崇。陳寅恪稱其“極精湛，心得極多，至可佩服”。顧頡剛則稱“作得非常精煉，民國以來戰國史之第一部著作也”。胡適對學生說：“有關先秦諸子事，可向賓四先生請教，不必再問我。”從此錢穆進入國學研究精英之列，除在北京大學授課之外，還兼課於清華大學、燕京大學、北京師範大學。錢穆的講課如同演講，生動而富有創見。講得高興時，往往莊諧並作，精彩百出，時有妙語，逗得同學們哄堂大笑。據稱，錢穆“每一堂近三百人，坐立皆滿，盛況空前”。
一時間，“北胡（適）南錢（穆）”之譽鵲起。錢穆與胡適有了深厚的友誼，但是在學術上則展開爭鳴。胡適主張老子在孔子前，因孔子曾問學於老子；而錢穆、顧頡剛則主張老子在孔子後。他們仨在課堂上各抒己見。一位學生以為胡適“在老子時代問題上有成見”，胡適則反駁道：“老子又不是我的老子，我哪會有成見呢？”但是胡適又說，“在大學裏，各位教授將各種學說介紹給大家，同學應當自己去選擇，看哪一個更合乎真理。”
1937年，高中尚未畢業的錢穆，出任西南聯合大學教授。
可貴的是，在抗戰的動蕩歲月，錢穆在雲南宜良北山的岩泉下寺，獨居小樓一年，寫成名著《國史大綱》。在《國史大綱》開頭，錢穆在引論中開宗明義指出：
凡讀本書請先具下列諸信念：一、當信任何一國之國民，尤其是自稱知識在水平線以上之國民，對其本國已往曆史，應該略有所知。二、所謂對其本國已往曆史略有所知者，尤必附隨一種對其本國已往曆史之溫情與敬意。三、所謂對其本國已往曆史有一種溫情與敬意者，至少不會對其本國曆史抱一種偏激的虛無主義，亦至少不會感到現在我們是站在已往曆史最高之頂點，而將我們自身種種罪惡與弱點，一切諉卸於古人。
錢穆正是以這種“對國史具有溫情和敬意”，闡揚民族文化史觀，《國史大綱》被公推為中國通史最佳著作。
“三大反動文人”之一
抗日戰爭勝利之後，傅斯年主持北京大學校務。由於傅斯年與錢穆在學術見解上相左，未聘錢穆出任北京大學教授。1948年春，錢穆應家鄉江南大學之邀，擔任首任文學院院長兼曆史係主任。
錢穆在家鄉隻工作了一年。1949年春，應廣州私立華僑大學校長王淑陶之聘，錢穆南下廣州任教。錢穆所以在中國政局大變動的時刻選擇離開家鄉南下，原因在於他在政治上傾向於國民黨。到了廣州兩個月之後，錢穆又隨華僑大學遷往香港。
1949年中國戰局急轉直下，蔣介石兵敗如山倒。8月14日新華社發表出自毛澤東筆下的那篇著名的社論《丟掉幻想，準備鬥爭》，內中點了錢穆的名：
為了侵略的必要，帝國主義給中國造成了數百萬區別於舊式文人或士大夫的新式的大小知識分子。對於這些人，帝國主義及其走狗中國的反對政府隻能控製其中的一部分人，到了後來，隻能控製其中的極少數人，例如胡適、傅斯年、錢穆之類，其他都不能控製了，他們走到了它的反麵。