馮忠蓮先生在古畫臨摹上的代表性成就，是北宋張擇端的《清明上河圖》。也由此造成了她與故宮的緣分。50年代末，故宮博物院出於保護珍貴文物的需要，也開展了古書畫的摹製工作，準備複製一批高水平的摹本代替原作進行展覽，其中就有《清明上河圖》。1960年初，榮寶齋接受了這項重要的任務，要求臨摹工作在一年內完成，因為臨摹作品將承擔為1961年“七一”建黨四十周年獻禮的重任。榮寶齋是馳譽我國書畫界的百年老店，其臨摹水平在國內可謂首屈一指。它的編輯室聚集著很多知名畫家，但即使擁有這樣的實力，要在一年內完成臨摹《清明上河圖》的任務，依然是不可想象的。榮寶齋的領導經過反複研究，始終不能確定臨摹的最佳人選，最後經理侯愷做出了一個決定：“比較之下馮忠蓮最為合適，因為她很刻苦，也沒有其他的奢望。”曆史的重任就這樣落在了馮忠蓮的肩上。1962年馮忠蓮正處於才思煥發的黃金時期，她接受了被譽為“中國第一畫”的《清明上河圖》的臨摹任務。
《清明上河圖》是我國曆史上不朽的繪畫珍品。它是一幅社會風俗設色絹本長卷（高24.8厘米，長528.7厘米），描繪的是北宋都城汴梁（今開封）早春時節汴河兩岸數十裏的繁華熱鬧景象。全圖規模宏大，結構嚴謹。畫中人物五百五十多個，牲畜六十多匹，木船二十多隻，房屋樓閣二十多棟。如此豐富的內容，為曆代古畫所罕見。可貴的是畫中每個人物、景象、細節都安排得合情合理，疏密繁簡、動靜聚散的關係處理得恰到好處，繁而不雜，多而不亂。這對後世臨摹者來說，不啻一項巨大的工程！要將這幅舉世罕見的作品臨摹下來，對臨摹者的畫功、眼力和悟性都有極高的要求。張擇端畫成《清明上河圖》後的幾百年間，有很多著名的畫家都曾臨摹此畫，但普遍與原作存在較大差距。馮忠蓮先生雖然當時已經成為榮寶齋的業務骨幹，但要臨摹《清明上河圖》這樣的千古名品，仍然是一次巨大的挑戰。她深知這一任務的分量，全力以赴，每天早出晚歸，不論刮風下雨，酷暑嚴寒，從不間斷。不料很快就遇上了十年動亂，被迫停工。1972年10月，馮忠蓮先生調入故宮博物院做古書畫臨摹工作。直到1976年才得以繼續臨摹《清明上河圖》，這時她已年近花甲，患有高血壓和眼底血管硬化症。而且經過十年歲月，絹素、色彩以及自己的臂力都有很大變化，但她克服重重困難，使摹本保持了前後的一致，絲毫看不出銜接的痕跡。1980年9月，終於大功告成。摹本的藝術效果和古舊麵貌，與原作極為相似。同時，她還努力為故宮培養古畫臨摹人才，不但無私地傳授技藝，還傳思想，傳作風，真正做到嚴肅認真，為我院培養了一批古書畫臨摹複製工作者。如今這十多人都成了中堅力量，他們正在不斷努力，專力揣摩原作，於形處入神，於神處得畫，繼承著先人做的事業。據了解，從他們現在在這一專業上的水平和總體架構來看，在全國乃至世界可以說是頂尖的了，因為，大多博物館沒有或沒有這麼多位古書畫臨摹工作者，也沒有像我院這樣能夠臨摹難度大、技法高的皇家藏品。目前，他們正在抓緊臨摹清代丁觀鵬的十七幅《羅漢像》。但這些學生如今也大多到了相繼退休的年齡，這一門類又出現了青黃不接的狀況。
馮忠蓮先生曾任輔仁大學美術研究會顧問、中國美術家協會會員、中國畫研究會會員。1988年6月，馮忠蓮先生的學術專著《古書畫副本摹製技法》由紫禁城出版社出版。12月，馮忠蓮先生被聘為中央文史研究館館員，為當時僅有的兩位女館員之一，另一位是老舍夫人胡絜青。1991年9月，中央文史館館員書畫展在香港舉行，她有十七件作品參展，備受讚譽。見過馮忠蓮先生繪畫的人常常感慨說：以馮先生的筆墨功力，如果一生從事國畫創作，其成就將是不可估量的。而馮忠蓮對自己早年的抉擇卻一點也不後悔，她說：“文物保護是造福子孫的事業，我能用我的畫筆為她奉獻一份力量，我覺得心裏很踏實，沒有虛度此生。”當時接受香港《文彙報》記者采訪時，馮忠蓮談到了三十多年從事古畫臨摹的感受：“在此期間，有機會欣賞其他人難得一見的曆代珍品，亦磨煉了國畫的基本功夫，熟悉了曆代繪畫不同特征，隻可惜是要忠於真跡，絕不能帶半點的發揮。”恰是通過三十年來對名家精品書畫的臨摹，汲取各家的精髓，使她的創作也筆墨更加精練，也使她的眼界更加開闊。