以前，人們往往是根據植物的營養體即根、莖、葉的特征來識別植物的。例如在庭院綠化中常用的樹種白皮鬆，便是根據這種植物的莖幹上白色的皮而命名的。但是，植物學家更願意以植物的繁殖器官(主要指花)作為有花植物(被子植物)分類的主要依據。因為科學家們發現，植物的花比根、莖、葉等營養器官的保守性更大一些，不大容易受到外界環境的影響而發生形態上的某些變化，這使得人們識別起來更容易、更方便一些。
林耐的分類法與前人相比已經有了很大的進步了，但由於他沒有以生物進化的觀點來看待物種，所以，他使用的分類方法不能體現物種之間的親緣關係，是一種人為的分類方法。後來，科學家們根據植物的形態、結構等級等方法進行分類，尋求各個物種之間的親緣關係以及植物發展進化的本來麵貌，所以這種分類方法又叫做自然分類法。植物分類學的發展，就是一個從人為分類法到自然分類法過渡、轉變和不斷發展完善的過程。
1867年，由德堪多等人提出創議，經過多次國際植物學會的討論和修訂，采用林耐提出的雙名法命名規則的國際植物命名規則確立了。雙名法的命名規則是：每一個學名由兩個拉丁字或拉丁化形式的字構成，第一部分是屬名，為名詞，字頭要大寫；第二部分是種名，為形容詞。雙名的後麵可以附上命名人的姓氏縮寫和命名的年份。如果種名下還有種以下等級的名稱，如變種，則叫三名法。
林耐和以後的植物學工作者用這種方法命名了數以千萬計的植物，從而結束了植物命名混亂的狀況，使得植物的命名工作更加科學化、係統化。
為了方便研究，在植物分類學中，人們采用了一係列等級單位，從大到小依次是界、門、綱、目、科、屬、種。在這種分類等級中，種是分類的基本單位。例如桃和蟠桃，都屬於植物，都應當歸於植物界；它們都能開花結果，種子不裸露，其外麵包有果皮和種皮，屬於被子植物門；桃的胚有兩片子葉，因此屬於雙子葉植物綱。屬於同一綱的植物又根據其相似程度的多少，再在綱以下分目、目下再分科、科下再分屬、屬下再分種，一般來說，我們把上述名稱叫做分類單位。植物的族譜一列出來，植物在植物王國中的位置、植物間親緣關係的遠近就清清楚楚地告訴我們了!
一般來說，植物的物種是受地理分布區域和生態環境影響的，但隨著人們引種、馴化植物進程的不斷加快，隨著現代科學技術的發展，地區之間甚至物種之間的界限都被打破了，物種的來源也大大豐富和擴大了。因此，植物在繁殖過程中出現了許多新的亞種、變種、變形，這三個變種是屬於種以下的分類等級，一般隻具有少數不太重要的性狀區別，如有毛無毛、花冠和果實的顏色等等。
隨著科學的發展，人們認識的植物逐漸增多，分類特征的差異也比較大，最基本的七級製的分類等級已經不夠用了，於是在界、門、綱、目、科、屬、種以下，又增設了亞級，例如亞門、亞綱、亞目、亞科、亞屬等。看來，植物大家族的成員是越來越“人丁興旺”了。植物的種類
地球上的植物，目前已經知道的將近50萬種，其中僅綠色開花植物幾乎有30萬種。根據植物的形態、結構和生活習性，可以把植物界分成7個主要類群，即：藻類植物、菌類植物、地衣植物、苔蘚植物、蕨類植物、裸子植物和被子植物。其中藻類、菌類和地衣，屬低等植物；苔蘚、蕨類、裸子植物和被子植物屬高等植物。藻類、菌類、地衣、苔蘚、蕨類等植物用孢子進行繁殖，所以叫孢子植物，它們不開花、不結果，所以又叫隱花植物。而裸子植物和被子植物能開花結果，用種子繁殖，所以叫種子植物或顯花植物。
藻類植物是孢子植物之一。植物體沒有根、莖、葉的區別。含有葉綠素，能進行光合作用，是自己製造“食物”的自養生物。生殖器官多數是單細胞，藻類植物絕大多數生活於水中，分布廣泛，種類繁多。地球上大約有2萬餘種，是一群古老的植物。主要有紅藻、褐藻、綠藻、藍藻等。
菌類植物是孢子植物之一。是一群沒有根、莖、葉的分化、不含葉綠素的非綠色植物。它不能自己製造食物，屬異養植物。異養方式主要有寄生和腐生兩種。現在已知的菌類約有9萬種。所有細菌都是單細胞的，它們通常進行分裂繁殖。一般分為細菌門、粘菌門、真菌門三大類，其中與人類關係最密切的是細菌和真菌。
地衣植物是孢子植物之一。是某些真菌和藻類共同生活在一起的一類特殊植物。結構簡單，沒有根、莖、葉等器官，但有假根幫助地衣固著在岩石、樹皮上。地衣耐旱、耐高溫、耐嚴寒，抵抗不良環境的能力很強，分布極為廣泛，被稱作“植物界的開路先鋒”，但地衣對空氣中的二氧化硫很敏感，故在城市和工廠附近難以生存。人們利用這一特點，把地衣作為大氣汙染的指示植物。
苔蘚植物是孢子植物之一。是在陰濕地方常成片貼著地麵或石頭上生長的矮小綠色植物，有假根。約有4萬多種，分為苔綱和蘚綱兩大類。苔蘚植物在生殖過程中出現了胚，胚受到母體的保護，又具有莖和葉，所以屬於高等植物。生長最普遍的苔蘚植物是葫蘆蘚。
蕨類植物是孢子植物之一。生長在森林和山野的陰濕環境中，屬高等植物。有根、莖、葉的區別，但不開花、不產生種子，而是在葉背麵的邊緣長出許多褐色的孢子囊群，裏麵產生孢子。它用孢子繁殖，但受精作用不能離開水。現代生活的蕨類大多數是草本，而古代的蕨類植物卻是高大的樹木。由於地層的變化，大多數絕滅，其遺體被埋在地下，經過漫長的年代，形成煤層。
裸子植物是種子植物之一。大都是高大的喬木，屬高等植物，約有800多種。裸子植物的胚珠沒有子房包被，因而形成的種子裸露出來，外麵沒有果皮包被。這就是裸子植物名稱的由來，也是它的主要特征。裸子植物的受精作用已經脫離了水的限製，比蕨類更適合陸地生長。我國保存的古代珍貴裸子植物(如銀杏、銀杉、水杉等)種類很多，故有“裸子植物故鄉”之稱。