2186年，一場史無前例的戰爭席卷了銀河係，一個遠古機械文明----收割者，在名為“催化劑”的AI領導下以消滅銀河係中所有高級有機生命文明為目標對入侵了銀河係。反收割戰爭打響後，在人類英雄約翰·薛帕德的帶領下，一支由目前統治銀河係的人類、突銳人、阿莎麗人、賽拉睿人、克洛根人、巴塔瑞人、德雷爾人、沃查人、艾柯人、沃勒人、哈納人、奎麗人，以及奎麗人創造的機械種族桀斯、遠古異獸文明利維坦14個種族組成的聯軍，在人類的家園太陽係對收割者發動了絕地反擊。最終，約翰·薛帕德以犧牲自己為代價，發動了超級武器----擎天爐，一道閃耀整個銀河係的藍光消滅了“催化劑”，並以約翰·薛帕德的意誌取代了收割者的“收割”程序，自此，這個每隔幾萬年就要對銀河係進行一次大滅絕的超級機械文明從敵人變成了朋友。
2200年，在收割者的幫助下銀河係各地快速重建，除此之外，人們發現在一些偏遠的星係，有不少上一次“收割”時的幸存者，他們是50000年前統治銀河係的普洛仙人和他們的附庸種族伊魯卡斯人。
2231年，銀河係的戰後重建已全部完成，普洛仙和伊魯卡斯兩族正在逐漸恢複元氣，這一年，銀河議會重組，家園位於界神星域的沃查、艾柯、德雷爾、哈納4族組成文明共同體，以一個文明的身份加入了銀河議會。擁有銀河係最龐大艦隊的突銳人和掌握最先進科技的賽拉睿人，加上反收割戰爭前就已經加入突銳帝國的沃勒人以及和突銳人同為右旋生物的奎麗人組成了另一個共同體加入議會。人口稀少的普洛仙人則帶著伊魯卡斯人投奔當年被他們開化的種族阿莎麗人。一直與人類有矛盾的巴塔瑞人在反收割戰爭中元氣大傷，在進行過民意調查後，他們決定與人類冰釋前嫌，並入了人類星聯。剛剛掌握星際航行技術的伢戈人、蟲族雷克耐則投奔了同樣以身體素質見長的克洛根人。機械文明收割者和桀斯由於其龐大的數量沒有留在銀河係中，而是駐紮在了銀河係周圍的衛星星係，在議會的要求下，他們刻意避開了那些有智慧文明存在的位置，當那些智慧文明掌握了星際航行的能力後，他們會驚恐地發現孕育了自己的河係爬滿了收割者和桀斯。異獸文明利維坦也離開了自己藏身了數億年的母星，加入了銀河議會。2231年重建的銀河議會由6個集體組成，各族人民推選出的6位議員成為了銀河係的最高領袖。
2300年，此前據利維坦稱，收割者是他們一族在幾億年前為了維護自己銀河係霸主地位創造的智能戰艦，但是由於當時自己的人工智能技術並不成熟，導致收割者後來背叛了他們的主人，但是收割者“維護自身銀河霸主地位”的目標沒有改變，所以它們每隔幾萬年就會對銀河係進行一次全麵“收割”，消滅高等文明並掠奪他們的科技，長此以往就構成了龐大的銀河係除了少數幾個霸主種族剩下的文明屈指可數這樣的詭異局麵。利維坦族人認為，收割者每次“收割“都會把被“收割”的文明的科技完整掠奪，所以幾億年來的積累一定相當豐厚，如果能讓收割者和議會共享科技的話對議會或許會有很大的幫助。經過商議後，議會認為利維坦的想法值得一試，於是派出代表與收割者聯絡，遵從約翰·薛帕德意誌的收割者沒有絲毫猶豫就把自己的科技分享給了銀河議會。
2451年，銀河議會在消化了收割者提供的科技後飛速發展，截至2450年，整個銀河係除銀心無法生存的區域外，90%的區域已被劃為銀河議會的領土，剩餘的區域則是議會刻意避開的存在著還未走出恒星係的文明家園，議會在不被本土文明發現的情況下銷毀了那附近的古文明遺跡，並移走了附近的質量中繼器。這樣一來，當有一天這些文明成長為星際文明時，他們會發現除了自己家園附近的一小片區域，整個銀河係都被名叫銀河議會的文明共同體統治著，即便他們不願意加入銀河議會，也無法對議會構成威脅。
2490年，銀河議會已經不滿足於在銀河係內稱王稱霸，在一次全民公投後，一項名為“深潛”的計劃浮出水麵，“深潛”計劃是一項由所有議會成員共同開展的一項向仙女座星係探索殖民的計劃。“深潛”計劃初期，賽拉睿人研發出了曲率航行技術，在反收割戰爭之前，突銳人就進行過曲率航行的研究，但是後來突銳人發現曲率航行所需設備的成本極高，並且平均速度隻有30倍光速，與成本低廉且可以達到5000倍光速的質量效應超光速航行比起來非常雞肋，後來突銳人就放棄了關於曲率航行的研究。但是幾年前人類星聯的一次實驗發現，如果先進行曲率航行，再在曲率航行狀態下進行質量效應航行，能夠達到的航速將是曲率航行與質量效應航行速度的乘積。得知人類的這一發現，賽拉睿人向突銳人要來了當年他們對曲率航行的研究數據，並很快研發出了能夠大規模應用的曲率航行技術。同時，阿莎麗人在普洛仙人的協助下成功複製了質量中繼器，質量中繼器是類似於蟲洞的星際旅行設備，主級質量中繼器能夠在一瞬間將艦船送到數十萬光年外，但是隻能與一個中繼器相連，次級質量中繼器能夠與多個中繼器相連，但是隻有主級質量中繼器一半的傳送距離。質量中繼器是當年由利維坦全盛時期建造的星際旅行設備，但是後來由於種族沒落，科技樹流失，關於質量中繼器的技術也隨之丟失，就連收割者也隻能提供一小部分殘缺的資料，50000年前普洛仙人曾嚐試過複製質量中繼器，但是隻進行了一半的工作收割者就入侵了銀河係，所幸由於普洛仙人擁有獨特的信息素交流能力，他們的族人死後都把有用的記憶存儲在了特製的記憶碎片中，普洛仙人的科技也因此得以保留，他們將自己當年對質量中繼器進行的研究數據提供給阿莎麗人，結合此前收割者提供的資料，阿莎麗人順利地複製了質量中繼器。突銳科學家們則在阿莎麗人複製質量中繼器的過程中找到了靈感，研發出了一種“山寨版”的空間躍遷技術，至於為什麼是山寨版，是因為這種技術不能向古代科幻電影中那樣一下子把艦船從一個河係送到另一個河係，這種空間躍遷技術被用於在距離較近的恒星係間完成瞬間往返。人類星聯這邊也沒有閑著，擅長造艦技術的人類和巴塔瑞人開始發揮自己的強項，設計了大量的新式艦船。在地大物博的界神星係，界神星係4族建起了多如牛毛的工廠，將斷麵星係另一側送來的各種圖紙變成了實物。未來幾年，整個銀河係掀起了一股艦船更新換代的浪潮。